清史稿/卷475
洪秀全，廣東花縣人。少飲博無賴，以演卜游粵、湘間。有朱九疇者，倡上帝會，亦名三點會，秀全及同邑馮雲山師事之。九疇死，眾以秀全為教主。官捕之急，乃往香港入耶穌教，藉抗官。旋偕雲山傳教至廣西，居桂平。時秀全妹婿蕭朝貴及楊秀清、韋昌輝皆家桂平，與相結納。貴縣石達開亦來入教。秀全嘗患病，詭云病死七日而蘇，能知未來事。謂：「上帝召我，有大劫，惟拜上帝可免。」凡會中人男稱兄弟，女稱姊妹，欲人皆平等，託名西洋教。自言通天語，謂天父名耶和華，耶穌其長子，己為次子。嗣是輒臥一室，禁人窺伺，不進飲食，歷數日而後出。出則謂與上帝議事，眾皆駭服。復造寶誥、真言諸偽書，密為傳布。潛蓄髮，藏山菁間。嗾人分赴武宣、象州、藤縣、陸川、博白各邑，誘眾入會。
初，粵西歲饑多盜，湖南雷再浩、新寧李沅發復竄入為亂。粵盜張家福等各率黨數千，四出俘劫。秀全乘之，與楊秀清創立保良攻匪會，練兵籌餉，歸附者益眾。桂平知縣誘而執之，搜獲入教名冊十七本；巡撫鄭祖琛不能決，遂釋之。秀全既出獄，秀清率眾迎歸，招集亡命，貴縣秦日綱、林鳳祥，揭陽海盜羅大綱，衡山洪大全皆來附，有眾萬人。馮雲山讀書多智計，為部署隊伍、攻守方略。以歲值丁未，應「紅羊」之讖，遂乘勢倡亂於金田。褫鄭祖琛職，起前雲貴總督林則徐為欽差大臣往督師。則徐薨於途，以兩廣總督李星沅代之，赴廣西剿寇。寇竄平南恩旺墟，副將李殿元擊卻之，復回撲，巡檢張鏞不屈死；仍遁金田，星沅檄清江協副將伊克坦布往攻，被圍陣亡。星沅檄鎮遠總兵周鳳岐往援，戰一晝夜，斃寇數百，圍始解。上以寇勢日熾，命前漕運總督周天爵署廣西巡撫，乃請提督向榮專剿金田。
咸豐元年，秀全僭號偽天王，縱火焚其墟，盡驅眾分擾桂平、貴、武宣、平南等縣，入象州。上命廣州副都統烏蘭泰會討，以大學士賽尚阿為欽差大臣，率都統巴清德、副都統達洪阿馳防。烏蘭泰至象州，三戰皆捷，疏言：「粵西寇眾皆烏合，惟東鄉僭號設官、易服蓄髮有大志，兇悍過群盜，實腹心大患。」周天爵主滾營進偪，驅諸羅淥洞盡殲之，向榮不謂然。檄貴州鎮總兵秦定三移營大林，堵北竄象州道，定三亦不奉命。四月，秀全自大林逸出走象州，犯桂平新墟。賽尚阿增調川兵，募鄉勇，合三萬人，分兵要隘。一日戰七勝，斬捕二千，寇仍遁新墟。七月，竄紫金山，山前以新墟為門戶，後以雙髻山、豬仔峽為要隘。巴清德與川、楚鄉勇出其後，上下奪雙髻山，寇大潰，屯風門坳。向榮率諸軍三路攻之，陣斃韋昌輝弟韋亞孫、韋十一等，始遁走。我軍追之，會大雨，軍仗盡失。
閏八月，寇分二路東走藤，北犯永安，陷之，遂僭號太平天國。秀全自為天王，妻賴氏為后，建元天德。以秀清為東王，軍事皆取決，蕭朝貴西王，馮雲山南王，韋昌輝北王，石達開翼王，洪大全天德王；秦日綱、羅亞旺、范連德、胡以晃等四十八人任丞相、軍師偽職。時官軍勢勝，寇知不可敵，有散志。秀清獨建策封王以羈縻之，勢燼而復熾。九月，大軍移陽朔，會攻永安，賊分屯莫家村。烏蘭泰建中軍旗於秀才嶺，上植一紅蓋，下埋地雷，誘敵燔殺四千，大軍乘之，遂克莫家村。
二年正月，大兵圍永安，燬東、西砲臺。二月，石達開分兵為四，敗我軍於壽春營，進破古束沖、小路關。偽丞相秦日綱由水竇屯仙回嶺。烏蘭泰分兵夾擊，斃寇數千，擒偽天德王洪大全，檻送京師，磔之市。時大雨如注，烏蘭泰提精卒入山，山路濘滑，寇乘我軍陣未定，短兵衝突，遂大敗。秀全從楊秀清謀，由瑤山、馬嶺間道徑撲桂林。烏蘭泰率敗卒追之城南將軍橋，受重創，卒於軍。三月，賊徑趨廣西省城。向榮先一時繞道至省，寇踵至，已有備，相持不能拔，解圍而北。
馮雲山、羅大綱先驅陷興安、全州，將順流趨長沙。浙江知縣江忠源禦之蓑衣渡，馮雲山中砲死，寇退走道州。道州俗悍，多會匪，所至爭為效死，勢復張。六月，陷江華、寧遠、嘉禾。七月，陷桂陽州，江忠源躡至，一戰走之，趨郴州。蕭朝貴以膽智自豪，謂群寇遲懦，又詗長沙守兵單，可襲而取也，乃率李開芳、林鳳祥由永興、茶陵、醴陵趨長沙，設幕城南。八月，蕭朝貴攻南門，官兵擊之，殪，尸埋老龍潭，後起出梟其首。秀全聞朝貴死，自郴州至，督攻益急，九月，掘隧道攻城，屢不獲逞。
十月，秀全於南門外得偽玉璽，稱為天賜，脅眾呼萬歲。遂夜渡湘水，由回龍塘竄寧鄉，抵益陽。擄民船數千，出臨資口，渡洞庭，陷岳州。城中舊儲吳三桂軍械，至是盡以資寇。寇入長江，旬日間奪五千艘，婦孺貨財盡驅之滿載。秀全駕龍舟，樹黃旗，列巨砲，夜則張三十六燈，他船稱是，數十里火光不絕如晝，遂東下，十一月，陷漢陽。十二月，攻武昌。時楊秀清司軍令，李開芳、林鳳祥、羅大綱掌兵事。值武漢二江屆冬水涸，乃擄船作浮橋，環以鐵索，直達省城，分門攻之。向榮馳至，約城內夾攻，巡撫常大淳慮城啟有失，不許。地雷發，城遂陷。秀全出令，民人蓄髮束冠巾，建高臺小別山下，演說弔民伐罪之意。
三年，上以賽尚阿久無功，授兩廣總督徐廣縉為欽差大臣。時石達開攻武昌，廣縉逗留岳州不敢進，上責其罪，更以向榮為欽差大臣，日夜攻之急，寇棄武昌駕船東下，眾號五十萬，資糧、軍械、子女、財帛盡置舟中，分兩岸步騎夾行，進向九江，下黃州、武昌、蘄水等十四州縣；抵廣濟縣，下武穴鎮。兩廣總督陸建瀛率兵二萬餘、船千五百艘上溯，遇寇不戰而走，前軍盡覆，建瀛狼狽還金陵。寇薄九江而下，收官軍委棄砲仗，破安慶，巡撫蔣文慶死之。寇奪銀米無算，水陸並進，抵金陵，沿城築壘二十四，具戰船，起新州大勝關迤邐至七洲里止，晝夜環攻，掘地道壞城，守兵潰亂。建瀛易服走，為寇所戕。將軍祥厚偕副都統霍隆武等守滿城，二日城陷，皆死之。城中男女死者四萬餘，閹童子三千餘人，洩守城之忿。
秀全既破金陵，遂建偽都，擁精兵六十餘萬。群上頌稱明代後嗣，首謁明太祖陵，舉行祀典。其祝詞曰：「不肖子孫洪秀全得光復我大明先帝南部疆土，登極南京，一遵洪武元年祖制。」軍士夾道呼漢天子者三，頒登極制誥。大封將卒，王分四等，侯為五等。設天、地、春、夏、秋、冬六官丞相為六等，殿前三十六檢點為七等，殿前七十二指揮為八等，炎、水、木、金、土正副一百將軍為九等，炎、水、木、金、土九十五總制為十等，炎、水、木、金、土正副一百監軍為十一等，前、後、左、右、中九十五軍帥為十二等，前、後、左、右、中四百四十五師帥為十三等，前、後、左、右、中二千三百七十五旅帥為十四等，前、後、左、右、中一萬一千八百七十五卒長為十五等，前、後、左、右、中四萬七千五百兩司馬為十六等；又自檢點以下至兩司馬，皆有職同名目。其制大抵分朝內、軍中、守土三途：朝內官如掌朝門左右史之類，名目繁多，日新月異；軍中官為總制、監軍、軍帥、師帥、旅帥、卒長、兩司馬，凡攻城略地，嘗以國宗或丞相領軍，而練士卒，分隊伍，屯營結壘，接陣進師，皆責成軍帥，由監軍總制上達於領兵大帥以取決焉，其大小相制，臂使指應，統系分明，甚得馭眾之道；守土官為郡總制、州縣監軍、鄉軍帥、鄉師帥、鄉旅帥、鄉卒長、鄉兩司馬，凡地方獄訟錢糧，由軍帥、監軍區畫，而取成於總制，民事之重，皆得決之。
自都金陵，分兵攻克府、廳、州、縣，遂即其地分軍，立軍帥以下各官，而統於監軍，鎮以總制，監軍、總制受命於偽朝。自軍帥至兩司馬為鄉官，鄉官者以其鄉人為之也。軍帥兼理軍民之政，師帥、旅帥、卒長、兩司馬以次相承，皆如軍制。此外又有女官，曰女軍師、女丞相、女檢點、女指揮、女將軍、女總制、女監軍、女軍帥、女卒長、女管長，即兩司馬也，共女官六千五百八十四人。女軍四十，女兵十萬人，而職同官名目亦同。總計男女官三十餘萬，而臨時增設及恩賞各偽職尚不在此數也。
其軍制，每一軍領一萬二千五百人，以軍帥統之，總制、監軍監之。其下則各轄五師帥，各分領二千五百人。每師帥轄五旅帥，各分領五百人。每旅帥轄五卒長，各分領百人。每卒長轄四兩司馬，每兩司馬領伍長五人，伍卒二十人，共二十五人。
其陣法有四：曰牽陣法。凡由此至彼，必下令作牽陣行走法。每兩司馬執一旗，後隨二十五人。百人則間卒長一旗，五百人則間旅帥一旗，二千五百人則間師帥一旗，一萬二千五百人則間軍帥一旗，軍帥、監軍、總制乘輿馬隨行。一軍盡，一軍續進。寬路則令雙行，狹路單行，魚貫以進。凡行軍亂其行列者斬。其牽線行走時，一遇敵軍，首尾蟠屈鉤連，頃刻岔集。敗則聞敲金方退，仍牽線以行，不得斜奔旁逸。曰螃蟹陣。乃三隊平列陣也。中一隊人數少，兩翼人數多。其法視敵軍分幾隊，即變陣以應之。如敵軍僅左右隊，即以中隊分益左右，亦為兩隊。如敵軍前後各一隊，則分左右翼之前鋒為一隊，以後半與中一隊合而平列，為前隊接應。如敵軍左右何隊兵多，則變偏左右翼以與之敵。如敵軍分四五隊，亦分為四五隊次第迎拒。其大陣包小陣法，或先以小隊嘗敵，後出大陣包之；或詐敗誘敵追，伏兵四起以包敵軍，窮極變化。至於損左益右，移後置前，臨時指揮，操之司令，兵士悉視大旗所往而奔赴之，無敢或後。曰百鳥陣。此陣用之平原曠野，以二十五人為一小隊，分百數十隊，散布如星，使敵軍驚疑，不知其數之多寡。敵軍氣餒，即合而攻之。曰伏地陣。敵兵追北至山窮水阻之地，忽一旗偃，千旗齊偃，瞬息千里，皆伏地不見。敵軍見前寂無一卒，詫異徘徊。賊伏半時，忽一旗立，千旗齊立，急趨撲敵，往往轉敗為勝。
其營壘或夾江、夾河、浮筏、阻山、據村市，及包敵營，為營動合古法。每數營必立一望樓瞭敵。守城無布帳，每五垛架木為板屋。木牆、土牆亦環庋板屋。地當敵衝，則浚重壕，築重牆，壕務寬深，密插竹簽。重牆用雙層板片，約以橫木，虛其中如複壁，中填沙石塼土。築二重牆築物無定，或密排樹株，或積鹽包、糖包，及水浸棉花包，異常堅固。其攻城專恃地道，謂之鼇翻。土營而外，又有木營、金營。組織諸匠，各營以指揮統之。其總制至兩司馬皆如土營之制。立水營九軍，每軍以軍帥統之。但未經訓練，不能作戰，專以船多威敵而已。
其旗幟亦有差等，偽東王黃綢旗，紅字綠緣，方一丈；以下皆黃綢旗、紅字，而以緣別。如偽西王白緣，偽南王紫緣，偽北王黑緣。偽翼王藍緣，其尺丈長闊則以五寸遞減。豫王、燕王皆黃綢尖旗、紅字、水紅緣，國宗黃綢尖旗、紅字。其緣視何王國宗，即從何色，皆長闊八尺。侯，黃綢尖旗，長闊七尺八寸。丞相，黃綢尖旗，長闊七尺五寸。檢點，黃綢尖旗，長闊七尺。以上皆紅字、水紅緣。指揮，黃綢尖旗，黑字、水紅緣，長闊六尺五寸。將軍至兩司馬，皆黃旗無緣，形尖，黑字，自長闊六尺以下遞減至二尺五寸。每一軍大小黃旗至六百五十六面之多。
軍中號令，惟擊鼓、敲金、吹螺、搖旗。凡起行出隊，俱擂鼓、吹螺、搖旗以集眾。打仗則擊鼓吶喊，收隊則鳴鉦。有老軍、新軍、童子軍。尤善用間諜，混入敵營。又能取遠勢，聲東擊西，就虛避實，其以進為退，以退為進，往往令人不測，墮其術中。此其行軍之大略也。
其服色尚黃。偽天王金冠，雕鏤龍鳳，如圓規沙帽式，上繡滿天星斗，下繡一統山河，中留空格，鑿金為「天王」二字。東王、北王、翼王冠如古兜鍪式，冠額繡雙龍單鳳，中立金字職銜。國宗略同諸王式。自檢點至兩司馬，皆獸頭兜鍪式，帽上龍以節數分等差。如諸王九節，侯相七節，檢點、指揮、將軍五節，總制、監軍、軍帥三節是也。袍服則黃龍袍、紅袍、黃紅馬褂。偽天王黃緞袍，繡九龍。自諸王以下至侯相，遞減至四龍。檢點素黃袍，指揮至兩司馬皆素紅袍。自偽王至兩司馬，皆繡職銜於馬褂前團內。儀衞輿馬，諸王皆黃緞轎繡雲龍，侯、相、檢點、指揮皆紅緞轎，將軍、總制、監軍綠轎，軍帥、師帥、旅帥藍轎，卒長、兩司馬黑轎。
至金陵，始建宮室，毀總督署，復擴民居以廣其址，役夫萬餘，窮極奢麗。雕鏤螭龍、鳥獸、花木，多以金為之。偽王皆建偽府，馮雲山、蕭朝貴早授首，其子亦襲封建府。其宗教制度，半效西洋。日登高殿，集眾演說，與人民以自由權，解婦人拘束。定偽律六十二條，最為慘酷。然行軍嚴搶奪之令，官軍在三十里外，始准擄劫；若官軍在前，有取民間尺布、百錢者，殺無赦。於安慶大星橋設榷關，撥砲船十艘，環以鐵索，木筏橫截江濱，以防偷漏。九江、蕪湖，及沿江州縣岔河、小港地當衝要者，一律設立偽卡，徵收雜稅。此其建國大略也。
既都金陵，欲圖河北，羅大綱曰：「欲圖北必先定河南。大駕駐河南，軍乃渡河，至皖、豫一出。否則先定南九省，無內顧憂，然後三路出師：一出湘、楚；一出漢中，疾趨咸陽；以徐、揚席捲山左，再出山右，會獵燕都。若懸軍深入，犯險無後援，必敗之道也。且既都金陵，宜多備戰艦，精練水師，然後可戰可守。若待粵之拖罟咸集長江，則運道梗矣。今宜先備木筏，堵截江面，以待戰艦之成，猶可及也。」秀清方專政，不納。乃遣偽丞相林鳳祥、李開芳、羅大綱、曾立昌率眾東下，秀全詔之曰：「師行間道，疾趨燕都，無貪攻城奪地糜時日。」大綱語人曰：「天下未定，乃欲安居此都，其能久乎？吾屬無類矣！」
二月，林鳳祥等陷鎮江、揚州，令吳如孝等留守，分據浦口、瓜洲諸隘。向榮既復武昌，躡寇而東，抵金陵，軍孝陵衞，是謂江南大營。都統琦善亦以欽差大臣率直隸、陝西、黑龍江馬步諸軍軍揚州城外，是謂江北大營。三月，向榮破通濟門寇壘，襲占七橋甕，奪獲鍾山圍，殲寇無算，遂移大營逼城而軍。四月，漕運總督楊殿邦進攻揚州，毀城外木城土壘，東路寇悉避入城。琦善、勝保先後督攻，五戰皆捷。鳳祥留立昌踞揚城，驅婦女及所劫貨財運回金陵；率三十六軍北竄，分擾滁州，踞臨淮關，陷鳳陽府。其酋朱錫錕、黃益芸等別率悍黨犯浦口，攻六合，知縣溫紹原率鄉團拒之，夜火其營，寇遁回金陵。五月，大兵圍揚州，殺敵逾萬。勝保自揚州躡其後，力攻鳳陽，寇遁河南。
楊秀清遣偽丞相吉文元由浦口竄亳州，偕林鳳祥陷永城，犯開封。省官兵擊破之，又敗之汜水。寇奔黃河渡口，溺死無算。楊秀清遣偽豫王胡以晃陷安慶，又遣偽丞相賴漢英、石祥禎攻九江、湖口，進圍南昌。湖北按察使江忠源馳援江西，入城固守。鳳祥等自汜水敗退，犯鄭州、滎陽。六月，圍懷慶，以地道攻城，不克。鎮江寇出城撲我軍，戰北固山下，伏寇縱火，七營皆被焚。鄧紹良退守丹陽，都司劉廷鍈等督潮勇馳援。寇退入城，復擾丹徒鎮，劉廷鍈復擊退之。向榮檄總兵和春與劉廷鍈紥徒陽運河之新豐鎮，寇始不敢南竄，常州獲安。寇之圍懷慶也，立木柵為城，深溝高壘，我兵相持幾至六旬。訥爾經額親督諸將分五路攻壘，毀其木柵，斃敵酋吉文元。鳳祥受重創，解圍而遁，河北肅清。
八月，鳳祥竄山西，陷平陽，直抵洪洞；竄直隸，踞臨洺關，擾至深州。賴漢英等解南昌圍，入湖北，踞田家鎮之半壁山。九月，踞入楚要隘，水陸並進，陷黃州。其竄深州者，旁擾欒城。十月，竄天津，踞靜海，屯獨流、楊柳青諸鎮。漢陽之寇，分股北竄：一陷孝感、黃陂諸縣，一由應城犯德安府，為防兵所遏，合眾退黃州。秦日綱等陷安徽桐城、舒城，侍郎呂賢基死之。舒城既失，賊遂徑撲廬州，陷之。廬州者，安徽文武大吏之所僑寓以為省治者也。十一月，秀全以揚州、鎮江攻圍急，遣賴漢英等領江西眾，糾合儀徵黨援揚州；又令由安徽寧國灣沚進薄高淳湖，窺伺東壩，圖解鎮江之圍，我軍均擊退之。寇復由三汊河進撲，死戰不退。揚州寇曾立昌突出，與賴漢英同竄瓜洲。
上以寇擾長江，非立水師不能制其死命，乃命在籍侍郎曾國藩練鄉勇、創水師討寇。初，寇圍南昌，城外寇壘僅文孝廟數座，官軍屢攻不能克。郭嵩燾偶獲諜訊之，則寇皆舟居，其壘則環三面築牆而虛其後，專蔽舟楫而已。嵩燾因與江忠源議曰：「東南州縣多阻水，江湖遇風，一日可數百里。官軍率由陸路躡寇，其勢常不及。長江數千里之險獨為敵有。且寇上犯以舟楫，而官軍以營壘禦之，求與一戰而不可得，宜寇勢之日昌也。」忠源即具疏請飭湖南北、四川仿廣東拖罟船式，各造戰艦數千，飭廣東製備砲位以供戰艦之用，並交曾國藩督帶部署，奉旨允行。國藩遂治戰船於衡湘，至是始成。共募水勇四千，分為十營；募陸勇五千，亦分十營。以塔齊布為軍鋒。國藩親統大軍發衡州，水陸夾江而下。
初，鎮江、揚州、儀徵、瓜洲四處寇互相應援，不得破。十二月，琦善以揚州寇退，瓜洲勢孤，督軍攻復儀徵，乘勝追抵瓜洲。楊秀清遣胡以晃率黨十餘萬攻廬州，巡撫江忠源晝夜抵禦，以眾寡不敵，城陷，死之。四年正月，黃州寇張燈高會，總督吳文鎔出其不意襲之，會大雪罷戰。越數日，秀清分兵設伏山崗，命其黨率城軍撲營，文鎔拒戰，伏起火發，十三營皆潰，文鎔死之。賊乘勝遂陷漢陽。二月，揚州軍進剿瓜洲，總兵瞿騰龍陣亡。寇遣偽將孫寅山陷太平府，踞為巢。自瓜洲結壘屬於江，以達金陵，往來不絕。秀清復遣石祥禎會漢、黃寇黨溯江直上，陷岳州，溯流至銅官渚，逼近長沙。曾國藩邀之靖港，而寇已由間道襲湘潭，副將塔齊布率兵千三百同水師血戰五晝夜，斃寇數萬。論者謂微此戰，寇溯湘源以達粵，直下金陵，首尾一江相貫注，大局不可支矣。
是月，參贊大臣僧格林沁攻克獨流寇巢，靜海寇復竄踞阜城。僧格林沁攻毀堆村、連村、林家場三處寇壘，擒殺偽指揮、監軍以下一百餘人，悉遁入城。秀全念河北不能支，遣皖黨由豐豆工偷渡黃河，竄山東金鄉，進撲臨清州，冀抒阜城之困。三月，寇以地雷陷城，尋為我軍攻復，竄冠縣、鄆城，復據曹縣，築木城拒守。四月，勝保破其巢，追至漫口支河，逼溺水，偽丞相曾立昌、許宗揚皆溺死。偽副丞相陳世保已先於冠縣燒斃，悉數殲除。踞阜城者即於是日全股南竄入連鎮。僧格林沁及勝保會軍合剿破之，誅林鳳祥；復破之高唐州馮官屯，生擒李開芳，磔之京市。河北肅清，是後不復北犯，我軍遂無後顧憂。
初，長江為寇往來道，荊州當四路之衝，至省道梗，特召荊州將軍官文統軍討寇。時沔陽、安陸、荊門、監利、京山、天門均陷，進窺荊州。雲南普洱營游擊王國才奉調至，一戰敗之，重鎮始安。並克復監利、宜昌，寇遁洞庭湖，合股犯常德府。先是李侍賢常與陳玉成、李秀成謀解金陵圍，犯江西、福建。偽啟王梁成先犯陝西，後與捻合，欲犯湖南、河南，而陳玉成志在武昌、漢陽，乃領一隊入梁子湖達武昌，渡江分犯，以全力圖武昌，六月，陷之，並踞漢陽。巡撫青麟自縊不死，棄城走，尋正法。秀全以秦日綱留守武昌，授玉成偽殿右十八指揮；還陷田家鎮，破廣濟、黃梅，連陷九江，升偽殿右三十檢點。
