譙王尚之、齊王柔之並死之。以右將軍吳隱之為都 督交廣二州諸軍事、廣州刺史。三月己巳，劉牢之叛 降於桓元。辛未，王師敗績於新亭。驃騎大將軍、會稽 王世子元顯，東海王彥章，冠軍將軍毛泰，游擊將軍 毛邃並遇害。壬申，桓元自為侍中、丞相、錄尚書事。以 桓謙為尚書僕射，遷太傅會稽王道子於安城。元俄 又自稱太尉、揚州牧，總百揆。以琅邪王德文為太宰。 臨海太守辛景擊孫恩，斬之。是月，禿髮利鹿孤死，弟 傉檀嗣偽位。秋七月乙亥，新蔡王崇為其奴所害。八 月庚子，尚書下舍災。冬十月，冀州刺史劉軌叛奔於 慕容德。十二月庚申，會稽王道子為桓元所害。「曲赦 廣陵、彭城大逆」以下。
二年春二月辛丑，建威將軍劉裕破徐道覆於東陽。 乙卯，桓元自稱大將軍。丁巳，冀州刺史孫無終為桓 元所害。夏四月癸巳朔，日有蝕之。秋八月，元又自號 「相國、楚王。」九月，南陽太守庾仄起義兵，為元所敗。冬 十一月壬午，元遷帝於永安宮。癸未，移太廟神主於 琅邪國。十二月壬辰，元篡位，以帝為平固王。辛亥，帝 蒙塵於尋陽。
三年春二月，帝在尋陽。庚寅夜，濤水入石頭，漂殺人 戶。乙卯，建武將軍劉裕帥沛國劉毅、東海何無忌等 舉義兵。景辰，斬桓元所署徐州刺史桓修於京口，青 州刺史桓弘於廣陵。丁巳，義師濟江。三月戊午，劉裕 斬元將吳甫之於江乘，斬皇甫敷於羅落。己未，元眾 潰而逃。庚申，劉裕置留臺，具百官。壬戌，桓元司徒王 謐推劉裕行鎮軍將軍、徐州刺史、都督揚徐兗豫青 冀幽并八州諸軍事、假節。劉裕以謐領揚州刺史、錄 尚書事。辛酉，劉裕誅尚書左僕射王愉，愉子荊州刺 史緩、司州刺史溫詳。辛未，桓元逼帝西上。景戌，密詔 以「幽逼於元，萬機虛曠，令武陵王遵依舊典承制，總 百官行事，加侍中，餘如故。并大赦。謀反大逆已下，惟 桓元一祖之後不宥。」夏四月己丑，大將軍、武陵王遵 稱制，總萬機。庚寅，帝至江陵。庚戌，輔國將軍何無忌、 振武將軍劉道規及桓元將庾稚、何澹之戰於湓