楊秀清雖在軍，而金陵之事一決於己，驛騎絡繹，多稽時日。向榮軍孝陵衞，稱江南勁旅，秀清憂之，既克武昌，遂馳還金陵，命石達開代守武漢。官文自荊州下剿，克沔陽。初，寇欲先取長沙，踞上游為破竹之勢，而韋志俊略湘潭不得志，退踞岳州，築壘毀橋，意圖久抗。我軍水師設伏誘敗之，七月，復岳州。寇由城陵磯來犯，我軍分五路迎擊，斃偽丞相汪得勝等二人，獲船七十六，殲賊千餘人。塔齊布陣斬悍酋偽丞相曾天養。閏七月，寇奔城陵磯，塔齊布策馬率湘勇直入，毀營十三，斃二千人。陸軍既勝，曾國藩飭李孟羣率水師追剿，荊河東、西兩岸寇壘悉夷。自此由荊入川，由岳州入湘，門戶始固。初，武昌失陷，上以楊霈代總督，台勇克京山、安陸，復天門，生擒孔昭文等正法。餘皆下竄，踞沔陽州仙桃鎮。是月破其巢，並收復下游孝感、黃州、麻城諸縣。寇悉竄黃州。
時金陵寇分股嘯聚於太平府，與鎮江遙為應援。向榮分兵四隊擊之，斃其偽國宗韋得玲、偽檢點陳贄見、偽將軍李長有、偽總制吳春和，遂復府城。楊秀清自率戰，圍軍不利，三路皆潰；退入城，謂韋昌輝等曰：「江南大營不走，吾輩無安枕日矣！現其勢方銳，不可敵也。當乘其罷徐圖之。」金陵寇以乏糧，驅婦女之老而無色者出城，聽其自散。盡取年十五以上、五十以下之婦女，指配給眾，不從則殺之，守志者多自盡，死者萬計。八月，總督楊霈收復黃州府屬蘄水、廣濟、羅田諸縣。曾國藩自克岳州後，議乘勝東下，先與塔齊布會攻崇陽，克之，生擒偽丞相金之亨等十一人。惟廖二逃竄，復句結餘黨，重失縣城。國藩親督水陸諸軍攻武昌、漢陽。寇守城之法，不守陴而守險，洪山、花園兩路皆精銳所在。大軍自螺山下剿，楊載福等率水師，羅澤南率陸師，三路同進，連克寇壘，焚毀敵船數千。李孟羣、塔齊布進薄武昌，寇宵遁。楊昌泗亦攻漢陽，克之。黃州府城、武昌縣均收復。九月，提督和春敗寇廬江，擒偽監軍任大綱等十七名。
下游知官軍分路進剿，乃由田家鎮糾黨六千餘，一由興國分抄大冶以拒武昌軍，一踞興國以拒金牛軍。羅澤南馳至興國，敗之，克州城。塔齊布赴大冶，擊斃千餘。彭玉麟、楊載福抵蘄州，燒寇船九十餘艘。十月，楚軍攻半壁山，寇置橫江鐵鎖四道，攔以木牌，遍列槍砲。楊載福等率水師至田家鎮，會陸師進攻，乘風縱火，破其壘，燔舟一萬有奇。陳玉成棄蘄州竄陷廣濟，聯合秦日綱、羅大綱等分扼要隘。塔齊布渡江追之，收復廣濟。寇退踞黃梅，黃梅為湖北、江西、安徽三省總匯之區。寇死拒，以萬餘守小池口抗水師，以數萬拒大河埔，以萬餘紥北城外，又以數千游弋聯絡之。塔齊布與羅澤南登山下擊兜殺，陳玉成縋城而逸，遂克黃梅。玉成自請罪，而秀成反加偽勳號曰成天裕。
時捻匪蠭起，粵寇與之聯合，或令分擾，或令前驅，以牽制我軍。秀成由廬州踞舒城，並扼桐城大、小二關，阻我南路之師。二關為安慶通衢，屢復屢失。京堂袁甲三檄參將劉玉豹、舉人臧紆青等戰奪兩關，斬其目吳鳳珠等十二名，進抵桐城。廬江寇糾安慶黨來援，我軍兜戮殆盡，而潛山援寇復至，臧紆青歿於陣。
十一月，國藩進軍九江。玉成自黃梅敗後，復糾安慶新到之眾踞孔壠驛、小池口，與對岸九江相句連。李孟羣七戰七捷。塔齊布與羅澤南等由北岸進至濯港，進攻孔壠驛，破土城，縱火焚街市，寇無得脫者。小池口寇聞之，亦遁。乃調陸軍攻九江，水師乘勝攻湖口，大綱趨救，大戰梅家洲，燬小河簰船、沙洲橋壘。十二月，蕭捷三率水師馳入鄱陽湖內，追至大姑塘。石達開聯船為卡斷其後，捷三不能返，遂與外江水師隔絕。達開潛以小舟馳襲國藩坐船，國藩跳入羅澤南營以免。大軍之攻九江也，敗寇收合潰散，分三道東陷黃梅。值歲除，潛至廣濟，火楊霈大營，霈突圍出，不敢入武昌，走保德安。
五年正月，江蘇巡撫吉爾杭阿克上海縣，縣自三年秋陷於賊，至是始復。秀全令皖寇大舉犯湖北，中道自小池口沿江陷黃、蘄；復分黨從富池渡江西，陷興國、通城、崇陽、咸寧、通山，且掠江西武寧，所至脅眾以行。湖北巡撫陶恩培甫蒞任數日，時總督在外，未及議守備。城中兵僅二千，徵兵半途聞警皆潰去。湖北、江西方千里，旬日騷然矣。始寇之起，所行無留難。其踞省府，脅取民財米。行道掠人夫，不用則遣還，未嘗增眾。及屢敗，乃結土寇屯城鎮，頗收拔悍鷙者，而任用石達開、陳玉成等，極稱得人之盛。自漢口進襄河，上犯漢川，擾沔陽，進犯武昌，踞漢陽府城。沿江築壘，並於漢陽下南岸嘴高築砲臺，以阻下游之師。時江西寇入腹地陷饒州。國藩親至南昌，修整內湖水師，與羅澤南陸軍相依。
二月，韋國宗等攻陷武昌，巡撫陶恩培等死之。寇溯漢江而上，以岳家口、仙桃鎮為老巢。上以胡林翼巡撫湖北，國藩進吳城鎮，屢書與議東南大勢，以武昌據金陵上游，宜厚集兵力為恢復計。四月，陷德安府，楊霈退走襄陽，上褫其職，以官文為湖廣總督。國藩屯南康，思整軍出江謀進取，然寇已由都昌陷饒州，別由東流、建德窺樂平，屯景德鎮，東犯祁門、休寧諸處。而湘軍僅萬餘人，水陸分為四：李孟羣等水師回援武昌，塔齊布留攻九江，羅澤南入江西攻饒州，國藩收蕭捷三水師三營屯南康。羅澤南奔走往來，克廣信府，收景德。寇之踞徽州者，與土匪相結，據險以抗我軍。浙軍出境擊寇，復徽州，乘勝克休寧、黟縣、婺源，生擒偽將軍、兩司馬等八名。秀全命北固山、鎮江、瓜洲、金山四路，約期進犯揚州。托明阿伏兵九洑洲，迎擊破之，斷鐵鎖船鍊，焚船三百。諸路寇被創而遁。饒州之寇分據樂平、德興、弋陽，江西軍率水陸師往剿。寇出五隊來撲，不克而奔，郡城立復。秀全以金陵山三山為濱江要區，以精卒守之，水師不能上駛。托明阿督水師總兵吳全美沿江掃蕩，焚船二百餘艘，獲拖罟、快蟹等船二十五艘、大小砲八十餘尊，生擒偽先鋒陳長順等六十一名。吳全美乘勢上山，蹋平營卡。江西肅清，水師始棹行無阻。
五月，秀全謀襲金口，斷楚軍糧道。林翼督軍屢戰，斬其偽丞相陳大為等，進屯紙坊，逼省城小東門。寇潛自他門出掠。林翼建議先攻漢陽，扼溳口、蔡店要隘，絕竄湘之路；開濬江隄，以水師腹背攻之，則漢陽可破，而鄂省咽喉已通，不難併力於武昌矣。初，寇由府河入湘，所過州邑悉殘破無完土，復為官文伏軍所狙擊，分途潰退。六月，收復雲夢、應城，二城者府河出入要道也，寇失之，大恐。我軍進攻德安，斷其出入，寇始不敢窺伺荊襄。七月，塔齊布卒於軍。寇陷義寧，國藩遣羅澤南出奇兵復之。寇嚴守襄河蔡店，上通德安，下達漢鎮，互為應援。十二月，彭玉麟克蔡店，水陸並進，毀襄河鐵索浮橋，蹋平南岸敵巢，而下游塘角、漢陽、大別山營壘焚毀殆盡，德安之寇益蹙。林翼既克蔡店，而漢川為蔡店後路，寇據此游行衝突，德安亦資以通聲氣。林翼與官文會軍克復漢川，武漢首尾始聯絡一氣。
蕪湖之陷幾二載矣，江、皖往來道梗。寇以為上下關鍵，水則聯艦，陸則砌臺，我軍屢攻不能拔。是月，向榮督軍分道擊之，縣城始復。楚南軍亦攻復湖口、都昌。八月，按察使李孟群守金口，崇寧寇句結武昌城黨分道來撲，陸營失守，林翼亦敗於奓山，退保大軍山。寇勢復熾，分擾漢陽，並繞道襲陷漢川。九月，官文、林翼檄調羅澤南援武漢，澤南上書請率所部以行，謂：「得武昌乃可控制江、皖，屏蔽江西，而後內湖外江聲息可通，攻九江始操勝券。」國藩從之，乃部署援師五千人，自義寧趨通城。寇聞我軍至桂口，分眾來援，設木城重壕自固。澤南會軍克之，進攻崇陽。桂口寇退入崇陽，密約通山來援。桂口與湖南、江西、湖北交界，形勢奧衍，米糧充足。曩偽丞相鍾酋義寧敗後，踞此修土木城，跨山引澗，袤斜六里，欲踞一隅以掣三省之師，伺隙而動。澤南移得勝之兵先奪是隘，進克崇陽，焚寇壘，馳赴羊樓司扼敵上竄。
十月，克復廬州。廬州陷已三年矣，守之者為偽豫王胡以晃，與我軍大小數百戰，死傷萬餘，皆受創而去，是月始克之。其據德安者，眾不過數千，恃武漢為下游奧主，襄、府二河群蟻聚。我軍勝東挫西，疲於奔命。至是官文督兵力戰，守城寇黨陸長年、馬超羣潛赴大營投誠，約為內應。值大風雨，放火開門納師，遂復其城。時寇之牽制我軍者三路：自隨、棗至襄陽為北路，武昌上下為南路，漢川中路。尾潛、沔，首德安為尤要，屢收屢陷。官文督軍分四道齊集漢川，克之，遂率兵東下，與林翼合謀武漢。石達開自安慶率三萬人上援武昌。澤南會林翼夾攻，連克蒲圻、咸寧；至金口，會攻武昌，破城外敵壘，駐軍洪山。寇之踞武昌者，城外大壘八、小壘二。林翼與戰，澤南襲之，破大壘一、小壘二。李孟羣亦薄攻漢南，與官文軍相聲援。水師往來南北燒敵船，都興阿以馬隊護之。群帥輯和，寇益不得逞。漢陽城外自龜山沿河而下，敵船林立。上游入江之梁子湖，下游金牛鎮，群寇赴援。水陸各軍督團勇犁巢掃穴，武漢外患至此盡除。
秀全以瓜、鎮屢挫敗，圖往援，十一月，出龍脖子等處。向榮飭張國樑敗之仙鶴門、甘家巷，又戰七霞街，斃偽丞相周少魁等四十名；追至石埠橋，馘二千餘，逃入城不敢復出。秀全於對江九洑洲築石壘，浚深壕，悉銳守之，為金陵屏蔽。寇竄江北，以此為出路，屢攻之未下也。六合知縣溫紹原克其壘，後復為寇據，同治二年始復之。瓜洲、鎮江一水相望，兩城往來無阻，並時有合竄揚州圖北犯意。揚州軍與瓜洲相持已二年餘，托明阿以日戰無效，諭士民築長圍於瓜洲之北以扼之，至是圍成。寇水路分撲，大敗去，奪其簰船，生擒偽參護鄭金柱等十名。吉爾杭阿既克上海，移軍鎮江，是月營小九華山。又於黃鶴山、京畿嶺築城置砲臺以逼之，並為地道轟城，寇死拒不得入。
十二月，無為寇糾合安慶、蕪湖諸黨東下，圖解鎮江之圍。蕪湖下至揚州，沿江汊河套港皆寇通藪。向榮檄水師泝江會攻，敗之神塘河，又敗裕溪口援寇於陶陽浦，生擒偽檢點趙元發、偽將軍王化興等數十名。十二日，秀全遣李秀成等援鎮江，我軍禦之石埠橋，尋由江州下竄下蜀街。先是楊秀清調上游蕪湖，江北和、含及廬州眾還江寧，統以李秀成及偽丞相陳玉成、偽春官丞相涂鎮興、偽夏官副丞相陳仕章、偽夏官正丞相周勝坤，取道棲霞、石埠，而豫遣城寇四出絓我軍。向榮大營存兵不敷分布，檄蕪湖鄧紹良分軍為張國樑、秦如虎應援，令吳全美以師船攻大勝關，以分敵勢。明安泰嚴堵秣陵關，咨吉爾杭阿等守丹陽，以固蘇、常要隘。初，澤南既去江西，石達開乘虛復入義寧，敗江西官軍，陷新昌、瑞州、臨江、袁州、安福、分宜、萬載。江西、湖北隔絕，軍勢不能復振。曾國藩飛調副將周鳳山統九江全軍往援，遇寇樟樹鎮，以鉤連槍敗其籐簰手，並會水師燬敵船，新淦寇聞風竄走，遂復其城。
六年正月，石達開陷吉安，乃由湖北入通城。達開悍而多詐，肆擾江西，不急犯省城，不直指南康，先旁收郡縣，遍置偽官，迫其土民，劫以助逆，因糧因兵，愈蔓愈廣。其陷瑞州者為偽檢點賴裕新，先陷袁州者為偽豫王胡以晃，先攻臨江後攻吉安者為偽春官丞相張遂謀。廣東土匪入江西者，以周培春黨為眾。又匪目葛耀明、鄧象等均於瑞州入達開大股之中，匪目王義潮、劉夢熊分屯吉安、泰和，亦與達開合併為一。達開久居臨江，為上下適中之地，凶悍之眾，皆萃於此。南則窺伺贛州、南安以通粵匪，北則踞守武寧、新昌以通九江。達開進攻南昌，周鳳山以九江全軍守樟樹鎮。時達開眾才數千餘，乃張燈火山谷間為疑兵，率敢死士乘夜來襲，我軍不戰而潰。鳳山走南昌，國藩亦移軍省城。秀全益以皖、贛諸事付達開，尋陷進賢、東鄉、安仁，破撫州。未幾，建康、南昌相繼失。澤南念國藩艱危，日夜憂憤，督戰益急。秦日綱嬰城待援，士卒多傷亡，陰穴城為突門。會達開率九江援黨至，開城迎之。澤南要之突門，寇出直衝澤南軍。澤南三退三進，軍幾潰，槍丸中左額，收軍還，創發而歿。以李續賓領其眾。
續賓初建議分屯窯彎絕寇糧，既代澤南，仍屯洪山，以游兵巡窯彎、塘角間。古隆賢率萬人來援武昌，約城寇舉燧為識，林翼諜知，佯舉火，城寇出，陷伏大敗。達開援眾號十萬，林翼分水陸力戰，焚敵船七十，平八十壘。武昌寇大窘，城守益固。而江西請師日數至，義寧寇復犯崇通，九江寇合興國、大冶土寇自武昌縣進至葛店，謀襲巡撫大營。林翼以江西待援，分軍四千一百人，以國藩弟國華統之，率劉騰鴻、劉連捷等道義寧，收咸寧、蒲圻、崇陽、通城、上高。湖南所遣援軍將劉長佑收萍鄉，蕭啟江收萬載。國藩命李元度收東鄉，周鳳山等收進賢，劉子淳收豐城。五月，畢金科將千人防饒州，陷，旋收復。黃虎臣將三千五百人攻建昌，遇寇死。六月，彭玉麟收復南康。七月，劉騰鴻至瑞州，戰寇，走之。
是時江西列縣陷者四十餘城，廣東和平土寇犯定南、安遠、信豐、長寧、上猶、崇義、雩都，省城不能救，軍報數月不相聞。瑞州居江、湘之衝，有南北城，中隔一河。劉騰鴻援南城，韋昌輝自臨江來援，至北城，遽挑戰，騰鴻乘其弊攻之，從北岸渡河抄其後，南城兵角其前，寇大敗。至是江湖路通，自長沙以至南昌無道梗憂。寇自陷吉、袁、瑞、臨諸府，大修戰船，議秋間圍攻省城。瑞、臨寇船出而下，湖口寇船入而上，困我水師，復於生米口築立堅壘。七月，由松湖帶戰船三十餘艘、陸寇千餘，將抵瑞河口，我水師偵知，豫釘排樁。寇甫至，我軍衝入，縱火焚之，復堵城寇於臨江口，焚其船壘。生米口之寇聞之亦遁。八月，劉騰鴻等敗臨川偽指揮黃某，收復靖安、安義。寧都土寇襲陷建昌、鉛山、貴溪，圍廣信。浙將饒廷選赴援，寇遁走。時江西寇勢浩大，黨類眾多，欲以全力困江西。自去年十一月至本年二月，以石達開為主；三、四、五月，以黃玉崑為主；六、七月，以韋昌輝為主。九江則林啟容，瑞州則賴裕新，湖口則黃文金，撫州則三檢點，建昌則張三和，袁州則李能通，皆劇寇也。統計江西境內近十萬人。
九月，國藩視師瑞州，李元度以撫州不克，餉益絀，乃分軍略旁縣募糧，且分寇勢，遂收宜黃，復崇仁。是日城寇出攻江軍，林原恩敗死，元度突圍免。撫州軍俱潰，元度移屯貴溪。十月，復陷宜黃、崇仁，分陷金溪。福建援軍將張從龍援建昌，軍潰，特詔起黃冕知吉安府，率軍往，以國藩弟國荃為軍主。當是時，江西軍分為四，湘軍最強。國藩居水軍中，劉長祐屯袁州，派隊攻克分宜，援寇路絕。十一月，偽將李能通啟西門納官軍，袁州復。國荃收安福。江西諸軍稍振。
初，武昌久不下，林翼謂戰易攻難，以分兵牽寇斷其援路為要。是月，唐訓方等敗石達開於葛店。寇增召戰艦復犯葛店，蔣益澧總六營往，逆戰，克之。追奔至樊口，合水師燔其船，入武昌縣城。石達開憤樊口之敗，大集黨萬餘，由廣濟、蘄水、黃岡至漢鎮，密約偽丞相鍾某堅守以待。官文獲其偽諜，令都興阿、多隆阿馬步兜擊，寇大潰。我軍乘勝攻黃州，不能克。舒興阿、舒保等將馬隊四百人渡江，寇於青山、魯港間增十三壘相持。水陸合擊破之，追奔至葛店。寇懾於騎軍，乃大奔。自是水陸馬步相輔，軍勢日盛，益募陸軍五千、水軍十營，增長圍困之。武昌、漢陽同克復，擊斃偽丞相鍾某、偽指揮劉滿，生擒偽將軍、師帥、旅帥、兩司馬五百餘名。武昌寇分七隊突門出，生擒偽檢點古文新等四人，斃先鋒悍黨八百餘，死兩萬有奇。蓋武漢自五年三月失守，至是已二十餘月矣。尋復武昌縣、黃州、興國、大冶、蘄州，民兵復蘄水、廣濟、黃梅。陳師九江城下。十二月，國藩至九江勞軍，議統水師決取九江，以聯絡內外。乃派千總張金璧等復建昌。李續賓追寇東下，復瑞昌。進攻九江，派軍復德安。劉長祐由袁州赴分宜，寇退踞新喻溪，遇之寶山，降將李能通匹馬衝陣，寇退入城，我軍隨之入，寇出東門遁。湖南援軍將劉拔元等收永寧、永新、蓮花廳、崇義、上猶。
寇陷鎮江至是四年矣，是年京口為張國樑所迫，秀清命四偽丞相李秀成、陳玉成、陳仕章、涂鎮興往援。秀成欲一人渡江，潛往京口，約兵夾擊，無敢應者。玉成乃夜乘小舟潛越水寨，縱兵擊國樑軍，秀成登高見城中兵出，遣鎮興、仕章當敵，而自率奇兵繞國樑軍後擊之。乘勝擊丹徒，和春敗走，遂渡瓜洲攻揚州，陷之。托明阿軍潰退北路，詔德興阿代領其軍。偽顧王吳如孝守鎮江，分兵踞高資。古爾杭阿檄知府劉存厚扼之，金陵寇大恐。秀清遣悍黨數萬出句容來援，吉爾杭阿中砲死。存厚翼其屍不得出，亦戰死。向榮急遣張國樑會救，克之。秀成以揚州孤懸江北，留守不便，遂棄去，竄回金陵。
當是時，向榮、張國樑負眾望，稱江南勁旅。然頻年征戰，餽餉乖時，士卒常忍饑赴敵，頗缺望，又分兵四出，所部兵力過單。楊秀清知可乘，請於秀全，定夾攻大營之策。五月，密約吳如孝率鎮江寇自東而西，拊大軍之背；金陵寇自西而東與相應，更命溧水、金柱關諸寇旁出橫截。秀清自率勁旅出廣濟門，先遣賴漢英率紫荊山諸黨攻七橋甕以挑之。向榮、張國樑狃常勝，併力截殺，漢英忽少卻，向榮益策大軍赴敵。吳如孝以鎮江黨突薄之，大營空虛，守兵驚散。向榮見大營火起，退無所據，軍立潰。寇數路乘之，大軍死傷遍地。國樑獨以身翼榮出，稍收敗卒退保丹陽。寇築壘圍之，向榮以病不能進，乃以軍事付國樑，一慟而絕。
向榮既死，寇舉酒相慶，頌秀清功。秀全益深居不出，軍事皆決於秀清，文報先白其府，刑賞黜陟皆由之，出諸偽王上。如韋昌輝、石達開雖同起草澤，比於裨將。大營既潰，南京無圍師。秀清自以為功莫與京，陰謀自立，脅秀全過其宅，令其下呼萬歲。秀全不能堪，因召韋昌輝密圖之。昌輝自江西敗歸，秀清責其無功，不許入城；再請，始許之。先詣秀全，秀全詭責之，趣赴偽東王府請命，而陰授之計，昌輝戒備以往。既見秀清，語以人呼萬歲事，昌輝佯喜拜賀，秀清留宴。酒半，昌輝出不意，拔佩刀刺之，洞胸而死。乃令於眾曰：「東王謀反，吾陰受天王命，誅之。」因出偽詔，糜其屍咽群賊，令閉城搜偽東王黨殲焉。東黨恟懼，日與北黨相鬥殺，東黨多死亡逃匿。秀全妻賴氏曰：「除惡不盡，必留後禍。」因說秀全詭罪昌輝酷殺，予杖，慰謝東黨，召之來觀，可聚殲焉。秀全用其策，而突以甲圍殺觀者。東黨殆盡，前後死者近三萬人。
時石達開在湖北洪山，黃玉崑在江西臨江，聞亂趨歸。達開頗誚讓昌輝，昌輝怒，將併圖之。達開縋城走寧國，昌輝悉殺其母妻子女。秀全責以太過，昌輝負誅秀清功大，不服，率其黨圍攻偽天王府，秀全兵拒敗之。昌輝遁，渡江為邏者所獲，縛送金陵磔之，夷其族，傳首寧國。甘言召達開回，既至，或謂達開兵眾功高，請留之京師，解其兵柄，否則又一楊秀清也。秀全心動，乃命如秀清故事輔朝政。達開危懼不自安，其黨張遂謀曰：「王得軍心，何鬱鬱受人制？中原不易圖，曷入川作玄德，成鼎足之業？」達開從之，乃還走安徽，約陳玉成、李秀成偕行，二人不從，益不能還金陵。於是始起事諸悍黨略盡，乃以偽春官正丞相蒙得恩為正掌率，調度軍事；偽成天豫陳玉成為右正掌率，偽合天侯李秀成為副掌率，兵事專屬秀成、玉成，均聽蒙得恩節制；而內政則秀全兄弟偽安王洪仁發、偽福王洪仁達操之。
時我軍自克復廬州，寇黨竄踞三河，分營金牛，一路壁壘相望，屢抗我師。八月，和春督軍乘夜踰壕火其藥局，梯城而入，寇倉皇奪門出，追斃之巢湖。生擒偽指揮張大有、偽將軍秦標盛等十一名，殲賊五千餘。江南軍克復高淳。九月，擊敗句容、溧水，二城近金陵為犄角。金陵聞其敗，氣阻，大營始安。巢縣者，寇之老巢也，其水陸連營無數，所掠糧餉悉輸金陵。巡撫福濟與編修李鴻章督軍攻復之。廬州所屬州邑以次肅清。
七年正月，湖南援軍吳坤修克安義、靖安，與民團會攻奉新，寇棄城遁。武昌之陷也，曾國藩遣彭玉麟援鄂；及石達開躪江西，連陷瑞、臨、袁、吉、建、撫諸郡，又檄玉麟赴援。尋國藩以父喪歸，上命彭玉麟協同載福調度軍事。九江為江西重鎮，皖、楚咽喉，寇力爭天險，匯踞九江，而以對岸黃梅之小池口為外蔽，進以犯湖北，退以擾贛、皖，游行掉臂，防不勝防。大軍自達九江、宿松，諸酋聚眾數十萬，城於小池口，以遏官軍，圖上竄。是月寇分三路入犯，距黃梅縣城數十里，知縣單瀚元請空城誘入，都興阿從其計，伏軍四起殲之。寇棄城走，截斬其偽擣天侯陳某，偽天王婿鍾某、曾某三名。小池口寇聞之喪膽，乃築堅城為固守計；復於段窯、楓樹坳、獨山鎮諸處依山砌石，為壘數十，引水浚壕，阻我軍東下。都興阿遣鮑超、多隆阿、王國才等分攻，悉平其壘。
四月，玉成犯湖北，眾號十萬。李續賓壁小池，鮑超移屯黃梅，遏其衝，分途迎擊，大破之，軍威始振。五月，李續賓攻九江，掘長壕困寇，設伏敗之馬宿嶺、茶嶺諸處。越旬餘，安慶寇來援，合城寇三萬，蜿蜒數里。我軍水陸會剿，連戰皆捷。閏五月，玉成復犯湖北，大小二十五戰，亡七千有餘。時蘄、黃一路寇猖甚，蘄州諸軍並挫，賴舒保力戰，水師左光培扼巴河，得免上竄。官文令唐訓方增軍守要，約都興阿力扼黃梅，嚴防後路。以是黃州上下烽火不絕，而武漢帖然無恙。六月，續賓浚長壕合水師力攻九江，宿松、太湖群寇糾合皖省饑民十餘萬乘虛圖武漢，且解九江之圍。寇據黃梅、廣濟、蘄州、蘄水，分四路進，大小五十餘戰，死萬餘而勢不稍衰。
初，小池口之捷也，潯陽、湖口立望廓清；及皖寇上援九江，陸軍梗阻，而上游水師又難驟撤，楚軍馬隊不及萬，寇所竄伏，崎嶇泥淖，馬隊幾無可施。惟將士一心，屹然不為所撼。楊載福、李續賓督水陸上援，多隆阿、鮑超攻賊童司牌，敗之十里鋪。寇造浮橋河中，東通北湖，西達武穴。續賓渡江平南岸寇屯，水師復焚寇艇，燬浮橋，寇不得逞。七月，黃梅寇以弱兵守壘，而以強悍驍勇者遍伏村落。多隆阿偵知，約鮑超直衝村落，斃五千餘，而其在蘄、黃者仍不下數萬。官文督軍五路進攻，杜其上竄，擒渠掃穴，蘄、黃路通。尋又大破皖寇於黃岡、蘄水界，克復瑞州，我軍直抵小池口。小池口與潯城隔江對峙，為江、皖入楚衝途。寇壘石為城，深溝高壘。胡林翼以寇燄正衰，約諸軍先拔小池口，親督唐訓方、李續宜等由蘄水達黃梅坡下，建碉以塞宿松上竄之路。偵知城內爨具已毀於砲，炊煙斷熄，乃令水陸環攻，射火入城。我軍乘亂而登，寇盡殄滅。全楚始一律肅清。
江西軍隨復東鄉。東鄉隸撫州，寇踞之以為撫州保障，復陷萬年諸縣。八月，將軍福興冒雨進攻，縱火平塘，絕寇竄路。平塘者，附城往撫州之衝也。寇果棄城而遁。初，寇踞石鐘山，守湖口兩岸，致水師隔絕。九月，克湖口，連破梅家洲，燔石鐘山寇巢，殪萬餘。內湖外江至今三載始合。載福以取九江當先援彭澤，彭澤南有小孤山，寇築城其上以守彭澤，為九江聲援。載福會軍攻克縣城，盡掃小孤山寇巢。下游巨險悉夷。大軍回向九江。十二月，長祐會攻臨江府，拔之。寇竄湖北興國州，復為續賓所殲。餘眾僅二百，皆鳧水而逸。
寇之自楚北敗竄回皖也，糾合河南捻匪，撲廬州及巢縣、柘皋。我軍進平柘皋寇壘，火巢湖派河兩子鋪寇船，寇蹤遂絕。先是江南水師提督李德麟率紅單船入皖，寇遏之繁昌縣峽口，不得上，七閱月矣。載福督師東下，焚奪陳玉成所派戰船略盡。連日焚華陽鎮，復望江、東流，疾趨安慶，破樅陽大通鎮，進克銅陵，馳入峽內，與紅單船合。寇望風瓦解，逼泥汊偽城，李成謀擲火焚之，斬戮過當。時江西寇糾黨二萬餘，由浮梁、建德、都昌、鄱陽竄湖口，而宿松、太湖寇憤九江之敗，糾黨五六萬，麇集於楓香驛、仙田鋪等處，聲勢相依。官文檄唐訓方壁陳園，固蘄州門戶。多隆阿、鮑超等迎剿太湖，李續宜會水師分三路直擣，斃寇二萬餘，寇勢大挫。
江南大營之退駐丹陽也，秀成踞句容，屢出窺伺。正月，國樑獨率精卒間道抵城下，毀其外壘，斃寇千數百名，寇不敢復出。二月，金陵、安慶寇偵溧水勢蹙，糾眾至鄔山，築壘為援。和春乘寇營未定，邀而敗之。寇渡河復結四壘，江南軍三路敗其眾，合兵攻溧水城，前後平寇壘二十六座，殲三千，斃偽靠天侯以下十餘名。移營已及一年，戰功此為最烈。四月，瓜洲以我軍圍攻久，勢頻危，乃出背城計，水陸並撲，戰土橋西里鋪，不勝；復以戰艦分兩路進：一沿港助勢，一渡江他擾，均為我水師所殲。寇之聚溧水者，屢招援黨攻大營，死萬餘，復於鄔山築壘數十以抗我軍。五月，總兵傅振邦破其外壘，繼以火攻城。副將虎坤元乘內亂，斬守城悍酋而入，遂復其城。溧水既克，和春進規句容，與溧水相犄角。寇結外援，聲勢尚壯。國樑會軍圍攻，而自帥親兵衝入，刺黃衣悍目數名，寇奔潰。和春進衝內壕，國樑首先登城，寇尸山積。閏五月二十五日，收復縣城。九月，鎮江寇出城至甘露寺，逕撲大營，和春迎剿敗之。寇欲西竄接應金陵，國樑密於高資增營扼塞，寇亦築壘，運糧河北。國樑遣參將余兆青等毀其砲臺，而自率親兵渡河，會水陸諸軍鏖戰六晝夜，沉巨船十餘艘，削壁壘二，生擒魏長仁等六名，斬俘無數。
寇之踞瓜洲者，遙聯金陵，近接鎮江，阻官軍進剿之路，歷五年矣。適南岸寇援創於和春，德興阿乘其隙，檄大軍踰城而入，遂下瓜洲。十二月，國樑大捷於瓜洲南岸，陣斬偽王，奪壘十七，遂圍鎮江。秀全四遣眾援，均為虎坤元所破。國樑督軍攻四門壞垣，奪復其城，逸出者沿江搜殺近萬人。惟吳如孝潰圍遁入金陵，復竄聚安慶。而潛山太湖之寇又陷霍山，旋退出，欲從羅田、麻城上竄，踞獨山、西河口為營。官文調馬步軍兼程馳防豫、皖交界之處，以固楚疆。八月，皖寇糾豫捻謀援金陵，犯商、固，擾光州、六安，窺伺隨、棗一路。而太湖、渡石牌等處寇黨連營三十里，眾六七萬，乘我軍度歲，竄近蘄州，尋又竄荊橋、好漢坡諸處。多隆阿迎剿，敗之仙田鋪、風火山，追抵太湖，連營宿、太以扼寇衝。而秦日綱遣其黨北趨，避實擊虛，謀犯蘄州。蘄水、六安之寇亦併力上竄，陷英山縣，分七路竄羅田。羅田知縣崔蘭馨連日鏖戰，收復英山。守備梁洪勝等督楚軍擒偽丞相韋朝綱。寇出黃花嶺，竄楚境楓樹坳等處。都興阿遣將往南陽河迎擊。寇築壘北岸，我軍潛伏北岸山谷中，而列陣南岸。寇渡河而南，我軍邀擊之，乘勝北渡。寇陣山腰，潰寇踵至，伏兵起，斃寇無數。楚軍勢大振，宿、太諸營始紓後顧憂。
時秀全大會諸黨，飭陳玉成為前軍主將，以潛、太、黃、宿為根據，敵我上游楚師；楊輔清為中軍主將，以殷家匯、東流為根據，敵我中路曾軍；李侍賢為左軍主將；李秀成為五軍主將。二月，和春攻破秣陵關，關為金陵南面外蔽，寇所嚴守者也。三月，和春率張國樑等圍攻金陵。會秀全張筵飲群黨酒，流丸墜秀全膝下，群駭愕。秀全曰：「予已受天命，縱敵兵百萬，彈丸雨下，又將如予何！況和春非吾敵也，諸將弄彼如小兒，特供一時笑樂耳，奚恐為？」初，寇屢伺我軍懈，悉銳出犯，冀解其圍，而雨花臺爭之尤力。和春嚴為防儆，寇果由雨花臺攻大營，大敗之。和春、張國樑作長圍困寇，度地勢險夷，溝而垣之，鑿山越水，周城百餘里。諸營大小相維，絕寇應援，秀全大懼，誡各門嚴備。潛結壘於壽德州，屢突長圍，不克，死者枕藉。當是時，石達開在蜀，楊輔清竄閩，林紹璋敗於湘，林啟榮圍於九江，黃文玉坐困於湖口，張朝爵、陳得才孤守皖省，陳玉成坐守小孤山、華陽鎮一帶，秣陵又陷，金陵老巢聲援殆絕。而糧食尚充足，上游諸州縣皆為寇據，呼吸可通，故寇雖危蹙而未遽顛覆。
我軍屢圍金陵，玉成多方抗拒，而秀成出陷杭州，以掣圍師之肘，我軍不動。玉成乃自潛山、太湖下江浦，伺官軍之虛，悉眾攻大營，以冀解圍。蘇、常相繼而陷。四月，李續賓、楊載福會攻九江，九江為金陵犄角，南岸肅清，專力攻九江。城寇被圍久，以數千人攖城，植蔬種麥供軍食，其守愈暇，頻傷攻城軍士。嗣地道成，城破而復完。楊載福督水陸十六營攻四門，地雷再發，城崩百餘丈，諸軍躍登，斃寇萬六七千。出城者水師扼之，俘斬無遺。林啟榮、李興隆均敗死，磔其屍。九江既克，寇黨無固志。楚南軍先後收復新淦、崇仁，下撫州，克安樂、宜黃、安豐、新城諸縣，收復建昌。國荃攻吉安，旁克吉水、萬安二縣。於是江西陷城收復八九矣。寇黨畏懾，金陵寇亦窮蹙。
秀全力圖外擾，乃命寇將竄皖南北及閩、浙諸省，冀大軍分援，以牽我師。玉成勾結捻首張洛行、龔瞎子，眾號十萬人，踞麻城，四門築五十八壘，溝塹重疊，據險自固。而安慶暨英、霍諸寇又陷黃安，冀窺漢陽、德安，取道北竄。官文檄續賓上援，以紓麻城之患。先是秀全命賴漢英掠江西，皖寇入福建，陷政和縣、邵武府，遂陷浦城，分擾建寧。五月，我軍克復黃安、麻城，斬偽丞相指揮數十人；追至商城，並進剿太湖、潛山、英山、霍山諸寇。其黨竄踞東安者，圖為江南北聲勢。和春督軍立復縣城，金陵寇愈形危蹙，急思潰竄。和春派水師分剿繁昌，毀其堅壘土橋，進破峨橋、魯港等處。城寇憤恚，出太平、神策門分犯大營，張玉良、馮子材等陷陣敗之，寇退。遂攻金川門，悉毀東北城外壘柵。
石達開乃自廣豐陷江山縣，金華、衢州、處州三府屬邑焚掠殆遍。浙軍敗之壽昌七里亭。六月，寇竄全椒，踞滁州、九洑洲等處，浙軍大敗之，進克武義、永康、常山、江山、開化、縉雲、宣平，衢圍亦解。寇悉竄處州，陷之，周天受督軍克復。會閩寇蜿蜒猖獗，所復各城旋失，又陷松溪、崇安、建陽等縣，建寧府亦被圍。浙江巡撫晏端書檄將馳援閩省，又出師江山界，剿浦城寇巢。
是時，上以浙、閩寇並起，乃起曾國藩率江西湘軍援浙，旋命改援閩。國藩自鉛山進軍，寇大懼，圖牽制之計，分萬餘人犯江西，圍廣豐、玉山，入踞安仁。閩軍遂克光澤，收建陽，解順昌圍，連復松溪、政和、寧化、崇安，破浦城老巢。復邵武府，閩省肅清。國藩移軍弋陽，親督水陸各軍克復安仁縣城。八月，克吉安，擒偽先鋒李雅鳳、偽丞相翟明海，正法。江西列城皆復。進攻太湖，前月寇陷廬州，巡撫翁同書告急於續賓，官文以太湖方血戰有功，疏留之。時寇於東岸及楓香鋪、小池驛、東山頭各築營壘，續賓等分段攻城，焚其火藥庫，寇眾駭散，遂克太湖，乘勝抵潛山。潛山石牌為南北要衝，寇屢集黨與援應，抗我東征之師。都興阿等營北門彰法山，馬步並進，寇敗潰，斃七八千，遂復縣城。我軍分二路平上下石牌老巢。
九月，玉成自潛、太會九洑洲群寇下江浦，伺官軍之虛，疾攻浦口，以冀解金陵之圍。我軍進退爭一橋，遂大挫。和春派兵來援，寇分軍綴之，仍力撲浦口。江北大營遂失陷。迭陷江浦、天長、儀徵。並分攻六合，德興阿遁。揚州賊破南門入，揚州陷。進犯邵伯縣，國樑率軍渡江。會北軍克復府城，移攻儀徵，亦克之。亟引兵救六合，阻於寇，不得驟進。寇穿地道陷城，補用道溫紹原赴水死。寇渡江陷溧水，築壘江藍埠諸處，為扼要持久計。十月，和春遣總兵張玉良攻復溧水。寇夾攻高古山大營，國樑怒馬陷陣，斃寇五六千。合兵追抵江寧鎮，燬卡壁數十座。小丹陽以至采石磯老巢悉平。
初，勝保率皖軍攻天長，捻首李昭壽以部眾二千降，勝保奏請賞給花翎三品銜，賜名世忠，使為內應，遂克縣城。大軍之入皖也，克復桐城、舒城二縣，寇悉遁三河。都興阿會水師盡掃安慶城外寇壘。續賓追至三河，玉成、秀成、侍賢連江浦、六合、廬江眾，又乞援捻匪，招潁、壽、光州群盜，合十餘萬，圍官軍三重，眾寡不能敵，續賓死之。潰軍至桐城，前留防四城軍潰，不旬日，桐、舒、潛、太復陷。都興阿收潰卒，由石牌駐軍宿松，進剿黃泥營寇眾，敗之；復督鮑超、多隆阿大戰荊橋、陳家大屋，平三十餘壘，軍勢復振。玉成退還太湖，以為舒、桐已得而宿松不破，則安慶之守不固，與秀成謀再舉。秀成知不可敵，不欲從，而玉成屢言有妙策，始與分道來犯，卒受大創而退。玉成留軍太湖，而自還安慶。秀成率黨還巢縣、黃山。
是時江西寇復闌入閩界，蹂將樂縣，並陷浦城、永吉、建陽、順昌、寧化、長汀等城。國藩入閩，軍建昌。諸陷城以次復。寇復竄回江西，惟連城尚聚萬餘，復陷景德、東流，謀竄湖口、九江等處。國藩檄調道員張運蘭倍道馳赴景德鎮，屢戰皆捷。初，寇踞景德鎮，勢燄薰熾，江右要衝之區，恣行無阻。國藩添派其弟國荃率湘軍五千八百赴鎮，助運蘭攻剿。寇夜襲艇師劉于淳，燃火彈拋燒簰卡無數。寇棄鎮竄浮梁，國荃等水陸進攻，復浮梁。寇走建德北去，江西稍定。
十一月，江南大營援軍直隸通永鎮總兵戴文英戰死寧國灣沚。次日，幫辦皖南軍務浙江提督鄧紹良，大營陷，死之。寧郡設防三百餘里，皆鄰寇巢，近則蕪湖、青陽、繁昌、銅陵，遠則無為、和州、滁州，渡江即至。而祿口、秣陵、溧水敗寇，勾合太平金柱關、東西梁山黨眾，潛山、太湖、舒、桐及樅陽土橋敗黨，皆以寧國為通藪；防軍僅七千有奇，又多調援他處，寇眾兵單，故及於敗。國藩疏陳目前緩急，宜先攻景德鎮，保全湖口，上是其議。胡林翼先以丁母憂回籍，會三河變起，朝旨迫起督師，十二月，渡江駐黃州。時寇之踞南安者有五支：一為偽翼府宰制陳亨容、傅忠信、何名標，一為偽渠帥蕭壽璜、蔡次賢，一為偽尚書周竹坡，一為偽軍略賴裕發，一為偽承宣劉逸才、張遂謀，眾七八萬，將由南康犯贛州，築偽城於新墟，設卡壘，踞村莊，綿亙二十餘里。
九年正月，國藩檄蕭啟江設伏赤石塘，敗寇，克新墟，進破南康池江、小溪、鳳凰城、長江墟寇壘，並克崇義、南安，進解信豐之圍。二月，江浦薛三元獻城降，進克浦口，陣斬偽天福洪方、偽立天豫莫興。寇覘李世忠擊高旺，乘虛再陷浦口。世忠回軍再克之，浦口肅清。李秀成急率悍賊七八萬來犯，踞烏衣鎮汊河。秀成復要陳玉成自廬州來援。烏衣鎮屬滁州、江浦交界鎖鑰，寇意在斷絕浦營餉道，為張國樑擊敗。寇與閩、浙餘寇皆趨郴、桂，所謂石達開三十萬眾後圍寶慶者也。玉成由六合犯廬州，布政使李孟羣被執，不屈，死之。三月，糾安慶黨圍撲定遠護城營，築堅壘數十以困我師。勝保襲破其壘，秀成東走，而黨眾日增。國樑於定遠縣西築十里長牆禦之，其北路自九里山至浦口，三四十里，寇壘殆遍。我軍日戰，副將鄭朝棟、張占魁皆歿於陣。時浦口後路滁州、來安皆困於寇。世忠自浦口繞道回援勝保，撤烏衣汊口防軍還定遠，其地復為寇踞。和春慮江北軍單，遣馮子材渡江援應。玉成度江浦、浦口未可力爭，分黨援六合；又謀趨天長、揚州，渡江攻南營後路，並襲北營。於是寇眾四五萬東趨六合，蔓延來安、盱眙諸境。
四月，玉成圍揚州。提督德安擊寇天長，失利，歿於陣。勝保率軍進戰石梁，互有死傷，還屯舊鋪，扼盱眙前路捍北犯。駐汊澗軍為寇困，先後突圍出。和春遣張玉良、安勇分六合軍赴防揚州，以固清、淮門戶。時池州、青陽寇逼石硊，窺灣沚。當塗、蕪湖寇分壁青山、亭頭逼黃池。我軍敗盱眙、汊澗及天長寇，天長寇分竄六合，並踞儀徵江干東溝，圖撲紅山窯。其地距六合二十里，旁通瓜埠，為大營餉道咽喉。五月，鞠殿華督軍破平六合東路王子廟、太平集寇壘。初，六合、儀徵連界二十里，寇壘四十餘，阻糧道。至是六合廓清。時六合以北、天長以南，寇麇集數萬，餉道危急，由烏家集繞犯各軍之背，世忠退保滁、來。寇趨舊鋪，直犯盱眙，圍勝保於桑樹，都興阿力戰解之。尋舊鋪寇犯紅子橋，勝保及穆騰阿馳援，而寇已分犯盱眙，盱眙故無城，倉猝遂失。
六月，勝保攻克盱眙，追創之磨臍、天台諸山。揚州諸軍安勇等聞天長寇回竄六合，赴儀徵截擊，大破於沙河、大小銅山。玉成憤甚，圖報復，率死黨攻來安。世忠守城，伏壯勇於兩門外，自督軍衝入寇營。寇乘虛襲城，伏起攔擊，世忠返隊夾攻，寇大敗，夜走滁州。世忠由水口焚燒寇壘，寇大潰，糾合捻匪圍定遠，再敗再進，我軍眾寡不敵，遂失陷。七月，玉成率死黨攻來安，犯滁州，世忠擊之，稍卻；尋復糾眾圍來安，並分屯城西北卓家巢等處，寇壘幾遍。世忠偵寇志已驕，潛伏兵挑戰，偽敗，寇笑官軍怯；而世忠又環譟之，寇不為意，惟槍聲絕續作備而已。世忠驟起鳴角而前，火其營，破二十八壘。會勝保解其圍，世忠還滁州。八月，敗寇西竄陷霍山，江長貴等擊敗太平郭邨、宏潭踞寇，尋竄石埭，陷烏石壠，防營游擊黃金祥退屯楊谿河。自去歲三河失陷，寇造偽城高二丈餘，砲眼星列，環以深壕，樁籤密布，與太湖互相援應，兼通糧道。
石牌鎮隸安徽懷寧，當宿、望、潛、太之交，為由皖入楚要衝。官文以偽城不拔，終礙東征，乃令多隆阿統馬步軍會攻，拔偽城，擊斬霍天燕、石廷玉等四十七名，並拒敗潛山、安慶援寇。偽顧王吳如孝者，寇之最悍者也，自鎮江逸出，至皖北，糾捻沿淮肆擾；尋撲盱眙之清壩，為格蘭額等槍斃，斷其首。眾南潰，九月，擾霍山下符橋。六安防軍盧又熊等擊敗之，破毛坦廠寇壘，而廬州、安慶寇同犯六安，乃引軍還盱眙。天長寇犯揚州，參將艾得勝、雙喜等敗死司徒廟。玉成率大股自甘泉山西竄儀徵陳板橋，進援六合，圍李若珠壘。馮子材禦之失利，退屯段要口。寇踞紅山窯，斷李若珠營後路，餉運不通。
十月，若珠自八埠牆、陳家集潰圍出，中數創，退屯揚州，死傷馬步軍二千八百餘人。石埭夏邨寇分股糾青陽寇萬餘，竄踞涇縣查邨，防軍副將石玉龍敗死南山嶺。適周天受至自寧國，督天孚等力擊之，寇退還查邨。王浚破平陶美鎮寇壘，陣斬偽丞相孫瑞亨，鎮距秣陵關二十餘里。盧又熊克霍山，寇自太平、蕪湖犯寧國，陷黃池，高州鎮總兵蕭知音敗退新豐鎮。玉成及秀成自天長、六合糾大股窺伺江浦，分屯南北兩岸。張國樑渡江遣水師破壽德州寇壘，水師曹秉忠破六合、紅山窯、瓜埠寇七壘，彭常宣敗寇於儀徵泗源溝。時寇眾悉踞揚州西北，尋陷江浦防軍壘，周天培死之，大軍退保江浦。寇乘勢東伺揚、儀，西逼江浦，南窺溧水，勢復熾。
寇自洪、楊內亂，鎮江克復，秀全兇燄久衰，徒以陳玉成往來江北，句結捻匪，擾廬州、浦口、三河等處，迭挫我師。曾國藩以為廓清諸路，必先攻破江寧；欲破江寧，必先駐重兵於滁、和，而後可去江寧之外屏，斷蕪湖之糧道。欲駐滁、和，必先圍安慶，以破陳玉成之老巢，兼擣廬州，以攻陳所必救。誠能攻圍兩處，略取旁縣，備多力分，不特不敢悉力北竄齊、梁，並不敢一意東顧江浦、六合，蓋寇未有不悉力以護其根本者也。於是定四路進兵之策：國藩任第一路，由宿松、石牌以窺安慶；多隆阿、鮑超任第二路，由太湖、潛山以取桐城；胡林翼任第三路，由英山、霍山取舒城；調回李續宜任第四路，由商、固以規廬州。以後平寇之策，皆不出此。
十一月，涇縣查村寇犯吳正熙壘，不利，而章家渡亦為我軍所挫。揚州寇踞甘泉山，馬德昭破其壘。國樑督軍攻江浦寇壘不下，寇掘地道攻城，玉良遣將縋城出，焚其壘，填塞地道。寇築壘磨盤洲，我軍四路蹙之，寇眾大敗狂奔，北門寇營亦同時攻破。其陳家集等處之寇竄回天長，南路之寇潛窺溧水，皆為防軍擊退。江長貴克太平，郭邨、查邨敗寇竄涇縣北路。副將榮陞連破石柱坑、盤臺寇卡，寇竄踞董家村、白茅塘，犯萬級、黃柏兩嶺。榮陞會徽軍破之，覆其巢。寇又竄擾河西，為參將朱景山等所敗。副將吳再升遂乘勝進剿黃池南岸牛頭山寇壘，北岸寇糾眾來援，分兵拒之，寇多死傷；北岸寇潰走渡河，我軍遂收南岸。池州守城寇韋志俊獻城於楊載福，其部下古隆賢等不從，回撲府城，城復陷。桐、潛寇援太湖，將襲天堂後路，余繼昌會軍團分路敗之槎水畈，陣斬偽漢天侯、拱天豫二名，寇奔潰。
十二月，侍賢由蕪湖金柱關率大股犯寧國，與黃池北岸寇合勢，連日分擾黃岡橋、牛頭山等處，再犯西河，蕭知音、熊廷芳退走寒亭。寇圍游擊冉正祥壘，都司李培基馳援始解。玉成以定遠、舒城、廬州寇眾北犯壽州，翁同書令副將尹善廷率精銳馳援，挫寇於東、南兩路。時玉成以楚師甚盛，欲圖西竄六合拒楚師，因北犯壽州以牽掣我軍。尋自江浦回援安慶、太平，糾合捻首龔得樹、張洛行等分道上犯，眾號十餘萬。多隆阿、鮑超、蔣凝學禦之潛山，連破靈港寇壘。蕪湖寇進犯宣城、灣沚，周天受禦之，不得逞；乃分眾四竄，我軍亦分拒於海南渡、浮橋口、清水潭、鹽官渡。寇退踞許邨埠，進犯西河，朱景山等創之，增軍守東西岸。寇迭窺灣沚，我軍渡河擊之，寧國西北寇鋒稍斂。先是銅陵、青陽寇常犯南陵、涇縣之交，我軍扼守雲嶺、蘇嶺，而設伏朝山要、三里甸，參將方國淮出奇擊之。寇屢犯三里甸，陷國淮壘，復竄越雲嶺，陷觀嶺防營。天受調金友堵清弋江，寇北走南陵，陳大富擊之，寇復退入涇境。
自玉成回援安慶後，秀成獨屯浦口，寇勢已孤。時金陵困急，援兵皆不至。秀成以玉成兵最強，請加封王號寄閫外，秀全乃封玉成英王，賜八方黃金印，便宜行事。然玉成雖專閫寄，而威信遠不如秀成，無遵調者。李世忠因致書秀成曰：「君智謀勇功，何事不如玉成？今玉成已王，而君尚為將，秀全之憒憒可知矣。吾始反正，清帝優禮有加。以君雄才，胡為鬱鬱久居人下？盍從我遊乎！」時偽兵部尚書莫仕葵以勘軍在秀成營，書落其手，閱之大驚，以示秀成。秀成曰：「臣不事二君，猶女不更二夫。昭壽自為不義，乃欲陷人耶？」仕葵曰：「吾知公久矣。」乃代奏之，秀全命封江阻秀成兵，並遣其母、妻出居北岸，止其南渡。仕葵曰：「如此，則大事去矣！」乃偕蒙得恩、林紹璋、李春發入偽宮切諫曰：「昭壽為敵行間，王奈何墮其計，自壞長城？京師一線之路，賴秀成障之。玉成總軍數月，不能調一軍，其效可睹矣。今宜優詔褒勉，以安其心。臣等願以百口保之。」秀全悟，召秀成入，慰之曰：「如卿忠義，而誤信謠傳，朕之過也。卿宜釋懷，勠力王室！」即進封偽爵為忠王榮千歲。寇自楊、韋搆殺，秀全以其兄弟仁發等主持偽政，偽幼西王蕭有和，蕭朝貴子也，秀全尤倚任之，而以一偽將畜秀成，不與聞大計。至是晉偽爵為王，乃大悅，以為秀全任己漸專，不料其疑己也。
浦口當金陵咽喉要地，迫於大軍，而糧援無措；南渡時，見秀全問計，秀全語以「事皆天父排定，奚煩計慮？」又與仁發等謀留其助守金陵，秀成不可，曰：「官軍既以長圍困我，當謀救困法，俱死於此無益也。」渡還，以黃子隆、陳贊明屯浦口，親赴上游糾合皖南蕪湖、寧國死黨，謀間道犯浙江，分江南大營兵力，還解長圍之困，其志固不在浙也。連日援太湖寇、捻攻鮑超潛山小池驛營壘不克，楊輔清、古隆賢用內應陷池州。韋志俊突圍屯泥灣，收合散亡，移屯香口；迭敗寇於八都坂、栗樹街，俘斬偽將軍陳松剋等三十餘人。
是年，秀全大封諸王。初，秀全定都金陵，一切文武之制，悉由偽東王楊秀清手定。是時為秀全建國極盛時代，其宮室制度：第一，為龍鳳殿，即朝堂也，主議政、議戰諸大事。每有大事，鳴鐘擊鼓，會議，秀全即升座，張紅幔。諸王丞相兩旁分坐，依官職順列。賊將則侍立於後。議畢，鳴鐘伐鼓退朝。第二，說教臺，每日午，秀全御此，衣黃龍袍，冠紫金冕，垂三十六旒。後有二侍者持長旗，上書「天父、天兄、天王、太平天國」。臺式圓，高五丈，階百步。說教時，官民皆入聽。其有意見者，亦可登座陳說。文左上，武右上。士民由前後路直上，立有一定之位。第三，軍政議事局，軍事調遣、糧餉、器械總登所。秀全自為元帥，當日偽東王為副元帥，北王、翼王為左、右前軍副元帥，六官左、右副丞相為局中管理。各科員中，分軍馬、軍糧、軍械、軍衣、軍帳、軍船、軍圖、軍俘、軍事諸科。又有糧餉轉運局、文書管理局、前鋒告急局、接濟局，皆屬軍政議事局。內以六官左、右副丞相領之。其最尊者為軍機會商局長，初以偽東王領之。遇有戰事，籌畫一切，則偽東王中坐，諸王、丞相、天將左右坐立，各手地圖論形勢，然後出師。秀清死，偽翼王領之。石達開去後，李秀成領之。秀成東入蘇、杭，則有名無實，虛懸其位矣。其時寇之武備頗詳盡。自諸偽王內訌，人心解體，秀全以為非不次拔擢，無以安諸將之心。然自此大封之後，幾至無人不王，而丞相、天將之職多攝行。於是各持一軍，勢不相下，而調遣諸王者，僅陳玉成一人。故八年以前，寇之用兵，攻守並用。八年以後，不過用攻以救守，戰局遂至日危，以底於亡。
十年正月，偽匡王、偽奉王、偽襄王糾合偽攝王自南陵犯涇縣灣灘，游擊王熊飛退走，寇遂蔓延黃邨、焦石埠，進攻副將李嘉萬，援師為楊名聲所敗，斬偽岡天燕、賴文禾。寇竄踞黃柏嶺，其黨尋大至，陷涇縣。楊名聲等退走旌德，寇踵至，明日亦陷。我軍還守寧國。是時秀成自率悍黨數千，已由寧國縣間道犯廣德。張國樑督水陸諸軍渡江期大舉，克浦口八壘，黃子隆、陳贊明遁；攻九洑洲，克其老巢，焚之。寇自咸豐四年築壘九洑洲，內蔽江寧，外通大江，踞為南北水陸要區。江寧長圍成後，浦口、九洑洲皆克，勢大困。
秀成由皖犯浙，分我兵勢，而諸將又以寇在陷阱，無能為役，習為驕佚，戰志漸消，故有閏三月大營失敗之禍。太湖寇、捻分四股來犯我軍，知府金國琛會集諸軍敗之仰天庵、高橫嶺，生擒悍目藍承宣，向擾害蘄、黃者，寸磔之。金國琛等復敗寇、捻於潛山廣福寨。玉成率龔得樹、張洛行來援，乘霧移營於羅山衝、白沙畈，冀與城寇相通，以圖牽綴我軍。諸軍會擊，寇大敗，擒斬偽庶天侯麥烏宿、偽軍師汪遂林等。明日，鮑超等進攻小池驛，當東路；蔣凝學等攻羅山衝，當西路；多隆阿居中路策應。羅山衝寇蜂擁來撲，凝學連破衝口，攻入內山，馬隊繼之，寇大敗。值東南風作，以火焚之，燬壘百有數十。寇奪路狂奔，斃偽丞相葉榮發、偽將軍舒春華等。城寇謀宵遁，伏軍四起擊之。是役也，殲寇二萬餘，益惶懼，竄入潛山。多隆阿督軍尾擊，克其城。
秀成、侍賢等至廣德，詐為清軍，陷之，杭、湖、蘇、常並震。巡撫羅遵殿調徽、寧防軍援剿廣德，以保兩浙門戶。張芾遣周天孚馳防長興四安鎮，鎮距廣德四十里，當蘇、浙之交。和春遣水陸軍來會，秀成留陳坤書、陳炳文守廣德，自率譚紹光、陳順德、吳定彩等馳攻四安鎮，陷之。和春遣水師會攻江寧上下兩關，七里洲寇謝茂廷、壽德州寇秦禮國遣使詣大營乞降。江寧西北各門皆瀕大江，洲堵錯互，寇踞上、中、下三關，築壘於壽德、七里各洲，與北岸九洑洲遙相倚藉。九洑洲既克，茂廷、禮國約舉火為號，於是上下關同日而克。國樑增八壘於江東門，增四壘於安德門，毛公渡南北岸關隘悉為我奪，寇益大困。
秀全檄諸寇解金陵圍。時秀成在皖，與其部下謀曰：「清軍精銳悉萃金陵城下，其餉源在蘇、杭。今金陵城外長壕已成，清軍內圍外禦。張國樑又嚄唶善戰，攻之難得志，不如輕兵從間道急搗杭州。杭州危，蘇州亦必震動。清軍慮我絕其餉源，必分師奔命以救。我瞷大營虛，還軍以破圍師，則蘇、杭皆我有也。」乃自率數千精卒以行，連陷安吉、孝豐、長興諸縣。以其弟侍賢犯湖州，自率悍黨陷武康，間道踰嶺犯杭州。預結捻首張洛行、龔瞎子等，使內擾清、淮，以分江、皖兵力。
上命和春兼辦浙江軍務，而以張玉良總統援浙諸軍。玉良分大營兵勇五分之二禦之。秀成攻杭州，以地雷崩清波門，陷之，巡撫羅遵殿等均死難。秀成之破杭州也，祗一千二百五十先鋒。諸處援兵不知虛實，聞城破，皆潰走。迨張玉良援軍至，屯武林門，秀成曰：「中吾計矣！」自以兵少，乃多製旗幟作疑兵，潛退出城，委之而去。玉良與將軍瑞昌會擊，立復省城。
三月，秀成回竄餘杭，陷臨安。旋為李定泰克復。孝豐、武康寇亦退走。時秀成及侍賢回廣德，楊輔清亦自池州來會。李定泰等會圖廣德，寇已分走建平，陷之，連陷東壩、高淳，復詐為官軍陷溧陽。自是江南大營後路驟急，蘇、常俱大震。和春馳檄張玉良等還救常州，熊天喜等克廣德，而楊輔清陷溧水，詐為官軍襲金壇，為周天孚等所敗，棄壘西竄。句容亦陷，句容當大營後路，餉道所必經，且與丹陽、鎮江接壤，為常州門戶。和春遣副將梁克勳赴援，不及，續遣副將張威邦由淳化進剿。何桂清遣將分防丹陽、鎮江、瓜洲，冀通大營至蘇、常水陸道路。馬德昭等出屯郡城三十餘里下弋橋，堵溧陽、宜興各路寇內犯。米興朝自廣德進軍克建平。
閏三月，寇自昌化出於潛，分犯分水，陷而旋復，進陷淳安。秀成約會諸酋同議救金陵之策，秀成與侍賢由淳化、輔清由溧水退秣陵關，玉成亦自江浦渡江來會，江寧寇爭出築壘接應。斯時大營四面受敵，而良將勁兵調援浙西者一萬三千人，淳壩、宜興防軍又調去一千有奇，大營空虛，糧路又截斷，乃改月餉積四十五日始一發。兵勇皆怨，心漸攜貳。時群寇麇集，和春急調張玉良回援，何桂清留之不遣。寇至雄黃鎮，我軍禦之不克。輔清由秣陵關至南門，玉成由江寧鎮至頭關，板橋、善橋諸寇皆集南岸。秀成由姚巧門進紫荊山尾，陳坤書、劉官芳由高橋門而來，侍賢由北門紅山而至，輔清由雨花臺，玉成由板橋、善橋，連日攻撲長圍。國樑與王浚分督諸將力禦，十五日夜，雷雨雹雪，大寒，總兵黃靖、副將馬登富、守備吳天爵戰死。大營火起，全軍潰陷。和春、許乃釗退走鎮江，再退丹陽，旋馳書趣國樑亦至，留馮子材守鎮江。國樑語和春曰：「六年向帥大營失陷，退扼丹陽。彼時京口未復，今東門之限在於鎮江。舍此不守，是導寇而東也。」和春卒不能用，而宜興同時亦失陷。
寇勢大張，而秀全於戰士不及獎敘，終日亦不問政事，只教人認實天情，自有昇平之局。仁達、仁發忌秀成功，嗾秀全下嚴詔，飭秀成率所部限一月取蘇、常。寇掠金壇四鄉，大書於壁曰：「攻野不攻城，野荒城自破。」我軍屯六門，日與賊戰，互有勝負。秀成自句容攻丹陽，國樑開南門酣戰，秀成命力士溷入我軍潰卒中，猝擊國樑，被創大呼，入尹公橋下而死。秀成入丹陽，命收國樑屍，曰：「兩國交兵，各忠其事。生雖為敵，死尚可為仇乎？」以禮葬之下寶塔。和春奔常州，寇躡其後。何桂清聞變跳走。是月，楚軍援皖南，會克太平、建德、石埭三縣。涇縣張芾會同周天受等進毀白華、宴公堂一路寇壘，直抵城下，斬關直入，遂復縣城。
四月，天長、六合寇乘金陵大營退守，分三路進犯：一由陳家集圖揚城，一由東溝窺瓜洲，一由僧道橋編筏偷渡襲邵伯，皆為我軍所截擊，不敢逞，乃築壘僧道橋圖久踞。我軍分左、右、中三路疾趨會攻，毀二壘，焚木城，積屍枕藉。寇合股退踞陳家集。揚州與鎮江相為脣齒，李若珠咨艇師陳泰國等分扼各口。寇大逼常州，張玉良由杭郡率軍先至，築營寨大小四十餘，悉為所破。常州陷，玉良敗走無錫。秀成率所部精卒潛出九龍山，拊高橋之背。玉良軍大敗，無錫陷，敗走蘇州。和春創胸，至蘇州濟墅關而卒。玉良連敗之師不能復戰，寇薄蘇州，玉良退走杭州。長洲、元和兩縣廣勇李文炳、何信義開門迎秀成入踞之。巡撫徐有壬等同殉難。
秀成踞蘇後，改北街吳氏復園為偽府。秀成踞蘇十有一日，出偽示安民。城廂內外凡收屍八萬三千餘具，而從者猶盛稱秀成愛人不嗜殺也。寇踞蘇城，復恣意擄掠，民競團練為自保計。江、皖援浙諸軍以次克復諸城，遂會剿淳安，寇敗遁入徽州境。蘇寇陷吳江，犯平望，浙江防軍潰，江長貴負傷還走仁和塘棲鎮，副將張守元亦潰於清杉牐。嘉興危急，杭省大震。侍賢燒嘉興南門入踞之。玉良攻嘉興西、南兩門，陳坤書、陳炳文求救於蘇。適青浦周文嘉與洋軍戰，來告急，秀成乃先援青浦，擊退洋軍，直攻上海，不克，遂應嘉興之援，由松江、浦邑而回戰，取嘉興、平湖，順至嘉興，連戰五日，分一股上石門，斷玉良來路，兵多降者，玉良回杭州。
五月，貴池、青陽寇犯涇縣，總兵李嘉萬等敗死，楊名聲退至太平黃花嶺。寇陷廣德，米興朝軍潰，奔孝豐，再退歙北篛嶺外。初，涇縣、廣德同時告警，周天受遣援皆不及，而參將丁文尚守涇，又退走，寇遂由三谿竄旌德孫邨。廣德寇窺伺寧國，天受擊卻之。寇由寧國縣東岸至旌德，與涇縣合勢，嘉定陷，薛煥尋克之，收太倉。寇攻鎮江，陷青浦，陷松江。
寇之守江寧也，以安慶、廬州為犄角，以太平、蕪湖為衛護。蕪湖之南，有固城南漪、丹陽白臼諸湖，上可通寧國之水陽江、清弋江，下則止於東壩。掘東壩而放之，則可經太湖歷蘇州以達於婁江。蕪湖孤懸水中，寇守之則易，官軍攻之則難。是以踞五年血戰不退，而黃池、灣沚屢次失利，皆以我無水師，寇堅忍善守。官軍圍攻屢年，往往因水路無兵，不能斷其接濟。今蘇州既失，面面皆水，寇若阻河為守，陸軍幾無進攻之路，城外幾無立營之所。則欲攻蘇州，須立太湖水師，使太湖盡為我有，而後西可通寧國之氣，東可拊蘇州之背。因建淮陽、寧國、太湖速立水師之策。
寇陷江陰，玉良連以砲艇破嘉興三塔、普濟二寺，平新塍寇壘，移營逼西門、南門，破壘七。平望鎮者，浙江之嘉興、湖州，江蘇之吳江總匯處也。寇踞沿河六里橋、梅堰諸處，遍築堅壘，密釘排樁，扼險以阻江、浙之路。湖州趙景賢毀沿河寇壘，分軍進克平望，會軍於米市湖，盡燬砲臺巢穴，進圍嘉興。寇既陷松江，遣其黨窺上海。薛煥乘其不備，直搗南門而入，殺黃衣目十三名，奪船七十餘艘，立復府城。自松江至上海，沿途團練截殺殆盡。
六月，楊輔清糾旌德、太平大股犯寧國。寇自長興竄陷安吉，王有齡遣彭斯舉赴援，遇於孝豐，失利，退走昌化。寇直犯於潛，陷之，杭省大恐。寇復由黃渡再陷嘉定，糾土匪進踞南翔鎮，逼上海四十餘里，再陷平望。蘇州、嘉興寇勢復合。於潛寇連陷臨安、餘杭，分擾富陽，吳雲會洋將華爾攻青浦急，偽寧王周文嘉乞援於蘇州，秀成率大股親援，我軍敗績。寇收槍砲乘船再犯松江，陷之。江陰寇分黨築壘申港，掠船謀北渡，李若珠飭艇師破燬之，偽丞相方得勝遁。玉良以地雷崩嘉興南門城垣，寇嚴拒不得進。劉季三等連克餘杭、臨安。浙西寇回竄孝豐，突犯建德。
七月，秀成毀松江城堞，率偽會王蔡元隆、偽納王郜永寬北犯上海，號十萬，焚掠泗涇，七寶民團禦之，多死傷。寇屯徐家匯，薛煥督文武登陴固守。寇詐為官軍賺城，城上詗知，創卻之。洋輪之泊黃浦江者，升開花砲於桅發之，寇始敗退。孝豐寇陷廣德，游擊黃占起、江國霖戰死。江長貴突圍退至安吉，米興朝奔四安。未幾，趙景賢復廣德，寇再陷踞之。寇復陷江陰楊厙汛城，逼常熟二十餘里。黃浦輪船洋兵以開花砲測擊上海寇壘，六發，創及秀成。是夜秀成解圍還青浦。時嘉興寇告急，遂趨浙江。
初，副將陳汝霖率民團救松江，迨上海解圍，洋將華爾會守松江，賜號常勝軍。秀成陷嘉善，陷平湖，錫齡阿兵勇皆潰，寇旋去，收之。寇陷金壇，知縣李淮守百四十餘日，糧盡援絕，川兵通寇，殺參將周天孚，陷之，李淮等皆戰死。丹陽寇糾黨六七千由新豐等處分道撲水師，謀掠舟北渡，並沿河築壘，架砲轟射。周希濂督艇師乘煙霧對擊，寇不支，遁回丹陽。玉良攻嘉興兩月不下，先後集兵三萬有奇，而蘇、常以北無牽掣之師，松江、青浦之寇可直入嘉興，常州、宜興之寇可直入長興，建平、廣德之寇可直入安吉，寧國、涇縣之寇可直入於潛。
寇前自長興逕逼省垣，雖經擊退，並立復數城，而廣德遂至不守。迨收復廣德，而嘉善、平湖又復失陷。寇處處牽掣我軍，近復添築營壘砲臺，又偷劫五龍橋頭卡，多方誤我軍，實有罷乏不堪之勢。秀成以嘉興圍急，率大股來援。玉良督戰五日，勝負未決。秀成分股上趨石門，謀斷大營後路。地形多支河，塘路絕，無可歸。我軍懼奔，玉良負創，疾馳還杭省。賊既解嘉興之困，復陷石門，分兩路直逼杭省：一趨塘棲，民團禦之，退掠新市；一趨臨平，吳再升敗之，轉走海寧。彭斯舉等擊斬頗眾，寇悉退還石門。未幾，石門寇亦退，再升進駐石門。馬德昭由臨平、長安相繼前進。
八月，寇陷昭、常，再攻平湖、嘉善，陷之。是時秀成自嘉興還蘇州，奉秀全偽詔，趨還江寧，令經營北路。初，咸豐三年，林鳳祥、李開芳北犯不返，秀成未敢輕舉。適江西、湖北匪目四十餘人具降書投秀成，邀其上竄，自稱有眾數十萬備調遣。秀成覆書允之，留陳坤書駐守蘇州，自返江寧，請先赴上游招集各股，再籌進止。秀全大怒，責其違令。秀成反復爭辯，堅執不從，秀全卒不能強。於是取道皖南，上竄江、鄂。
秀成之在偽京與諸黨會議也，曰：「曾國藩善用兵，將士聽命，非向、張可比。將來七困天京，必屬此人。若皖省無他故，尚不足慮。一旦有失，則保固京城，必須多購糧食，為持久之計。」秀全聞之，責秀成曰：「爾怕死！我天生真主，不待用兵而天下一統，何過慮也？」秀成歎息而出，因與蒙得恩、林紹璋等再三計議，僉以秀成之策為然。因議定自偽王侯以下，凡有一命於朝者，各量其力出家財，廣購米穀儲公倉，設官督理之。俟缺乏時，平價出糶，如均輸故事，以為思患預防之計。洪仁發等相謂曰：「此亦一權利也。」因說秀全用鹽引、牙帖之法，分上、中、下三等：上帖取米若干石，中、下以次遞減。此帖即充偽樞府諸偽王祿秩。收入後無須撥解，而稍提其稅入公，大半皆入私橐。商販非執有帖者，粒米不得入城，犯者以私販論罪。如是，則法可行而利可獲矣。洪氏諸偽王乃分售帖利，上帖售價有貴至數千金者。及商販至下關，驗帖官皆仁發輩鷹犬，百端挑剔，任意勒索。商販呼籲無門，漸皆裹足；而諸偽王侯又因成本加重，售價過昂，不願多出貲金，米糧反絕。秀成言之秀全，請廢洪氏帖。秀全以詰仁發，仁發以：「奸商每借販米為名，私代清營傳遞消息。設非洪氏，誰能別其真偽？此實我兄弟輩之苦心，所以防奸，非以罔利也。」秀全信其言，置之不問，秀成憤然而去。
寇陷寧國，提督周天受等死之。寧國之陷也，玉成與賴裕新、古隆賢、楊輔清四面圍擊。周天受戰守七十餘日，軍中食乏，餉阻不能達，寇破竹塘、廟埠諸壘，副將朱景山等皆戰死。旌德、太平兩軍力單不能救，寇乘勢盡掃城外諸壘，城陷，天受遂遇害。寧國既失，南陵孤懸。總兵陳大富苦守閱半載，國藩檄令自拔出城，遣水師迎之，難民從者十餘萬。寇再陷太倉。玉成糾合江寧、丹陽、句容寇十餘萬，自九洑洲、新江頭掠船二百餘，日夜更番，意圖乘虛下竄，為軍團所敗，竄六合。鎮江寇船駛入丹徒、諫壁兩鎮港口，為水師李新明擊退。馮子材尋進解鎮江城圍。侍賢率寇四萬出廣德攻陷徽州，署皖南道李元度潰走開化。寇趨祁門甚急，國藩檄邀運蘭屯霍縣，趣鮑超自太平還屯漁亭，以捍大營。徽州既失，杭、嚴兩府防務益急。
寇之踞蘇城也，同時城邑陷者數十。江陰居大江尾閭狼山對岸再陷於寇，寇踞之以窺江北，人心惶然。九月，通州知州張富年等會水師攻復其城。上月玉成率悍寇二十餘萬進陷白鑪橋尹善廷壘，旋至馬廠集，犯東津渡，黃鳴鐸擊卻之。至是圖取壽州內東肥河，跨山越谷，盤行抵淮河岸，聯營櫛比。餘黨竄入姚家灣，擄船，欲水陸會攻。巡撫翁同書派砲艇沿河截擊，寇乘霧鳧水入小港，為黃慶仁圍殺；復以步騎撲北關，城上彈丸雨下，夜縱火焚寇壘皆燼，城圍立解。寇竄南路：一還定遠山，一走廬江，一赴六安。徽州寇自淳安竄陷嚴州，進踞烏龍嶺。江寧寇糾九洑洲寇船二百餘艘下竄儀徵，我軍大敗之東溝。副將格洪額會破盱眙竹鎮集寇屯，擒斬偽檢點汪王發等，曾秉忠破青浦寇於米家角，攻城三日不下，秉忠中創。參將李廷舉攻寶山羅店，寇敗併嘉定，旋再竄羅店踞之。寇攔入壽昌、金華，兵團復之。旋再陷再復。
十月，寇自淳安擾及威坪，兵團禦之，回竄蜀口。徽州北路寇竄至杞樟里，逼昌化昱嶺二十里。先是江西瑞金、廣昌、新城、瀘溪大股寇窺伺福建，汀州、邵武防軍力禦之，遂折竄建昌，而瑞金一股竄踞福建之武平，尋陷汀州，兇焰甚張。句容寇至鎮江湯岡築壘，馮子材擊之不下。寧國寇直趨四安，破長興長橋卡防，分竄廣坤、梅谿。嚴州寇連陷桐廬、新城。蘇州寇分股撲金山，我軍擊敗之，遂克楓涇鎮。寇復糾蘇、常大股襲廣富林，圖犯松江。守將向奎軍單，敗退。曾秉忠回援，寇竄寶山羅店，都司姜德設伏敗之，還青浦。玉良克嚴州。
新城寇竄陷臨安。初，壽昌被陷，金華知府程兆綸督民團復之，桐廬亦同時收復。於是寇眾悉趨富陽，副將劉貴芳、總兵劉季三敗死，城遂陷。旋收復，燬江口浮橋。侍賢復糾集臨安寇陷餘杭，逼杭州省城。侍賢由嚴州還顧徽州，瑞昌等敗寇秦山亭、古蕩、觀音橋，追至留下，寇棄壘走。省城解圍，遂復餘杭。侍賢不得志於杭州，自餘杭直犯湖州。建昌寇間道犯鉛山河口鎮踞之。福建浦城、崇安，浙江衢州、常山、開化邊防皆急。時徽州寇自深渡街口下竄天長，防軍會水師大破於三河、衡陽等處。是股為天長葵天玉、陳天福會合秀成黨三萬餘眾，將謀渡河分擾淮陽。秀成竄皖南，踰羊棧嶺，陷黟縣，鮑超大創之，城立復，再破之盧邨，陣斬偽丞相吳桂先，秀成受傷遁徽州。國藩飭將屯守盧邨，邨距黟縣二十五里。是時侍賢自嚴還徽，輔清盤踞旌德，環二百里皆寇。秀成復由江蘇上犯，越嶺肆擾。我軍疾馳百餘里，力戰兩日，驅出嶺，祁門大營始安。
趙景賢大破賊，解湖州城圍。湖州自三月以來，迭被賊困，此趙景賢第三次解圍也。先是寇踞楊家莊為老巢，以礪山、仁黃山為犄角，焚掠雙林諸村鎮，蔓延長興、四安、太湖。景賢會軍先攻礪山、仁黃，以孤老巢之勢。我軍踞仁黃，燬楊家莊，敗寇西竄。天長寇掠下五莊舟船數百艘，欲犯湖路；我軍克河口鎮，復創之石谿；竄廣豐，道員段起禦之，寇間道走玉山。多隆阿、李續宜會軍大破桐城寇陳玉成、龔得樹於掛車河、鶴墩、香鋪街等處，平寇壘四十餘，寇退奔舒城。
安慶者，江表之咽喉，實平吳之根本也。寇援安慶，水陸阻梗，不能直抵江寧。玉成眷屬悉在安慶城中，邀合髮、捻十餘萬人，圖解城圍。多隆阿、李續宜雖力挫之，仍分屯廬江、桐城，復糾集下游江寧、蘇、常援寇並力上犯，逼近樅陽、桐城鄉村，眈眈以伺我軍之隙，將挾江南寇勢全力謀楚軍。時屆冬令，安徽城河水涸，道路紛歧。我軍四路告急之書應接不暇，皖南、浙江之寇分三大枝竄入江西，祁門各營圍裹於中，勢頗危急。湖南道州寇亦竄江西。寇既陷吳，勢必全力犯楚，此其深謀詭計。故安慶一城，寇以死力爭之。
左宗棠之入景德也，聞南贛寇分黨由貴溪過安仁，直撲饒、景，遣軍迎敗之周坊，寇竄陷德興踞之。十一月，宗棠進克德興，寇奔婺源，又克之。十日內轉戰三百餘里，寇驚為神速。彭斯舉解玉山城圍，寇竄衢境，犯常山，與兵團戰，敗走開化埠。楊輔清自池州率黨竄陷東流，進陷建德。水師收東流，而建德防軍潰退。國藩遣唐義訓馳擊，至利涉口，寇築壘河洲，列隊以待，並以馬隊扼拒各卡。我軍分東西兩路緣山上，立破其卡；前軍夾擊河洲寇，後軍抄其背，寇敗走。我軍復分為三進攻，寇出東門逸，遂復其城。寇復陷彭澤，闌入浮梁，越一日復之。寇趨馬影橋，逼湖口。玉麟督水陸軍力擊之，遂收彭澤。寇宵遁，陷都昌、鄱陽。我師馳至都昌，擊退踞寇，復之。
休寧寇犯上谿口，陷副將王夢麟壘。屯谿寇犯江灣，陷副將楊名聲壘。古隆賢、賴裕新糾大股犯羊棧、桐林二嶺，張運蘭會軍擊之，寇由新嶺退去，犯婺源。國藩督飭鮑超大破於黟縣盧邨，別軍繞出羊棧，斷寇歸路。寇沿崖逃走，追軍反出其前，迫之，墜崖死無算。而休寧城寇以鮑超回剿景德，由藍田擾及小溪一帶，張運蘭擊敗之，別股屯鄭家橋者進逼漁亭。我軍兩路抄擊，寇狂奔，斃黃世瑚等；復敗上溪口寇，追至馬全街而還。自是嶺外寇不敢輕入。玉成率眾萬餘犯桐城、樅陽，我軍鎮靜固守。寇踞七里亭，韋志俊扼樅陽街口。李成謀舁三版入蓮花池護衛營卡，寇不得逞。
寇再犯景德鎮，宗棠敗之。鮑超進扼洋塘，宗棠進扼梅源橋。寇自下游糾大股屯洋塘對岸，我軍大破之，偽定南主將黃文金負創西奔。時祁門三面皆寇，僅留景德鎮一路以通接濟，寇盡銳攻撲，欲得甘心焉。時國荃圍安慶，寇勢漸窮。十二月，玉成糾約秀成、輔清及捻匪併力西犯，其大股寇、捻俱從南岸渡江而北，會於無為、廬江，以圖急援懷寧、桐城，勢甚猖狓。多隆阿等會於樅陽一帶，布署戰守。皖南寇大股竄孝豐，又別股由昌化竄分水。嘉興踞寇備具砲船，意圖南下，寇勢蔓延，浙東西同時告警。
十一年正月，傅忠信、譚體元、汪海洋、洪容海各挾眾數萬，棄石達開歸秀成。秀成驟增眾二十萬，勢大熾，由石埭分兩路趨祁門，防軍皆敗。江長貴援大洪，唐義訓迎戰歷口，斬偽麟天豫古得金，寇潰走常山。富陽、新城、臨安皆為我軍所克，解廣信之圍。寇竄鉛山、弋陽、貴溪、金谿，漸逼建昌。秀成自去冬犯皖南黟縣羊棧嶺不得志，竄浙江常山、江山等處；今春以全力攻玉山，轉圍廣豐，犯廣信，志在踞守要地，以通徽、浙之路。犯建昌，作浮橋渡河，以大股屯水東，環城築二十餘壘，以浮橋通往來。江西寇黃文金犯景德鎮，左宗棠、鮑超敗之石門、洋塘，斃許茂材、林世發。文金踉蹌宵遁，銅陵援寇與敗匪合，復入建德，分踞黃麥鋪諸處。鮑超督諸軍乘勝壓之，斃寇萬計，追至建德，會水師收復縣城，誅林天福。秀成梯攻建昌，參將富安等縱火具創退之，復潛為地道修子城備之。寇船犯太湖，陷東西山。全湖失陷，湖州北路七十二漊港橫被竄擾。太湖，巨浸也，襟帶蘇、常、湖三郡，港口紛歧，多至百餘。自蘇、常陷後，沿湖要隘多為寇有。去冬間寇船自湖州出湖，迭犯西山、角頭等處，為副將王之敬砲船所敗。然所部不滿十艘，募民船佐之，卒以眾寡不敵敗死。
二月，玉成圖援安慶，糾合捻首龔瞎子，率五萬人攻松子關。成大吉兵僅二千五百，寇多二十倍，分兩路抄官軍後。大吉令參將王名滔從左側山橫截而出，陣斬龔瞎子，寇驚潰，復選悍黨分五路進，再戰再敗，捻散亡三萬人。初，玉成嗾龔瞎子犯松子關，而自率悍黨十餘萬，從霍山之黑石渡，襲余際昌營於樂兒嶺，相持四晝夜，力竭而潰，遂抵英山，入蘄水，襲陷黃州。分黨取蘄州，擾麻城，闌入黃安、黃坡、孝感、雲夢諸縣，並陷德安府、隨州，勢益猖獗，武昌戒嚴。
秀成聞玉成攻國荃久不下，分攻蘄、黃、廣濟，欲國藩赴援以分兵力。秀成歎曰：「英王誤矣！正使國藩得全力以攻皖，彼豈暇救此閒城哉？彼有長江之利，而我無戰艦，安能絕其糧道？不能以我攻浙救京師為例也。」玉成屯孝感，而以德安、雲夢、隨州三處為長蛇陣，窺伺荊、襄。官文飛調李續宜、舒保、彭玉麟率水陸諸軍回救。
侍賢竄踞休寧城，築壘上溪口、河邨、石田、小當等處，與休寧屯溪之寇互為犄角。國藩以休城不克，徽郡難圖，祁門終屬危地，檄朱品隆等進攻，焚諸壘，寇夜遁，收復縣城。左宗棠進剿婺源寇，破侍賢於清華街，而城寇忽分黨由中雲竄入樂平界。宗棠親率數營屯柳家灣，扼其衝，寇敗退；而援寇漫野至，返旆截殺，復大潰而去。侍賢糾徽州悍黨圍王開林於婺源甲路，越三日，潰圍出，還景德。
秀成率黨竄撫州，為知府鍾峻等擊敗，竄宜黃，復糾土匪陷遂安。國藩遣大富防景德。宗棠進軍鄱陽，次鯰魚山，聞寇偷渡昌江，圖合圍景德，旋移駐金橋。寇竄平湖，分由西路櫸根嶺、北路禾黍嶺進犯。副將沈寶成當西面，江長貴出北路拒之。國藩復檄朱品隆由祁門馳援，殲，寇越嶺而逃；宗棠擊破於樂平范家邨，陣斬偽謝天義黃勝才、偽嬈天福李佳普等。
侍賢率數萬眾潛匿於牛嶺、柳家灣、回龍嶺，翌日，齊進景德鎮，陳大富戰死，陷之。金魚橋坐營後路已絕，遂移屯樂平。初，國藩至皖南，設糧臺於江西，以景德鎮為轉運。寇之窺祁門者，屢遭挫敗，遂悉銳再犯景德，冀絕大軍餉道，至是陷之。國藩度糧路已斷，惟急復徽州，可通浙米，親至休寧攻徽寇不克，仍屯祁門；而寇環攻不已，誓以身殉。宗棠大破寇於樂平，斬馘數萬。侍賢遁，圍建昌、撫州，攻之不下，遂陷吉安，大軍旋復之，乃進陷瑞州。於是祁門之路始通。
三月，我軍克新淦，解麻城圍。繁昌荻港、蕪湖魯港寇皆敗走。民團克雲夢，收應城、黃安、黃坡。金國琛會水師克孝感，進攻德安，逼城為壘。嘉興寇竄陷海鹽、平湖，宗棠敗寇於龍珠、桃嶺。寇渡吉水海灘，陷吉安，復為知府曾詠等攻復。寇由吉安東犯，分股竄峽江，與新喻賊合併，屯陰岡嶺，臨江告警。玉成分股守德安、隨州，牽綴我軍，率悍黨由蘄州、黃、廣回宿松，進太湖大營後路，繞趨宿松桃花鋪，逕竄石牌，逼安慶集賢關築壘。未幾，桐城、廬江偽章王林紹璋、偽干王洪仁玕等率二萬自新安渡至橫山鋪、練潭一帶，連營三十餘里。至馬踏石，竄安慶，與玉成會解城圍，多隆阿分擊敗之。玉成闌入集賢關，攻圍師各壘；復於菱湖兩岸築壘，阻水師進攻。楊載福遣軍舁砲船入湖，毀寇船筏，復立壘湖嘴，使寇不敢逼水陸大營。多隆阿自桐城掛車河進攻安慶援寇林紹璋等於練潭、橫山，逼溺菜子湖無數。黃文金糾蕪湖寇及捻二萬，築壘天林莊二十餘座，謀入安慶城，多隆阿誘斃二千，國荃圍師不少動。水師焚奪寇船，斷其接濟，以困城寇。
侍賢自廣信竄常山，陷之，入踞江山，旋由常山分股犯衢州。先是福建援師自衢防回援汀州，軍勢驟孤，故寇乘虛回竄。又別股由開化白沙關竄玉山童家坊，偽為難民呼城，砲創之；常山寇復至，會攻城，詐為援兵，奮力擊之，退屯三里街、七里街，潛掘地道，道員王德榜縋城出，大破之，寇還常山。遂安寇直抵淳安港口，副將余永春中創敗退；茶園寇踵至，再退桐關。嚴州大震。
四月，國藩自祁門移駐東流，多隆阿擊敗玉成，棄壘遁，屯集賢關。國藩復撥鮑超一軍，胡林翼撥成大吉一軍，同赴安慶。初，玉成卽菱湖北岸築壘十三，城寇葉芸來出城接應，亦築五壘於南岸，以隔國荃與其弟貞幹之師。國荃掘長壕，包寇壘於長壕之內。玉成前阻圍師，後受鮑、成兩軍夾攻，計窮遁去，猶死守關內外寇壘，又於隨州、德安各留悍寇牽掣我兵。官文派軍攻德安，築長圍困之。
秀成踞義寧州武寧縣，逼近湖南北邊境。官文派軍分守興國及崇、通、山、冶四縣。寇裹脅七八萬人，一由苦竹、南樓二嶺犯通城，一由蛇箭嶺犯通山。我軍眾寡不敵，均被闌入，直抵崇陽之白霓橋。其窺伺興國之寇，撲余際昌營，官軍戰失利，退大冶。寇隨至大冶，並擾武昌。官文咨調李續宜等屯東湖、跕紙坊一帶，相機進剿。秀成自孝豐竄四路，陷長興、壽昌，分犯三里亭、千家邨；復自瑞州分竄西路，連陷上高、新昌，北路陷奉新擾義安，以阻援師。連日曾秉忠等水陸諸軍破走乍浦、平湖寇於金山各隘。金山與浙之平湖水陸交錯，薛煥與秉忠商籌，平湖一日不復，松江屬一日不安；謀越境會攻平湖，再圖乍浦。
當陳玉成之退走也，多隆阿已進軍磨盤山，遣溫德勒克西、曹克忠、金順等分途尾追。玉成復糾合林紹璋、洪仁玕、黃文金及格天義陳時永、捻首孫葵心共三萬餘，併力上犯，築八壘於掛車河、[山+考]峔尖迤西棋盤嶺；率黨破山內黃山舖團卡，仍出山外調黃文金四千餘人伏山內，自率悍黨分道進犯我壘。多隆阿分軍設伏於棋盤嶺、老梅樹街，而自率馬步各軍分道拒戰，寇後隊忽自亂，老梅樹街伏騎乘之，勢不支。玉成督敗黨抵敵，而項家河寇壘為舒亮伏兵襲焚，烟燄突起，寇大驚，敗奔桐城。八壘悉平，燒山內寇館數十處，斃八千餘。上命左宗棠幫辦軍務。
寇越衢州陷龍游，連陷湯谿、金華，紹興、寧波皆大震。寧、紹為浙東完善之區，寇垂涎已久。金華既陷，勢將內犯。寇犯丹徒，水軍敗之，毀寇浮橋。曾秉忠自金山攻青浦，寇堅壁不出，敗嘉善援寇於章練塘。寶山防軍姜德攻嘉定以分寇勢。都興阿敗天長、六合竄寇於揚州西北鄉，盡毀甘泉山寇壘。秉忠自金山洙涇率砲船進破白虎頭、金澤鎮寇巢，直抵浙境，敗西塘援寇，進毀俞匯卡，寇退入嘉善。金華寇分股陷蘭谿、武義。
五月，鮑超、成大吉破集賢關外赤岡嶺寇壘三，殲寇三千餘。偽屈天豫賈仁富、偽傅天安李仕福、偽垂天義朱孔棠等皆伏誅。大吉回援武昌，餘一壘超獨破之，擒斬劉瑲林。瑲林陷蘇、常為前鋒，自恃其勇，欲以孤壘遏官軍，既伏誅，國荃軍勢自倍。國藩之移東流也，皖南寇度嶺內空虛，糾眾由方干嶺樟樹衛防軍而入，潛陷黟縣，築壘西武嶺等處，窺伺祁門。張運蘭等克黟縣，寇併入盧邨十都，增壘抗拒。我軍克其七壘，寇悉駢誅。徽州寇聞之竄走。
宗棠追剿侍賢至廣信，以建德再陷，竄入鄱陽視田街，急回景德。寇宵遁，宗棠截之，大戰棡樹嶺，寇走建德後河，遂復縣城。運蘭進攻徽州，復之。汀州寇由江西瑞金回竄。時江西寇竄江山，進陷遂昌。秀成以一股踞瑞州、義寧、武寧，分三路犯湖北，連陷南岸興國、崇陽、通城、大冶、通山、武昌、咸寧、蒲圻，寇鋒逼武昌省城。官文、李續宜會遣水陸軍分道進剿，胡林翼亦自太湖移軍還省，先援南岸，再圖黃、蘄。
寇之竄擾江西者，自去冬以來，前後凡五大股，其由皖境竄入，自北而南者三股：一曰黃文金，連陷建德、鄱陽六縣；一曰李侍賢，連陷浮梁、景德等處。此二股均經左宗棠擊退，未能深入江西腹地。一曰李秀成，連圍玉山、廣信、廣豐三城，又深入內地，圍建昌，撲撫州，均未破，竄入崇仁樟樹鎮、吉安峽江，並踞瑞州府城，分竄奉新、靖安、武寧、義寧各州縣，又竄入湖北之興國、大冶、蒲圻、崇、通等處。此北三股也。其由兩廣竄入，自南而北者二股：一曰廣東股，其渠有周姓、許姓，上年由仁化、樂昌闌入江西，與李秀成聯合，圍攻廣信、南豐、建昌各城，連陷湖口、興安、婺源，經左宗棠攻克德、婺兩城，遂歸併徽州。一曰廣西股，其渠為朱衣點、彭大瞬，本石達開之餘黨也。由江西竄出湖南，經過南贛，陷福建之汀州，回竄江西，蹂躪寧都、建昌、河口等處。其前隊已由婺源竄浙，後隊尚留撫州。此南二股也。五大股中，又分為三支、四支，忽分忽合，時南時北。
國藩令鮑超回援江西，由九江直搗建昌，先保江西省城。瑞州及各縣踞寇逼近南昌，毓科留張運桂等扼屯城外，劉于潯屯安義堡，後營屯生米，丁峻屯臨江，皆為省垣西路屏蔽。李續宜克武昌，寇陷松陽、處州、永康、縉雲。縉雲既復，寇竄永康。宗棠遣軍克建德，國藩移屯婺源，婺源者，界江、皖、浙三省之衝也。賴裕新合汀州寇犯德興，分黨踞九都之新建，遣軍敗之。寇渡江竄浙江開化華埠，德興、婺源肅清。游擊黃載清克遂昌，松陽踞寇亦聞風遁，載清進攻宣平克之，寇竄武義，處屬肅清。金華知府王桐等克永康，寇併趨金華。江陰、常熟寇由海壩竄壽星沙，大肆焚掠。
六月，曾國荃會水師破菱湖北岸十三壘、南岸五壘，斬馘九千餘。寇之踞湖北咸寧、蒲圻、通城者，我軍均克復。寇由武寧犯建昌。金華寇出擾曹宅等處，李元度克義寧。張玉良等率水陸軍圍攻蘭谿不下。寇偵嚴州軍單，築壘女埠，下竄嚴州，陷之，尋為張玉良所復。寇陷上高，擾萬載。知縣翁延緒等克復武寧。水師李德麟等擊毀黃山、黃田、石牌三港寇船，壽星沙寇退回江陰。蘇州寇擾青浦，李恆嵩自北簳山移屯塘橋，以固松江門戶。嘉定寇糾蘇州寇犯上海，我軍禦於真如。寇渡河竄華漕，奪踞參將王占魁壘，薛煥遣軍奪還。寇走南翔，再敗退嘉定。時江水盛漲，國藩檄楊載福圖池州，牽掣南岸。載福攻十日不能下，乃率李成謀三營至舊縣，偵北岸無為瀕江壘寇避水移神塘裏河，駛擊破之，進攻州城。陳玉成、楊輔清死力抗拒。還軍次大通，敗青陽寇，還屯黃石磯。
七月，玉成糾輔清眾十餘萬自無為州犯英山，繞宿松，徑攻太湖，為救援安慶計。寇排隊山岡作長蛇勢。復有寇數萬自龍山宮對岸至塔下，袤延二十餘里，分路誘我軍，我軍堅守不動。夜大雨，賊洶湧潮進，城中飛丸隨雨落，至晨圍始解。玉成乃自小池驛進至清河高樓嶺，欲結桐城寇包裹我軍，以解安慶之圍。攻撲六晝夜，玉成、輔清援桴鼓督軍，揮刀砍不前者。我軍奮擊，大挫其鋒。玉成、輔清率大隊竄至高河鋪、馬鞍山，桐城圍復合。安慶圍師悉平城外諸壘。秀成自竄踞瑞州，分陷上高、新昌、奉新等縣，以瑞州為老巢。官文檄元度會軍攻克新昌、奉新、上高，敗寇均趨瑞州。乃遣游擊賀接華等會軍直搗郡城，攻復之。官文以德安寇謀窺荊襄，派水陸諸軍節次嚴剿，寇堅守，有冒死突出者，諸軍擊潰，寇不得入城。寇復出抄我軍後以援前寇，乃斷其歸路，寇奔河西，伏兵四合，架梯入，立復府城。
程學啟克安慶北門外三石壘，北門寇路已絕。德安寇竄河南信陽，轉犯羅山、光山、商城，兵團截擊，退奔皖境。鮑超督諸軍大破豐城西北岸寇壘，東岸屯寇驚潰，劉于潯乘之，收樟樹鎮。初，超自九江進軍，秀成聞風遠遁，率瑞州、奉新、清安、安義之寇，先分萬人擾撫州；令玉成率悍黨二萬攻豐城，而自領大隊由臨江踞樟樹、沙湖、豐城一帶，綿亙百餘里。先一日，超至豐城對河，值寇在樟樹為浮橋，陣山岡，超分中、後、左、右四隊齊進，寇搖旗迎拒，戰一時許，大敗，馘八千餘人。
八月，克安慶城，城外四偽王竄集賢關。安慶既復，東南之勢益促。水軍進克池州，乘勝下剿，復銅陵縣。時偽右軍劉官才方盤踞池州，與安慶相犄角。內則堅守石埭、太平，阻徽師進兵之路；外則上犯德、建、鄱陽，為江省北邊之患。今與安慶相繼而下，皖南軍勢益張。國荃與多隆阿會議，以桐城為七省要道、安慶咽喉，寇死守待援；玉成尚擁眾數萬，徘徊於集賢關內外，謀與桐城合併。乃會軍進擊，玉成、輔清皆大敗，越山而逸，遂復其城。宿松、黃梅、蘄州、廣濟相繼下。多隆阿進屯蘄州曹家渡，扼下游敗寇，以絕黃州寇援。李續燾等會同水師進攻黃州，寇築壘浚壕以抗我軍。蔣凝學令投誠劉維楨服寇衣，偽為援眾；復造玉成偽文，誘寇出，而設伏以待，寇果出，為我軍所殲，立復黃州。
時秀成竄出豐城，踞白馬寨，遣黨攻撫州。鮑超馳至，撫圍立解。寇走貴谿，得廣東新寇，合大眾據湖防河口，勢甚洶湧。超分五路應之，蹋毀七十餘壘，進復鉛山。國藩移駐安慶省城。初，侍賢攻嚴州，兩月不能下，乃於烏石、方門二灘連環築壘，逼近外壕。城內糧盡援絕，副將羅大春受重傷，率將士突北門出，城遂陷。秀成自桐廬、新城進陷餘杭。寇之竄貴谿者，聞鮑超自撫州至，豫遁走。初，閩寇三起，與花旗廣匪先後由建昌竄至廣信，與秀成併為一路。鮑超會屈蟠大破廣信寇壘，立解城圍。秀成敗走鉛山，築七壘，與城寇相守禦。超踵至，悉覆其壘，渡河攻城，克之。秀成竄圍廣豐，不克，分竄玉山，築壘十餘，復為道員王德榜所破。
秀成全股悉自江西竄犯浙境，一由玉山陷常山，一由廣豐犯江山，龍游踞寇同時出擾，衢州危迫。是月知府張詩華克復瀘谿、興安各城。福建援軍張啟煊擊寇浦江，失利，陷之。寇直犯五指山，金華大股踵至，米興朝等迎擊失利。義烏、東陽相繼不守。啟煊退守諸暨辟水嶺，寇至再潰。九月，寇陷處州。
大軍之破安慶也，無為州寇馬玉棠妻子居安慶，曾國荃生致之，密諭玉棠獻無為城。無為居皖北形勢，控金陵，引蕪湖，為寇必爭之路。附近泥汊口、神塘河諸處，石壘星列，以阻我軍。曾國荃會同水師抵泥汊口，壘高難仰攻，乃令築寨安營，而自率勁旅迅赴楊家橋、鳳凰頸，決隄斷寇歸路。寇大恐，遁入城。越日，攻神塘河，寇亦遁歸，乘勝直抵城下。至是玉棠事洩，偽頂王朱王陰幽之。玉棠黨舉兵攻王陰，我軍乘之，寇大潰。斃偽豫侯、丞相等，城立復。
秀成由臨浦陷蕭山，再由蕭山塘路竄杭州，陷諸暨、紹興府城，分竄新昌、嵊縣。上虞、餘姚均先後失守。國荃連破運漕鎮及東關鎮，鎮在無為、含山之界，外瀕大江，內連巢湖，寇糧皆屯於此，上濟安慶、廬州，下輸金陵，為南北鎖鑰。偽巨王洪某率眾五六千，並砲船數十，守之。寇失此益膽落。
十月，楚軍克復隨州。湖北自黃州、德安復後，惟隨州以孫捻援應，擾及襄陽，憑堅死抗。官文擊退豫捻，復用降將劉維楨取黃州計，誘寇出城敗之，克復州城。多隆阿收舒城、廬江，李續宜部將蔣凝學屯六安、霍山，宗棠屯婺源，張運蘭等屯徽州，李元度新軍出廣信，寇悉赴浙江，而皖南寇聚保廬州。宗棠議大舉援浙，浙寇猖獗，全省糜爛，逼近省垣。
上命曾國藩管轄江蘇、安徽、江西、浙江軍務。秀全見各省攻討嚴劇，迭克名城，金陵唾手可下，乃大懼，令秀成、侍賢分途竄擾，分我兵力。秀成竄浙江，疊陷各郡邑，直至餘杭，浙省戒嚴。寇從塘路抵杭州，撲武林門外賣魚橋，踞我營卡。寇隊尋大至，運糧道阻。提督張玉良來援，與城軍夾守。寇乃自海潮寺至鳳凰山，環木柵實土其中為堅壁，使城外隔絕，日以槍砲轟城。玉良攻木柵，中砲死。內外兵益懼，而城中久乏糧，人多餓死。自蕭山、諸暨等城陷後，援兵路絕。寇尋陷奉化、台州，十一月，由慈谿犯陷鎮海。台州寇分股陷黃巖、寧波，會同輔清由浙江嚴州遂安踰嶺回竄徽州，復蔓延衢屬開化，其謀在深入江、皖腹地，阻我援浙之師。
宗棠於廣德奉督辦浙江軍務之命，以寇圍徽郡，當入浙後路，遣軍至婺源，會防軍援剿。輔清大舉分犯徽州、休寧，兩敗於屯谿、篁墩，遂趨南路，逕逼嚴郡；而秀成已陷杭州，滿城亦相繼失守。輔清率寧國寇圍攻徽州、休寧兩城，偽成天安竄休寧之屯谿，尋又竄篁墩。十二月，總兵張運桂堅守徽城待援，乘間出擊破寇壘。寇復踞屯谿、市街、潛口一帶，以絕徽軍糧道。國藩調總兵朱品隆馳赴休寧，與唐義訓先破屯谿街口寇卡，毀河邊四壘，進平石橋、潛口寇巢，尋派軍護糧赴徽。寇由萬安街分股包抄，我軍奮擊之，寇不敢遏。張運桂以嚴市街為寇踞，糧道梗阻，與休寧軍會商兜剿，燬寇十餘壘，輔清受傷。值除夕大雪，寇掠無所得，悉遁去，圍立解。
是月，提督李世忠克復天長、六合。寇自八年踞六合，屢攻不下。黃雅冬思反正，潛約世忠先削其外壘，而己為內應。世忠自滁州至六合，遂大破寇壘，斬馮𢤀林，直造城下。黃雅冬倒戈，縱火拔關，我軍擁入城，擒斬衝天福林國安、頂天燕江玉城、攀天福魏正福五十餘人，皆悍黨也。詔黃雅冬更名朝棟。世忠以黃朝棟密約天長寇陳世明為內應，朝棟所部未盡薙髮，詐為援寇進城下，世明拔關納軍，遂克之。
是歲，汀州寇竄陷連城，分竄上杭。江西寇復闌入武平境，時寇謀分股：一圖窺龍、巖，一由清流、寧化擾延平、邵武。總督慶端以延平為全省關鍵，馳往駐紮；克連城，進攻汀州，創洪容海，克之。而江西續竄武平之寇，亦為副將林文察等擊敗。國藩疏請飭慶端嚴守浦城，俾寇不得由閩境竄江西。
同治元年正月，是時浙、蘇兩省膏腴盡為寇有，全浙所存，尚有湖州、海寧兩城，又孤懸賊中，獨衢州一府尚可圖存。國藩疏薦福建延邵建寧道李鴻章署理江蘇巡撫，別立一軍，由滬圖蘇；以圍攻金陵屬曾國荃，以浙事屬左宗棠。於是東南寇勢日就衰熄。世忠攻江浦，約劉元成、單玉功為內應，殺偽報王、偽宗王、操天福等七十餘名，立復江浦；至浦口，復克其城。自江、浙兩省寇糾眾數十萬，併力東犯，連陷奉賢、南匯、川沙等廳縣，烽火遍浦東，逼上海。各隘防軍遇寇輒潰走。寇既為法船所擊退，踞天馬山陳防橋，復為李恆嵩所破，敗入青浦城中。其浦東大股踞高橋，欲斷我要隘。美人華爾、白齊文撲寇巢，毀其壁，進攻浦東、浦南，大破之。尋嘉定、青浦寇進逼七寶，以窺上海圍防軍郭太平營。薛煥督軍解其圍，甫還軍，寇復大至。
李鴻章率湘淮軍援江蘇，營上海城南。黃翼升統水師相繼至。宗棠出嶺攻開化，楊輔清糾眾踞張邨、銀坑、石佛嶺，窺伺衢州，連戰走之，陣斬藍以道，開化肅清。九洑洲寇竄江浦、浦口、和州，分黨犯橋林。二月，嘉善、平湖寇水陸犯金山、洙涇，七日，陷之。松江、上海俱震。東梁山偽愛王黃崇發、西梁山偽親王某、裕谿口偽善王陳觀意糾合雍家鎮寇，分股上竄五顯廟、水家邨、湯家溝，水師李成謀登岸破之，斬黃崇發。初，宗棠既克開化，進軍常山璞石，偵李侍賢嗾壽昌蘭谿寇糾遂安恭天義賴連繡犯開化馬金，謀長圍困我。宗棠回攻遂安，乘援寇未集，先剿克之。
三月，李元度敗寇於江山碗窯，再敗小青湖援寇。江山賊進陷峽口閩軍曾元福壘，踞之，連營數十里。宗棠自常山遣軍進剿。林文察之克遂昌也，寇併聚松陽，蔓延雲和、景寧，尋以次擊退，進規處州，破寇松陽平港頭寇壘，寇奔處州碧湖。上年國藩檄鮑超平青陽城外寇壘，作長圍困之。偽奉王古隆賢潛糾浙江死黨三萬餘人進撲銅陵，分我軍勢。超率援軍盡掃橫塘等處百餘卡三十六壘。古隆賢偵知大軍北出，陰統涇、太悍寇築九壘於青陽豬婆店阻我師，以通糧道。適超凱旋，進逼青陽，克之。
國荃既募湘勇回安慶，國藩飭令攻取巢縣、含山、和州、西梁山等處，以為欲制寇死命，先自巢始，遂進屯縣城東北。劉連捷等赴望山岡以扼南路，寇乘我壘未定來犯，拒敗之。初，寇踞江岸以北，上援廬州，下衛江寧，分布堅城，拒守要塞，通上下之氣，杜我進兵要路。至是攻破巢縣銅城閘、雍家鎮，旋收巢縣，復含山，再會水師大破裕溪口寇屯。
寇之踞金陵也，以全力扼東西梁山，兩山對峙，大江至此一束，水急流洄，視小孤山尤為形勝。國荃以此關為金陵鎖鑰，循江上逼西梁山而陣。寇走江州，水陸爭起搏擊，遂克之。自是金陵重鎮已失其半。偽匡王賴文鴻竄繁昌縣，糾約踞寇撲我三山峽營。曾貞幹乘寇未逼，督軍分道馳剿，寇大亂，殪其渠吳大嘴，遂克繁昌。蕪湖援寇潛屯魯港以圖抗拒，貞幹會同水師奪其船百餘艘，夷三壘十餘卡，餘悉遁蕪湖；貞幹督各軍馳抵南陵，立復其城。鮑超既克青陽，議先取石埭、太平以固徽州之防，繼取涇縣以達寧國之路；乃分軍五路，由龍口直抵石埭，寇矢石交下，總兵婁雲慶從西、北二門攻入，立復縣城。寇大懼，糾集南陵援寇大至，屯甘棠鎮阻我師。我軍分三路進擊，破十七壘，遂復太平，擒斬偽主將徐國華等三十七人。先是超攻青陽時，有偽佐將張遇春率眾萬餘乞降，超納之，令暫屯景德三谿。至是太平賊寇將北走，張遇春驟起殲之。超回軍挾之，進攻涇縣，復其城，遂東渡清弋江，進規寧國。
李侍賢自陷常山，與龍游寇同撲衢州，總兵李定泰等敗之，復常山，解衢州之圍。宗棠馳至常山，攻克招賢關，以通衢州糧道。其撲江山之寇，檄李元度會攻石門花園港寇巢，毀十四壘，寇勢不支，乘夜向台州潛遁。是時楊輔清由淳化犯遂安，宗棠自常山進屯開化圖之，尋遣劉典進攻遂安；輔清退走淳安、昌化，竄皖南犯寧國。四月，儀徵寇敗後，竄擾沙漫洲等處，水師擊走之，揚境肅清。浙軍會民團克復台州仙居、黃巖、太平、寧海，縉雲、樂清、慈谿等縣，擒斬延天義李元徠，偽王李洪藻、李遇茂，偽主將李尚揚。尋進克寧波府鎮海、青田二縣。台、處寇上竄溫州，踞太平嶺及任橋、瞿谿，尋分竄瑞安，張啟煊營陷，退守縣城。楚皖軍會克廬州，秀成竄擾蘇、常，玉成則盤踞皖、楚之交。
自大軍克復安慶，玉成率黨自石牌而上，調宿松、黃梅之寇同至野雞河，欲赴湖北德安、襄陽招集其黨，群酋不從，乘夜由六安走廬州，眾漸攜貳。秀全復督責甚切，玉成懼，力守廬州不敢走，皖、楚諸軍困之，日盼外援。而潁郡解圍後，偽扶王陳得才西竄，偽天將馬融和隨張洛行遠遁，外援遂絕。多隆阿與皖軍張得勝設伏誘賊出戰，兩軍合擊，寇大敗，遂克府城，誅偽官二百十三名。玉成奔壽州，尚有死黨二千，以苗沛霖陰受偽封，往乞援；沛霖縛之，獻潁州勝保大營，並擒偽導王陳士才、偽從王陳德、偽統天義陳聚成、偽天軍主將向士才、偽虔天義陳安成、偽禱天義梁顯新，及親隨偽官二十餘，並正法。秀成聞玉成死，頓足歎曰：「吾無助矣！」玉成兇狠亞楊秀清，而戰略尤過之，軍中號「四眼狗」。自玉成伏誅，楚、皖稍得息肩，而金陵勢益孤矣。
民團克寧海、象山、奉化。李世忠大破寇於六合八步橋，寇竄滁州來安，又大敗。寇勢大餒。華爾等克柘林，謀搗金山衞。知府李慶琛攻太倉，秀成率偽聽王陳炳文、偽納王郜雲官來援，逼青浦。李恆嵩失利，退走塘橋。嘉定、寶山皆震。寇別隊由婁塘攻陷嘉定，英、法二提督及我軍突圍走上海。鴻章飭軍駐法華鎮，扼滬西，寇遂踰青浦，逕逼松江。秀全自竄踞金陵，以東西梁山為鎖鑰，以蕪湖為屏蔽，而尤以金柱關為關鍵。自國荃破太平府，彭玉麟破金柱關，黃翼升往襲東梁山一戰而下，貞幹循江進克蕪湖，提督王明山等復攻破烈山石壘，未逾三日，上下要隘悉為我有。從此上而寧國，下而江寧，寇均失所恃矣。
國荃進軍江寧鎮，屯板橋，潛襲秣陵關，進破大勝關、三汊河，直抵雨花臺軍焉。江北浦口、六合敗寇悉聚江邊，李世忠蹙之，渡還九洑洲。江北肅清。五月，偽什天安吳建瀛統眾聚南匯，與淋天福劉二林屢為秀成養子所凌，至是來降，我軍整隊入城。秀成養子方踞金山衞，來犯，復糾川沙寇回撲，復為我軍所敗，直逼川沙。寇由海塘竄出，遂復川沙，進攻松江。寇逼泗涇，防軍游擊林叢文敗退北門。華爾由青浦回援，鴻章令程學啟扼虹橋，分青浦、松江後路。寇陷湖州，福建糧儲道趙景賢拔刀自刎，賊奪之，囚一年餘，秀成禮待之極厚，終日罵不絕口，譚紹光舉槍一擊而殞。
初，寇圍逼松江，鴻章以松江扼青浦東、西之中，為最要地，自赴新橋，令程學啟時出兵綴寇。寇初營西門妙嚴寺土城，華爾以砲毀之。寇復攫據之，增築砲臺，環合四門。常勝軍戰寇竇福濱，城軍乘夜分門出擊，寇竄遁。乃簡精卒破天馬山寇營，突入青浦，盡焚輜重。寇死戰，併力守松江。其分屯廣福林及泗涇之寇，鴻章進擊敗之。寇遁入營，斷橋以拒。劉銘傳等克奉賢，陳炳文、郜雲官等率眾數萬圍新橋程學啟營，填壕拔鹿角，學啟不及以槍砲禦，擲磚石擊之，寇藉屍登壕，學啟開壁突擊，寇始卻，而分股踰新橋逼上海。鴻章將七營往援，大破之，追至新橋，學啟大呼夾擊，寇解圍遁。陳炳文、郜雲官皆負傷竄走。進軍泗涇，寇大潰，盡燒其壘。廣福林、塘橋寇亦退。上海、松江俱解嚴。
初，李世忠遣軍自六合通江集南渡，連破石埠橋、龍潭、東陽寇壘，寇悉遁句容。自是九洑洲寇外援盡絕。秀全遣江寧寇大攻石埠橋曾玉梁壘，世忠遣義子李顯發往援，入壘會守。陳坤書自句容進攻龍潭、東陽諸壘，守軍黃國棟等退併石埠，而寇攻益急，顯發會水師力戰，盡平其壘，解石埠圍。時李秀成自松、滬敗還，謀連合杭、湖寇眾救援江寧。秀全遣悍黨二萬攻大營，國荃設伏敗之。連日宗棠督軍攻衢州，東、南、北三路寇壘皆盡。
初，秀全以大軍驟逼城下，日出撲犯，輒被創，趣浙酋李侍賢、蘇酋李秀成還救江寧，而宗棠攻衢州，與李侍賢相拒遂安、龍游間。鴻章新克松江廳縣，秀成奔命未遑，乃與諸黨議曰：「曾國荃兵力厚集於金陵，為久困之計。我勢日蹙，不如先圍寧國、太平，斷其後路。我軍勢既振，敵乃可圖也。」秀全以久困，慮糧不繼，仍促其入援。秀成不得已，乃先遣悍黨數萬自蘇西援。時寧國餘寇竄併江寧，屯於淳化鎮者亦不下二萬餘。六月，宗棠自衢州進軍龍潭。侍賢自遂安敗後，復糾合金華及溫、處悍黨，分屯南岸湖鎮、羅埠，北岸蘭谿之永昌、太平、祝家堰、諸葛邨、孟塘、油埠、裘家堰。宗棠駐潭石望，距城十五里，遣眭金城會劉培元駐城西圭塘山，屈蟠、王德榜駐紫金旺，崔大光駐城北對河茶圩，劉典駐高橋。先是李侍賢偵我軍平衢州寇壘，將進軍龍游，糾黨潛趨蘭谿、嚴淳，乘虛襲遂安，為就糧江、浙斷我餉道計。宗棠遣軍大破之，寇由壽昌退還金華。七月，我軍進敗龍游寇，毀蘭谿、油埠寇屯，陣斬偽駿天義鄧積士等。宣平、處州、餘姚、壽昌均以次收復。
是時楊輔清糾眾十餘萬竄踞寧國府城，復分黨屯聚團山、寒亭等處，阻我進兵之路。鮑超飭將卒撲寒亭，寇出巢猛拒，總兵宋國永橫躍入陣，伏起扼歸路，寇驚潰，平寒亭管家橋、楠家甸、獅子山寇館數十處，寇壘三十五座。偽衞王楊雄清糾合餘眾遁回寧郡。輔清聞寒亭戰敗，即糾黨繞城結壘，延三十餘里。鮑超進壁烏紗鋪，飭婁雲慶設伏望城岡，以輕兵誘寇。寇以我兵寡，直壓山岡而下，我軍張兩翼卻之。寇見旌幟遍山谷，誤為援寇，反鬥中伏，我軍復斷其後，斃無算。望城岡及抱龍岡十數邨皆平。寇復陰結別股築壘堅拒，鮑超率各軍逼壘而營。各偽王出大隊於南、北兩門夾攻，鮑超分軍進搏，寇敗走浮橋，我軍焚橋截殺，無得脫者。寇復收餘燼，再戰再敗，輔清單騎脫走。立收寧國府、縣二城。初，輔清聞超軍至，數遣使乞援於江寧，秀全遣偽保王洪容海率悍寇赴之，容海者石達開死黨也，旣至，懾超威，乞降，超許之，而郡城已克。容海奔廣德，襲獻州城，率眾六萬就撫，復本姓童。
江寧援寇大舉犯壘，分二十餘隊牽掣各軍，而以銳卒突雨花臺。國荃拔卡縱擊，大破之，解圍去。潘鼎新等會克金山衞城，地界江、浙，為浦東門戶，至是一律肅清。是月鴻章督諸軍會攻青浦，克其城。譚紹光方踞湖州，聞青浦已失，恐官軍躡其後，乃合嘉、湖、蘇、崑寇犯松、滬西北，進窺青浦，學啟會水師擊卻之。寇攻北簳山壘不獲逞，遂東趨攻北新涇，北新涇為上海西路之蔽，防軍大戰卻之。寇分竄法華，逼上海。鴻章調諸軍自金山衞、青浦、松陵回援，悍寇二萬圍官軍，學啟戰逾時，寇大潰。北新涇之寇憑河據壘，伏左右以待我軍。鴻章親督陣，與學啟軍合，盡毀寇營，紹光遁嘉定。上海危而復安。
八月，寇陷慈谿，華爾復之，受創，尋卒。嵊縣、新昌寇陷奉化。閏八月，奉化寇窺寧波，宗棠飭蔣益澧等進平蘭谿裘家堰寇壘，斃偽元天福萬興仁、偽疌天福劉茂林等。羅埠踞寇偽戎天義李世祥乞降，益澧攻羅埠，世祥應之，破五壘。湖鎮寇聞之遁，我軍渡河破五星街。此皆龍游、湯谿要衝也。益澧屢攻湯谿不下，軍多死傷。宗棠進營新涼亭，逼龍游城五里，飭益澧由羅埠進攻湯谿。劉典屯扼油埠、湖鎮，以堵蘭谿、金華援寇。
九月，鴻章會常勝軍攻嘉定，克之。紹光及偽聽王陳炳文復糾援寇十餘萬，分道自太倉、崑山來犯，北由蟠龍鎮至四江口，圖據黃渡以當青浦；南由安亭至方泰鎮，圖入南翔。尋我軍卻寇南翔，寇乃於三江口、四江口立左右大寨，設浮橋潛渡，困我水師；而青浦西北洋新涇、趙屯橋、白鶴江寇益蔓延，擾及重固鎮張堰，距青浦十餘里。黃翼升率水師自青浦出衝敵舟，寇扼白鶴江不得進，別隊犯黃渡，李鶴章會擊敗之。時四江口久被圍，紹光屯吳淞江口，炳文踞南岸。鴻章督諸軍至黃渡，分三路進擊，自辰至未，屢衝不動。鴻章督戰益急，諸軍逾壕直逼寇營，學啟礮傷胸，復裹創疾戰，寇由南岸潰而北。四江營守將皆衝圍而出，寇退崑山。我軍毀其浮橋石卡殆盡，斃數萬，夷壘二百座。寇自是不復窺松、滬，悉力堅守崑山、太倉，尤為蘇州門戶，寇所必爭者也。
寧國再陷，寇復由句容進薄鎮江，壁湯岡。馮子材督軍破湯岡九壘，寇歸青山老巢，乘勝拔之，竄還句容。初，偽護王陳坤書糾眾四五萬圖犯金柱關，彭玉麟禦之花津，五戰皆捷。尋寇以戰艦數百從東壩拖出，我軍毀其浮橋，寇乃不敢渡河。至是悍寇結筏偷渡，屢逼金柱關，我軍水陸大舉，敗之花山。寇遁上駟坡，而水師已先毀浮橋，寇回戈轉鬥，諸軍合擊，殲萬餘。其窯頭等處尚延袤百餘里，我軍環攻，焚其壘。花津、清山、象山、采石磯諸寇巢悉數平毀。自是蕪湖、金柱關六十里之間寇蹤以絕。
時大營軍士患疫方稍止，秀成親率十三偽王，號稱六十萬，麇集金陵，東自方山，西至板橋鎮，旗幟林立，直逼我軍營壘，尤趨重於東西兩隅。曾貞幹等擊敗之小河邊城寇援，寇尋由東西兩路進攻，分黨趨洲上，抄出猛字等營後，我軍分路擊退之。寇之圍逼西路者，歷六晝夜，為我軍擊敗。寇悉向東路，逼營而陣，潛通地道，百計環攻。各軍將士負牆露立，擲火球擊寇。寇負板蛇行而進，填壕欲上。我軍叢矛擊刺，寇拽尸復進，抵死不退。飛彈傷國荃頰，血流交頤，仍裹創上壕守禦。侍賢自浙東來援，急攻吉後營砲臺。國荃引軍馳救，寇來益眾，用箱匱實土排砌壕間，暗鑿地道。我軍以火箭攢射，隨出銳卒擊之，賊鋒稍挫，遂毀西路寇壘。東路之寇環逼不已，嘉字、吉後兩營地道轟發，寇擁入塌口，我軍分路衝出決戰，塌口以內之寇誅戮無遺。壕外寇復舉旗督戰，各營同出抄殺，寇精銳悉挫折。復於東路別開地道，西路決江水淹絕運糧之路。貞幹在高坡增築小營，令水師駐雙牐護餉道。我軍凡破寇地道五處，寇計益窮。國荃乘勢進拔十餘卡，破東路四壘，西南諸壘望風驚潰，追至南路牛首山一帶，平壘數十座，搜剿至方山之西。雨花臺守眾句結城寇絕我軍歸路，我軍左右盪決，寇分路而遁，重圍始解。是役也，秀成自蘇，侍賢自浙，先後圍攻大營四十六晝夜。國荃率諸將居圍中，設奇破之，弟貞幹力顧餉道，將士獰目髹面，皮肉幾盡。
大營解圍後，秀成仍屯秣陵關、六郎橋一帶。侍賢謂秀成曰：「今江北方空虛，出其不料，馳攻揚州、六合，括其糧以濟軍；復分兵攻國藩於安慶，彼必分軍馳救。我今屯秣陵、溧水之師，乘虛擊之，鮮不濟矣。」秀成納之，別遣偽納王郜永寬、偽對王洪元春等自九洑洲渡江，竄越江浦、浦口者五六萬。洪元春陷巢縣、含山、和州，遂踞運漕鎮、銅城牐、東關各隘，知無為州米足兵單，徑撲州城。提督蕭慶衍攻運漕、銅城，會彭玉麟水師焚毀三石卡，進破運漕鎮，連覆陶家嘴、崑山岡寇壘，繞出銅城牐後。牐口寇衝圍而出，岡東、牐西寇皆遁走。國荃遣軍守東西梁山顧江隘，令李昭慶帶五營自蕪湖北渡援無為，以保皖南各軍運道。國藩調李續宜、毛有銘移防廬州。賴文鴻、古隆賢等自廣德、寧國竄入旌德，總兵朱品隆敗之，解圍去。其攻涇縣之寇，亦被援軍擊退。先是昌化寇率眾數萬竄入績溪，冀絕旌德防軍糧路。唐義訓會浙軍克之。
十月，我軍連復上虞、嵊縣、新昌。宗棠屢攻龍游、湯谿、蘭谿、嚴州諸處，破壘卡三十餘，惟附城諸壘不可破。寇以死守城，穴牆開砲，軍士多傷亡。龍游、湯谿兩城為金華要道，必兩城下，後路清，而後可攻金華。蘭谿一水直達嚴州，必蘭谿下，餉道通，而後可收嚴郡。此三城者，所謂如骨之梗在喉也。十一月，寇竄太平、黟縣，進陷祁門，將窺伺江西饒州、景德。宗棠恐阻糧路，檄軍助剿，未至而祁門已克。魏喻義攻嚴州，嚴州形勢，外通懷寧，內達杭州。宗棠援浙，謀首下嚴州，而寇在三衢，圖犯江西，斷我餉道。乃先清衢郡，飭劉典攻蘭谿以分寇勢，踞寇偽朝將譚富與蘭谿譚星為兄弟，互相首尾。喻義屯銅關，據險設卡。譚富糾桐廬、浦江諸寇屢來犯，喻義伏兵鐘嶺腳，殲寇前鋒，寇驚還，閉城固守。是夜我軍梯城而入，殲寇萬餘，立克府城，焚船三百餘艘，獲偽印二百九十三顆，餘棄械投誠。
是時紹興偽首王范汝增、偽戴王黃呈忠、偽梯王練業紳率大股由諸暨、東陽、義烏、永康西竄金華，號稱十萬，以援湯谿、龍游。分黨竄武義，林文察敗之。丹陽、句容寇竄鎮江，馮子材督軍大破於丁邨、薛邨諸處。寇踞常熟、昭文二縣以窺江北。距城十八里有福山者，為江南重鎮，與江北狼山鎮對峙，由江入海之鎖鑰也。二縣守寇錢桂仁、駱國忠、董正勤與太倉酋錢壽仁密通款我軍，李鶴年攻城，寇約內應。國忠夜飲桂仁酒，就座斫殺偽馮天安錢嘉仁、偽逮天福姚得時，以城降。明日，會水師周興隆破平福山滸，白、徐六涇諸海口寇壘，進規太倉，而蘇州內應事泄。譚永光悉眾爭常熟，招江陰、無錫寇六七萬來會，又令楊舍寇乘隙陷福山。官軍固守常、昭。
十二月，寇圍而攻之，團勇潰。周興隆告急，鴻章遣援，而江陰楊厙寇已竄福山各口阻援師；遣常勝軍及水師攻福山口河西寇壘不下。寇攻常熟急，西北門營壘已失，常勝軍阻寇福山不得達。李鶴年攻太倉，寇援甚眾，亦難驟進。鴻章增調浦東軍由海道繞赴福山，會師援剿。鶴年等自望仙橋進攻太倉，敗之。時蔣益澧攻湯谿不下，劉璈會攻蘭谿寇壘亦失利，劉典合水陸進攻，寇堅伏不出。龍游、湯谿援寇適大至，乘間西趨擾江、皖，益澧等迎擊湯谿援寇於金華白龍橋，大創之。偽扶王陳得才、偽端王藍成春、偽增王賴文光、偽顧王梁成富、偽主將馬融初，皆陳玉成悍黨也。玉成命北犯牽掣官軍，而得才見廬州被圍急，欲南援，為防軍所扼，奔竄於河南、湖北、山、陝之間，與諸捻合，遂成流寇。
二年正月，秀成調集常州、丹陽諸寇屯江寧下關、中關，號二十萬，自九洑洲陸續渡江，意欲假道皖北，竄擾鄂疆，截斷江、皖各軍運道，圖解江寧之困，蓋近攻不如取遠勢也。既渡江，陷浦口，李世忠退入江浦。偽匡王賴文鴻、偽奉王古隆賢、偽襄王劉官方糾合花旗廣寇數萬圍涇縣。鮑超自寧國馳援，誘之入伏，寇敗還壘，而壘已為我軍所焚，寇大奔，立解城圍。及還軍，而西河寇乘虛犯壘，見超幟，倉皇遁去。蔣益澧、康國器克湯谿，金華寇恃湯谿、龍游、蘭谿三城為犄角，我軍攻湯谿，寇勢漸蹙。偽朝將彭禹蘭詣營乞降，益澧令內應，誘誅偽天將李尚揚等八名。是夜彭禹蘭啟西門納軍，殺九千餘，城寇遂盡。偽戴王黃呈忠、偽首王范汝增、偽梯王練業紳自白龍橋退奔金華，龍游寇聞風而遁，左宗棠收之，劉典收蘭谿，高連陞等收金華，而武義、永康、東陽、義烏、浦江皆相繼收復。
浙東敗寇從於潛、昌化越叢山關，竄皖南績溪，復踰箬嶺，歸旌德，并句容、太平大股麇集石埭，謀西上。建德大震，江西饒州、九江邊亦急。劉典等克諸暨，譚星自浦江敗後，竄踞桐廬，宗棠飭劉培元會水軍合擊之，遏其西趨。蔣益澧乘勢進攻紹興，提督葉炳忠會英、法軍克之。敗寇萬餘，與桐廬踞寇沿江築壘抗拒，我軍水陸合攻，遂復桐廬。蕭山寇亦竄走，浙東肅清。
左宗棠遣益澧進攻杭州。先是楊輔清糾合群黨，嘯聚西河、紅楊樹、麒麟山一帶，十餘萬人，以一大股抄出高祖山，先以一小隊繞過山背，揚言上犯涇縣，實欲圖鮑超老營。二月，寇分三四萬眾圍高祖山八營，鮑超分軍三路，伏兵茯苓山傍以斷其後。戰逾時，寇譁亂奔，近茯苓山，伏起，寇駭懼，遂平高嶺、周家橋、馬家園、小淮窯諸壘。寇之由河西遁入灣沚者，為水師擊敗，併入梅嶺、麒麟山。鮑超遣將分攻之，積屍若阜，並收復仰賢圩各處，餘分道竄逸。偽懷王周逆等糾眾竄至句容城外，會合丹陽偽效天義陳酋，圖由九洑洲北渡。馮子材扼橋據險，分隊進攻，直趨牧馬口，沿村十餘里敵卡林立，官軍直突，屹不稍動。守備李耀光陣斬執旗寇，搗中堅，官軍無不以一當百，立燬牧馬口敵卡。東湖寇亦敗潰，進毀南路柏林邨老巢，斬陳酋馬下，卽四眼狗玉成之叔也，寇駭奔，向西南竄走。
皖西寇犯休寧，分掠建德，西侵江西鄱陽、彭澤，東擾池州，圍青陽，續由江浦縣新河口迤邐西竄巢、含、全椒之間。南岸則金柱關，時踞皖南寇約有三起：一為胡、黃、古、賴諸寇，即踞寧國、太平、石埭、旌德者也；一為花旗，此廣東匪，前由廣東、湖南、江西入浙、皖者也；一為譚星，即蘭谿抗官軍者也。徽防諸軍紛紛告警。當曾國藩之視師東下也，寇攻常熟益急，譚紹光又益以砲船二百艘，突地攻城，降將駱國忠悉力扼守。鴻章遣軍攻太倉、崑山分寇勢，別遣英將戈登助剿福山，會潘鼎新等水陸軍奪石城，夜毀城壘，翌日寇入西山，而福山火起，乃開門悉銳出擊，寇盡潰，擒斬悍酋孝天義朱衣點。常熟、昭文城圍立解。太平踞寇圖祁門。江西軍王沐敗寇於徽州屯谿。草市寇再敗於嚴寺街、長林、潛口等處，死近萬人，退奔休寧、藍田一帶，西通漁亭。未幾，寇復進踞潛口，祁門防軍禦之黟縣漁亭，大破之，陣斬偽天將劉官福。
寇之初起也，禁令嚴明，聽民耕種，故取江南數郡之糧出金柱關，江北數郡之糧出裕谿口，並輸江寧。今耕者廢業，煙火斷絕，寇行無人之境，而安慶、蕪湖、廬州、寧國、東西梁山、金柱關、裕谿口，暨浙之金華、紹興，山川筋絡必爭之地，寇悉喪失，我軍足制其死命。昔年寇之所至，築壘如城，掘濠如川，近乃日近草率，群酋受封至九十餘王之多，各爭雄長，敗不相救，識者知其亡無日矣。
寇復由寧國繞出青陽，分擾建德、東流。三月，由東流犯江西彭澤，進逼祁門；由建德窺饒州，犯梅林營壘。劉典督軍敗之，遂大破潛口寇屯。徽州、休寧解嚴。乃赴漁亭，會克黟縣，斬偽絇天義古文佑。追寇出嶺外，平寇壘二十餘，嶺內一律肅清。太倉踞寇偽會王蔡元隆詐降郊迎，我軍至城下，伏起，槍傷李鶴章，程學啟殿軍而退。鴻章檄戈登會攻太倉，克之。黃文金合許家山各處寇十餘萬，由祁門進逼，與參將韓進春血戰四時，陣斬偽孝王胡鼎文，群寇奪氣。
寇攻廬州，犯舒城。李秀成將由舒城、六安上竄，一出黃州，一出漢口，擾犯湖北，掣我南岸之師以援北岸，掣我下游之師以援上游，皆為解金陵圍計也。湖北為數省樞紐，曾國藩調成大吉回屯灄口，檄水師赴武漢嚴防。秀成來犯石澗埠，進逼我軍，晝夜猛攻，相持不下。寇復於前營增百壘，層層合圍。彭玉麟派隊來援，會軍夾擊，盡平群壘，秀成遁走。其犯廬江、舒城者悉敗走。悍寇馬融和自豫間道犯桐城，我軍敗之三里街，遁往孔城，與秀成合而為一。秀成遣偽富天豫張承得等圍六安，敗死，六安者淮南要衝也。餘寇走廬州，鮑超追擊，會攻巢縣，先破東關、銅城牐二隘，遂克其城。金山、和州相繼皆下。
李侍賢自金陵敗遁，糾悍黨數萬屢犯金柱關。花津、上駟渡、萬頃湖、涂家渡及燕子磯、伏龍橋、護駕墩、灣沚、黃池諸處寇壘，皆為我軍所覆。自是寇不敢輕渡西岸，遁溧水、丹陽一帶。四月，水師楊政謨襲破杭州閘口寇船，登岸進毀望江門寇壘，寇大震，急招新城寇還救。蔣益澧進攻富陽，富陽一城為杭州上游關鍵，賊嚴防禦，船壘相輔。杭州援寇屯新橋，與城寇相為犄角。秀成令陳炳文等舍蘇州、常、昭，急援富陽，並糾蘇、常、嘉興悍黨由餘杭趨臨安，竄新城，擾富陽軍後路。魏喻義等督兵進擊，寇復乘霧分道攻撲新城，大敗，向臨安遁走。偽慕王譚紹光、偽來王陸順德等率大股犯太倉雙鳳鎮，攻崑山後路，圖解城圍。我軍鏖戰三晝夜，破之。偽天將夏天義率悍黨數萬久踞崑山、新陽縣城，鴻章督率程學啟、戈登會水師大破崑山寇壘二十四，斃萬餘。有正義鎮者，為蘇城援崑山必由之路，學啟攻之，破石壘二。寇見歸路已斷，奪路狂奔，遂進克同城崑山新陽。王沐自黟縣回援景德，寇敗於陳家畈、包家塅，竄安寧嶺外。
時江寧攻圍久，百計欲解城圍，既分股由徽、寧窺伺江西，由含、和一帶圖犯湖北，而由湖北下竄之捻，自蘄水分為四枝，一回竄黃州，一撲宿松，越潛、太，以撲廬、桐。寇、捻句合，兇燄甚張。此皆李秀成所規畫也。我軍克復福山後，江陰縣屬揚厙汛為江邊險要，寇糾眾死守，以蔽江陰。我軍水陸會攻，斬趙尚林等，立復汛城，而漍北、漍西、塘市屯寇均棄壘遁還無錫、常州。我軍克復建德，連復巢、含、和三城。於是皖北寇全遁，皖南寇勢亦衰。
初，秀成自六安敗後，率眾東竄，聲言回救蘇州。國荃急爭江寧老巢，攻其必救，使城下之寇不暇遠趨蘇郡，而北岸之寇亦不敢專注揚州；乃率軍分六路併進，潛襲雨花臺及聚寶南門石壘，肉薄登城，遂奪雨花臺，乘勝猛攻東、西、南各卡九壘，皆克之。群寇潰奔，我軍追擊於長干橋，蹙入水者無數。未幾，城寇出，又敗退，斃六千餘，寇勢從此衰減。秀成在江北，聞雨花臺失，益惶懼，又以崑山新克，蘇州亦受逼，乃與諸偽王改圖南渡。於是天長、六合、來安次第解圍。而寇之分踞喬林小店者，冒雨掠舟，喧闐不絕。五月，浦口寇棄城遁走，而江浦寇忽獻書乞降，鮑超等察其詐，引軍急進，水師次江浦。寇聞風亦宵遁，九洑洲偽城踞寇閉門不納，寇駭竄蘆葦中，溺死者無算。江浦、浦口兩城寇，盡蹙之入江，江北肅清。
曾國荃連日破平下關、草鞋峽、燕子磯，收寶金圩，距蕪湖、金柱關百里內已無寇蹤。進攻克九洑洲，寇之在中關者，附城為壘，卒不稍動。其堅踞九洑洲者，下有列船，上有偽城，群砲轟發不息；復於東、西、南三面分伏洋槍隊，伺間出擊，我軍多損傷。彭楚漢等負創角戰，乘風縱火，夜二鼓，撲牆而入，聚殲無一脫者。九洑洲既克，謀者謂浙軍攻富陽，滬軍攻蘇州，江寧亦宜速合圍，使備多力分。國藩亦主合圍制敵為上策。秀成南渡後，連營於江陰、無錫數十里，聲言援江陰攻常熟。鴻章督諸軍攻破七十五壘，顧山以西寇皆盡。
寇自失九洑洲，下關江上接濟已斷，糧食漸乏，諜赴蘇州、嘉興，力圖接濟。秀全以城圍日逼，留秀成共守老巢，緩援蘇州。六月，秀全遣黨出儀鳳門犯鮑超營，出太平門犯劉連捷營，不克而退。七月，犯下關，亦為我軍擊卻。八月，國荃攻印子山，破其石壘，陣斬偽佩王馮真林。明日，破七橋甕石壘一、土壘三，偽梯王練茶發伏誅。國荃調江浦、浦口防軍，別募萬人，為火舉圍城之計。是日程學啟會水師逼婁、葑，規取蘇州。
初，建德南竄寇敗於汪邨，偽匡王賴文鴻創而墮馬，群寇衛之遁。越二日，復敗於分流木塔曹家渡，自是浮梁北路稍靖。先是黃文金糾合諸酋由皖入江，分擾鄱陽、浮梁、祁門、都昌境內，每為我軍所扼，不得深入；乃折而西趨湖口，分三路：上路由文橋，中路由梧桐嶺，下路由太平關，而文橋寇勢最盛，文金親踞其中。尋自文橋撲犯堅山大營，江忠義會諸軍直前迎擊，破其七壘，文金竄皖南，江西肅清。
文金繞越池州圍青陽。八月，富陽寇與新橋寇互相犄角，抗我圍師。蔣益澧督諸軍日夜轟擊，先破寇援，毀倚城大壘及大小諸卡，城寇不支，逃入新橋，城立復。我軍復由雞籠山繞出新橋，併力追殺，寇壘悉數芟夷。江陰踞寇日久負嵎，我軍攻之，勢漸蹙。是月陳坤書及潮武齊區五大股眾十餘萬分道來援，亙數十里，西自江邊，東至山口，沿途紥木城十餘，其中營壘大小百餘，守禦堅固。我軍水陸分攻，郭松林潛自山後噪而入，縱橫衝突。銘傳直擣中堅，寇大潰。有內應者，夜三鼓，梯城而入。偽廣王李愷順墜水死，遂克其城。
秀成自江寧返蘇，謀解城圍，與程學啟、戈登戰蘇州寶帶橋，敗北，奔至盤門。我軍毀沿途諸卡，秀成率大股來爭，我軍力擊敗之。初，寇於婁門外附城築十九壘，學啟屯外跨塘，砲力不能及寇壘，乃移壁永安橋，城中出夷人百餘，發炸砲助之。未幾，寇分門大出，水陸軍力禦，寇敗退。學啟以寇壘既多且固，不得前；而城東南寶帶橋為太湖鎖鑰，寇立石營一、土營三，悉力拒守，遂謀先破之以挫其勢。乃分水陸軍為三路，先破土營，寇棄壘走，石營亦旋潰。秀成親率援師抵禦，學啟督軍卻之。我軍攻無錫賊，敗之芙蓉山。偽潮王黃子隆出拒，再敗走，刃及其肩，幾成擒；郭松林追及城下，破平西北兩城壘，燒寇船百餘艘。
蔣益澧既克富陽，移師杭州，康國器趨餘杭。偽歸王鄧光明、偽聽王陳炳文、偽享王劉酋及偽朝將汪海洋，於附城要隘築壘樹棚，自前倉橋、女兒橋、老人畈、東塘、西谿埠、觀音橋、三墩，直至武林門、北新關，橫至古蕩，連營四十餘里，以拒我軍。海洋自杭州上援餘杭，為我軍擊敗。寇旋由前倉渡河，結壘西葛村，我軍再擊走之。我軍攻杭州江干十里街，破街口寇壘。我水陸軍大舉攻青陽。初，黃文金在都昌、湖口等處戰敗而東，遂略地池州，直薄青陽城外，近城半里，環築六十六壘；又數里，築七十餘壘。曾國藩調水陸軍進攻，江忠義督所部渡河，從山後緣巖而上，驟攻寇壘。寇糾眾抄我軍後路，忠義揮眾蕩決，寇敗若潮湧，平一百三十餘壘，殄萬餘，寇遁歸石埭一帶，城圍立解。
李侍賢、林紹璋等合股內犯，由無錫南門至坊前梅邨三十里；高橋大股亦分眾七八千人擾至西高山，出芙蓉山後；城寇出北門犯塘頭東亭。官軍分路迎剿，設伏誘擊，寇大亂，敗走，陸寇殲誅殆盡，奪寇船六十餘、民船五百餘。秀成自蘇州率偽納王郜雲官、偽來王陸順德、偽趨王黃章桂、偽祥王黃隆芸、偽紀王黃金愛來援，進逼大橋角營。夷酋白齊文以輪船大砲為寇前驅，李鶴章以連珠噴筒破之。寇水陸皆敗，斃萬餘。別股犯緱山，亦敗走。秀成子及宿祥玉、黃隆芸皆溺死，秀成頓足大哭。程學啟再敗寇於齊、婁、葑三門，追至護城河邊始斂軍。
九月，杭州城寇大出，由蠻頭山、鳳凰山、九耀山、雷峯塔犯我軍新壘，蔣益澧督諸軍迎擊，大破之。我軍進壁天馬山、南屏山、翁家山。時杭寇凶狡者，以鄧光明、汪海洋為最，陳炳文次之。其計以杭州為老巢，以餘杭為犄角，均賴嘉興、湖州之援，便資其接濟。嘉興入杭之路，則在餘杭，故我軍議先克餘杭，扼截嘉、湖之路，以並合圍。蔣益澧一軍逼紥鳳山、清波各門，扼其西面；餘杭一城已圍其東南，而北路無重兵，兩城之寇往來如故。
寇自大橋角戰敗，勢漸蹙。秀成糾無錫、溧陽、宜興賊八九萬、船千餘艘，泊運河口；而自率悍黨踞金匱縣后宅，連營互進。李鶴章謂寇以河為固，不宜浪戰，宜結營制之。我軍疊敗坊前、梅村、安鎮、鴻山之寇，而寇之大股全集西路，志在保無錫以援蘇州。郎中潘增瑋進攻蠡口、黃埭之策，程學啟乃與戈登攻破蠡口，進擊黃埭，毀其四壘，擒斬偽天將萬國鎮。五龍橋者在寶帶橋西五里，由澹臺湖鯰魚口達太湖以通浙之要隘也。學啟率戈登會水師先後破寇六營。於是我軍紥永安橋而婁門路斷，紥寶帶橋而葑門路斷，克五龍橋而盤門、太湖之路又斷。寇乃句結浙黨，圖撲吳江，以擾我後。學啟率水陸軍擊破嘉、湖援寇，擒斬偽貴王陳得勝及悍黨四十餘，追至平望，斷其橋。從此攻蘇之軍無牽掣之患。
偽平東王何明亮等以劉典屯績溪，不克上犯徽、歙，遂由寧國千秋關竄浙江，陷昌化，擾於潛。其前竄廣德者，復折踞孝豐。劉典遣軍出績溪昱嶺關援剿。江寧軍自攻克江東橋、上方橋，而城東數隘未下。近城者曰中和橋，曰雙橋，曰七橋甕，稍遠者曰方山、土山，曰上方門、高橋門，迤南則為秣陵，以至博望鎮，皆金陵外輔也。國荃以東路未平，不能制寇死命，令諸軍東渡。提督蕭衍慶過河破五壘，城寇出爭，擊退之，遂克上方門、高橋門、雙橋門。右路方山、土山之寇亦棄壘而奔。七橋甕踞寇倉皇欲遁，而城中忽出大股來援，兩軍相搏，總兵蕭孚泗乘夜縱火，寇冒火突出，遂克七橋甕。其博望鎮，總兵朱南桂已先五日襲取之。博望鎮既失，則秣陵關之勢孤；七橋甕既失，則中和橋之勢孤。總兵伍維壽等南略秣陵關，寇棄壘奔潰。自是鍾山西南無一寇巢。
偽奉王古隆賢詣朱品隆降，收復石埭、太平、景德三城，徽州肅清。餘寇竄踞寧國、廣德、孝豐之間，勢甚渙散。宗棠飭劉典由昌化、於潛趨臨安，進剿孝豐，為規取湖州之地。十月，易開俊克寧國縣城。自是東壩黎立新上書請為內應，建平張勝祿上書請獻城池。鮑超等遂合趨東壩，繞壘環攻。楊輔清從亂軍中逸出，寇立獻偽城。東壩既克，建平張勝祿等即於是日斬偽跟王藍仁得，舉城降，而溧水寇楊英清亦繳械降，遂收二城。國荃克淳化鎮、解谿、龍都、湖墅、三岔鎮等隘，燬寇壘二十餘。江寧城東南百里內寇巢略盡。
蘇州軍自黃埭攻滸墅關，破王瓜涇、觀音廟寇壘，直抵滸墅，擊走偽來王陸順德，進毀十里亭。虎丘、楓橋寇皆遁。躡至閶門，寇大恐。李鶴章敗寇無錫鴨城橋，破西倉寇壘，直抵茅塘橋。李侍賢調常州陳坤書來援，城寇黃子澄出迎，我軍縱擊敗之。秀成聞滸關已失，退屯北望亭，謀返蘇州老巢。坤書還走常州，侍賢遁宜興、溧陽，我軍乘之，下寇壘百餘。鴻章督軍攻婁門寇。蘇州四年自我軍連克要隘，乃於胥、葑、婁等門憑河築壘數十，婁門外石壘尤堅。至是我軍由南北岸而進，秀成等突出婁門拒戰，程學啟與常勝軍分隊以應，援寇遁入城。水師會攻婁葑門外寇壘二十餘皆下。我軍連克齊盤門各壘，三面薄城，寇眾恟懼，而秀成及譚紹光猶圖固守，他酋郜雲官等皆有貳心，密請於鴻章乞反正，許之。學啟、戈登單舸見雲官等，命斬秀成、紹光以獻；而雲官不忍殺秀成，許圖紹光。秀成覺之，涕泗握紹光手為別，乘夜率萬人自胥門出走嘉善。郜雲官殺譚紹光，率偽比王伍貴文，偽康王汪安均，偽寧王周文佳，偽天將范起發、張大洲、汪瓌武、汪有為，開齊化門迎降，鴻章受之。雲官等未薙髮，要總兵、副將等官，並請自領其眾屯守盤、齊、胥、閶四門。程學啟慮其不可制，密請於鴻章誅之，立復蘇省。
秀成以輪船炸砲越無錫水師北竄。十一月，李鶴章克同城無錫、金匱，追擒黃子隆與子德懋並誅之。劉秉璋等攻浙西，平湖寇陳殿選獻城乞降。連日乍浦賊熊建勳、海鹽𣹂浦賊皆反正。十二月，秀成留蘇州敗黨分布丹陽、句容間，自率數百騎潛入江寧太平門，苦勸秀全棄城同走。秀全侈然高座曰：「我奉天父、天兄命，令為天下萬國獨立真主，天兵眾多，何懼之有？」秀成又曰：「糧道已絕，饑死可立待也！」秀全曰：「食天生甜露，自能救饑。」甜露，雜草也。秀成以秀全戀老巢不肯去，非口舌所能爭，乃貽書溧陽約李侍賢，銳意走江西。
初，寇自咸豐十年破江寧長圍，迭陷蘇、常、嘉、湖，上竄江西、湖北，擄脅潰兵、游匪以百萬計，盡得東南財賦之區，日以強大。自去歲屢戰屢敗，各城精銳散亡不下十萬。今年春夏間竄皖北，我軍截殺解散又十數萬。其自九洑洲過江，僅存四五萬人。秀全驚惶失措，賴秀成回江寧主持守局；而秀成以蘇州為分地，事急回援。今巢穴已失，黨羽又孤，踉蹌而走，隨行僅兩萬餘人，欲赴金陵，解圍無術。力勸秀全突圍上竄回粵，以圖再舉。常州陳坤書、溧陽李侍賢皆聽秀成為進止，而杭州陳炳文係安徽人，鄧光明湖南人，聞秀成有回粵之謀，皆不願從，秀全亦屢勸不聽。
國荃自四月間掘地道，至是始成，而寇附城築牆號「月圍」，下穿橫洞以防隧道。故城崩，而猶阻月圍橫洞不能克。劉銘傳進攻常州西路，奔牛踞寇邵志倫，羅墅灣踞寇夏登山、萬錫階，石橋灣踞寇張邦振皆詣我軍乞降，收眾萬六千人。惟孟河賊尚踞汛城，輒出犯降人壘，銘傳一鼓下之。潘鼎新克嶼城，李鴻章等破常州東門、南門石壘。明日，張樹聲傍城東北築壘，破小門、土門。連日嘉興、桐鄉、石門寇犯嶼城，海寧寇犯澉浦、海鹽，偽章王林紹璋自句容援常州，均為我軍擊走。
程學啟克平望鎮。平望東連嘉興，西接湖州，南通杭郡，為蘇、浙樞紐，浙寇精銳多聚守此，今被我軍攻克，嘉興藩籬已失，踞寇奪氣。寇犯鎮江甘棠橋張文德壘，馮子材等助擊破之，斬李秀成養子偽岡天義黃酋。十二月，偽會王蔡元隆獻城降，左宗棠受之，改名元吉。海寧瀕海，為杭州東北屏蔽。元吉擁眾，致攻杭之師未能合圍；今幡然附款，杭州之勢益孤，東北兩面圍漸合。嘉興賊偽榮王廖發受呈降書，程學啟慮有狡謀，誡軍嚴備。杭州踞寇偽聽王陳炳文遣人詣降，而無降書，宗棠趣蔣益澧攻城益急。
秀成會李侍賢犯江西，既以溧陽至饒州浮梁數百里處處乏食，慮裹糧疾趨為難；因趣侍賢持二十日糧，道長興、廣德、寧國入江西，先踞腴區待己。於是侍賢遣黨西竄，行甚疾。曾國藩遣軍屯休寧，沈寶楨遣軍屯婺源、玉山拒之。四月，川督駱秉璋破賊天全，生擒偽翼王石達開，磔於市。自洪秀全倡亂，封五偽王：馮雲山、蕭朝貴皆敗死，楊秀清、韋昌輝自相賊殺，石達開避禍出奔，自樹一幟，歷犯浙江、福建、兩湖、兩廣諸省，並擾及滇、黔，蓄意入川，以圖竊據，至是為川軍擒戮。凡偽五王前後皆誅滅矣。
三年正月，蔣益澧飭降人蔡元吉襲桐鄉不下。桐鄉為杭、嘉要道，益澧遣將分屯東北門，偽朝將何培章來降，遂收桐鄉，令培章率降眾屯烏鎮、雙橋，阻杭、嘉道，絕寇糧。湖、杭寇皆來爭，擊走之。我軍進屯嘉興，聯絡蘇師，規復郡城。廣德、寧國寇竄犯浙江昌化，副將劉明珍不知寇眾寡，進擊，創矛，退扼河橋。寇尋分黨：一竄徽州績溪，一竄淳安，謀渡威坪河進窺遂安。時侍賢上犯，冀衝過徽州，就食江西。其大勢趨重遂安，擾及開化馬金街，其地與休寧、婺源、常山、玉山接壤。王開琳自徽州進遂安，連破寇於中州昏口。黃少春馳入縣城，敗寇遂安城北，蹙入郭邨，殲之。寇後隊仍由章邨竄昏口，少春擊破之新橋，開琳復繞出昏口敗之。其竄往開化華埠僅千餘。
侍賢句合黃文金及廣德餘黨由寧國上竄，陷績溪，退踞雄路、孔靈等處，圖撲徽州。唐義訓自徽州出紮吳山鋪，敗之，毀雄路寇館。援寇至，我軍奮擊，再破之，縣城立復。鴻章派郭松林、戈登等攻宜興、荊溪，寇開城出拒，槍子傷松林右肘。我軍屯三里橋，與常勝軍會擊，偽代王黃精忠由溧陽來援，拚死相撲，我軍屹立不動，以洋槍排擊之，寇死傷相繼，無退志。我軍三路包抄，寇始奪路狂奔，城寇勢益不支，開西門而逸，遂復兩縣城。是城瀕太湖西岸，當江、浙衝道，為常郡後路。自是常郡寇益蹙，蘇州、無錫之防益固。
戈登進圍溧陽。溧陽為李侍賢老巢，又江寧後路要隘。常州、金壇在其北，句容、丹陽值其西，長興、廣德當其南，面面寇巢，前與鮑超東壩、溧水之師相隔絕，後距李鴻章常州軍亦稍遠。孤軍深入，李鴻章戒戈登慎進止。尋溧陽酋吳人杰降，戈登復其城。郭松林等進攻金壇，敗偽列王古宗成、偽襄王劉官方於楊巷。是時常州陳坤書合丹陽、句容之寇十餘萬，由西路繞出常州之北，日犯我軍，李鶴章督軍擊敗之。寇以我軍城圍日緊，分犯江陰、常熟、無錫，以圖分我兵勢。李鶴章撤圍師，堅守勿戰，別調軍援三縣。李鶴章等尋解無錫城圍。江陰守將駱秉忠與楊鼎勳等內外夾攻，寇亦敗走；乃並趨常熟，北自楊舍、福山，南自顏山、王莊，數十里皆寇。黃翼升會同城軍夾擊，克王莊、顏山、陳市寇壘，追殺二十餘里。寇由大河回撲常熟，水師截之，首尾不能相顧，掩殺無算。常熟之圍立解。
初，秀成入江寧說秀全出走，不聽，秀成憂糧食不繼，遣黨百計偷運。國荃約楊岳斌水陸巡邏，遇奸民運米入城，輒奪之。秀成遣養子李士貴率黨數千出太平門赴句容接糧入城，伏兵要之，寇棄糧走。國荃銳意合圍，江寧城延亙百餘里，自我軍駐師雨花臺，奪取附近諸隘，東、西、南三面為官軍所據，惟鍾山石壘未克，城北兩門尚未合圍。秀成自將出鍾山南，攻朱洪章營，敗退登山。沈鴻賓等挾火毬箭擲壘中，寇突火跳，遂克鍾山石壘，寇所署偽天保城者也。國荃分檄諸將屯太平門、洪山、北固山，塞神策門，餘玄武湖阻水為圍。於是江寧四面成包舉之勢，寇援及糧路皆絕。
二月，寇以運糧路絕，日驅婦孺出城以謀節食。城西北多園圃，豫種麥濟饑。初，程學啟進攻嘉興，破小西門、北門寇營，殲除淨盡，擒偽天將劉得福、慕天義賈慕仁。而湖州寇屢竄南木、壇丘、四亭子、新塍，思犯盛澤、平望，以圖嘉興，不得逞；又犯盛澤，圍王江涇後路營，亦為我軍所敗，而城守甚固，我軍多傷亡；又遇雨不能進攻，學啟急思復嘉興，分門攻擊，增築月牆，寇拚死抗拒；又以地雷巨砲轟蹋城垣百餘丈，擊毀砲臺，賊爭負土填城缺。湖州賊又自新塍來援，學啟會軍猛攻，肉薄登城，丸創其首，部將大憤，縱橫刺射，寇眾潰，遂克嘉興。偽榮王廖發受、偽挺王劉得功皆伏誅。援寇黃文金還湖州。
寇之分竄江西者，疊經我軍截殺，闌入金溪。道員席寶田由安仁馳擊，復其縣城。寇由瀘溪趨建昌，寶田會軍敗之，寇蔓延於新城、南豐。提督黃仁翼進攻新城，克之，餘竄入福建建寧縣境。南豐之寇亦經寶田擊敗，斬偽天侯張在朋，寇棄壘狂奔，退至城下，合圍攻之。
蔣益澧克杭州，康國器等同日收餘杭，寇分竄德清、武康等處。宗棠飭軍分路進取。三月，羅大春等各率所部撲壘環攻，降人楊芸桂開門迎納官軍。援賊回鬥，砲擊之，敗走。德清寇鏖戰四時亦大敗。武康、德清皆復。我軍進逼石門，踞寇鄧光明降。其圖竄孝義之寇，亦截殺無算。鮑超等會克句容，偽漢王項大英、偽列王方成宗皆伏誅。偽守王方海宗遁金壇寶堰，寶堰南距金壇城四十五里，北達丹陽。方海宗與偽顯王袁得厚合謀阻進兵之路，鮑超攻之，閉壘不出；乃負草填壕，一躍而入，寇向金壇、丹陽遁去。
鮑超進攻金壇，設伏茅山，大敗追寇，城寇喪膽，啟南門遁走，遂復其城。敗寇二三千，屯踞南渡，偽植王林得英約會常州西路孟河、呂城諸寇，欲由金壇歸併廣德，同踞南渡。鴻章檄道員吳毓芬等會水陸軍分三路夜襲其巢，陣斬林得英及秫天安黃有才等，殄寇殆盡。其攻丹陽者，為鎮江、揚州防軍，援寇一由常州運河，一由江陰孟河大至，詹啟綸、張文德會擊敗之，援寇退屯丹陽東北一帶。丹陽一城多聚巨酋，偽然王陳時永為陳玉成叔父，偽來王賴桂芳為洪秀全妻弟。因其內鬨，我軍乘之，陳時永創仆，斬之。其黨自縛賴桂芳及偽廣王李愷瞬、偽列王金友順、偽梁王淩郭鈞、偽鄒王周林保，並偽義安福、燕、豫諸目，獻軍前乞降，皆駢誅，遂克其城。至是常州、鎮江各屬俱告肅清。
寇自德清、武康、石門克後，李侍賢及偽聽王陳炳文、偽康王汪海洋等仍堅踞湖州。是時浙江惟湖州、長興、安吉三城未下，湖州寇於附城二三十里修築堅壘，復於長興、安吉各隘連營數十里，相為犄角。高連陞擊之於湖州境，寇分竄昌化、分水，防軍劉明珍截斬數百。李侍賢繞越老竺嶺，竄皖南績溪，復間道走歙西，竄屯溪；陳炳文、汪海洋由歙北竄浙境，分犯淳化、遂安。遂安防軍截擊歙南小川，竄寇敗還楊邨。唐義訓等進剿失利，於是嶺內遍地皆寇，徽、休、祁、黟岌岌難保。寇前隊由龍灣、婺源竄江西，後之續至者絡繹不絕。國藩調石埭、青陽防軍入嶺援徽，檄鮑超率全軍援江西。
陳坤書之踞常州四年矣，自蘇軍力攻，以炸砲毀城，寇死守，取舊棺敗船堵城缺，以槍砲拒我軍。時城西寇壘二十里夾河環列，劉銘傳等攻破十四壘，餘壘皆不戰而潰，而河干寇壘二十餘又為張樹聲等所破，於是寇西道皆絕，惟小南門、西門附城十餘壘，我軍復擊平之。陳坤書塞門不納敗黨，恐官軍奪入，悍賊皆死城下。城圍既合，築長牆，伏奇兵，備大舉，水陸軍發砲轟城，風煙迷漫，寇如墜霧中。俄，城壞數十丈，寇以人塞缺口，炸丸迸裂，人與磚石齊起天際，然旋散旋集，蓋蘇省各路敗寇，積年麇聚於此，猶圖萬死一生計也。鴻章益揮軍迫登，我軍偕籐牌噴筒直前，寇傾火藥，以長矛格刺，軍士十墜六七。龔生陽突入，擒陳坤書，周盛波擒偽列王費天將，戰城上良久，寇大潰，縋城出者復為我軍所殲，我軍亦死亡千數百人。常州之失以咸豐十年四月初六日，越四年而復，日月皆不爽，亦一奇也。陳坤書淩遲處死，梟示東門。
時常州敗寇竄徽州，我軍擊破之。餘竄江西，圍玉山，副將劉明珍等陣斬珊天安等，斃寇二千。李侍賢越金谿犯撫州河東灣，猛攻東門，為我軍擊退。忽突起攻橋，環呼城中內應，冀亂我軍，劉于淳砲斃多名，餘遁金溪，城圍立解。偽列王林彩新竄江西弋陽，我軍追抵湖西，揮軍抄擊，寇敗竄黃沙港。對岸楊家坡寇黨從上游渡寇千餘來援，諸軍沿河截擊，鏖戰逾時，寇始蹙，多落水死。
侍賢等先後由浙犯徽，由徽入江西。江陰楊舍及常州城外之寇，由丹陽、湖州上竄徽南，其酋為林彩新及偽麟王朱某、偽爵潘忠義等，從昌化進老竹嶺，闌入歙境。唐義訓伏兵鍾塘嶺後，以五營進，遇寇大戰，伏起，殲其前鋒。時金國琛等行抵富陽，隔河而屯，寇眾列山岡上下，我軍俟寇涉水將半，突出奮擊；唐義訓尾而至，夾擊之，寇不支，遁向黃山小路。我軍馳抵五弓橋，再敗寇，因循河埋伏兵。寇正渡時，伏突起，寇大驚亂，生擒林彩新等十名，陣斬潘忠義等十四酋，死亡者二萬餘人。
是月，洪秀全以金陵危急，服毒死。群酋用上帝教殮法，綉緞裹屍，無棺槨，瘞偽宮內，秘不發喪。其子年十六，襲偽位。秀全生時即號其子為幼主，或曰本名天貴福。其刻印稱洪福，旁列「真王」二文，誤合為「瑱」，其稱洪福瑱以此。然諦觀印文，實「真主」二小字，非真王也。
時湖州寇方竄湖濱楊漊大錢口，潘鼎新分軍屯南潯，而寇恃長興為聲援。長興在湖州西，毗連宜興、溧陽及廣德州。宗棠貽書鴻章，移嘉興之師助攻長興。鴻章遣諸軍分道往取，水師入夾浦口。五月，鼎新進紥吳漊，水師破平夾浦石壘。鼎新連破吳漊、殷瀆邨，毀其卡壘。郭松林毀長興城東上莘橋、跨塘橋寇壘。湖州、廣德、四安寇率數萬分路來援，依山築壘，綿亙林谷。松林等擊湖州援寇，劉士奇擊廣德、四安援寇，寇壘悉平毀，殲溺萬餘人。而湖北廣德寇復添撥大股折回，我軍乘賊眾喘息未定，合力痛剿，追殺二十餘里，寇乃遠遁。我軍乘夜攻城，以炸砲轟塌城垣十餘丈，松林等首先衝入，遂復長興縣城。
江西貴溪盛源洞等處寇分踞小巷一帶，築壘修卡，我軍飭砲船馳赴黃土墩，以槍砲擊之，寇倉皇敗竄，水陸諸軍撲卡而入，擒斬多名，寇大潰。貴溪寇壘一律肅清。浙軍進規湖州，攻復孝豐縣城，生擒偽感王陳榮，斃千餘。是月偽扶王陳得才等合捻竄擾孝感、雲夢等縣。
上以江寧垂克，而河南捻犯麻城、皖城，深入江西，恐掣全局，趣國荃迅取金陵。國荃進攻鍾山龍脖子，寇所稱地保城也。我軍自得偽天保城後，城寇防守益嚴。是城扼建要害，尋為李祥和所破。國荃築砲臺其上，日發巨砲轟擊，居高臨下，全城形勢皆在掌中。六月十六日，國荃飭諸軍發太平門地雷，塌城垣二十餘丈，前敵總兵李臣典、朱洪章等九人先登，諸將分門合力，攻克江寧省城，獲偽玉璽二方、金印一方。是夜，寇自焚偽天王府，秀成攜秀全幼子從城垣倒口遁去，並以己馬與之乘以行。國荃令閉門封缺口，搜殺三日，斃寇十餘萬，凡偽王以下大小酋目約三千餘。最後城西北隅清涼山伏寇數千出與官軍死戰，卒殲之。其偽天王府婦女多自縊，及溺城河而死。國荃派馬隊追至淳化鎮，生擒偽列王李萬才。其自城破後逸出者，洪秀全之兄偽巨王、偽幼西王、偽幼南王、偽定王、偽崇王、偽璋王悉為馬隊殺斃。蕭孚泗搜獲李秀成及洪仁發、洪仁達於江寧天印山，搜掘洪秀全屍於偽宮，戮而焚之。國藩親訊秀成等，供讞成，駢誅於市。
七月，鮑超連克東鄉、金谿，楊岳斌等連克崇仁、宜黃，潘鼎新會克湖州，楊昌濬等克安吉，斬偽駙馬列王徐朗。寇併竄廣德、長興，守軍吳毓芬克四安鎮，劉銘傳克廣德。初，秀全幼子自江寧出亡，悍黨衛至州城；至是城克，偽昭王黃文英等挾之走寧國。八月，唐義訓等敗湖州餘寇於歙縣，殲酋目偽幼孝王等九人。連日劉光明等大破寇於昌化、淳安，偽堵王黃文金、偽偕王譚體元伏誅。李遠繼挾秀全幼子奔江西廣信，於是浙江平。
初，秀全幼子及黃、李諸酋由寧國趨昌化之白牛橋，譚酋及偽樂王之子莫桂先、偽首王范汝增等由寧國趨淳安威坪，約同竄徽境，眾尚十數萬。劉光明擊白牛橋寇，黃酋中砲死，弟文英代領其眾，踉蹌西奔。黃少春斬譚體元於洪橋，併誅莫桂先等酋百五十餘人。劉明珍率所部由淳化上趨，值黃文英、李遠繼來犯，明珍偕魏喻義等分兵禦之，創黃文英於陣。李遠繼挾秀全幼子遁至徽、歙之交。寇由建口渡河，我軍乘其半濟擊之，大潰，斬偽列王邱國文等，收降卒六千餘。餘黨向績溪而逸。其已度建口者，竄至遂安，黃少春等復擊走之。偽列王劉得義、蕭雅泗等率二萬人投誠。洪氏勢益孤，乃由遂安昏口遁走開化，竄入江西。
九月，鮑超擊偽康王汪海洋於寧郡，大破之，擒斬偽朝將王金瑞等百二十餘人。席寶田追剿湖州逃寇，大殲於廣昌白水嶺，擒偽干王洪仁玕、偽卹王洪仁政及偽昭王黃文英，皆伏誅。沈葆楨克雩都、會昌，練勇克瑞金。寶田追寇於石城，游擊周家良搜獲秀全幼子於黃谷，檻致南昌省城，誅之。各路官軍截剿餘寇殆盡，於是洪氏遂滅。
論曰：秀全以匹夫倡革命，改元易服，建號定都，立國逾十餘年，用兵至十餘省，南北交爭，隱然敵國。當時竭天下之力，始克平之，而元氣遂已傷矣。中國危亡，實兆於此。成則王，敗則寇，故不必以一時之是非論定焉。唯初起必託言上帝，設會傳教，假「天父」之號，應「紅羊」之讖，名不正則言不順，世多疑之；而攻城略地，殺戮太過，又嚴種族之見，人心不屬。此其所以敗歟？
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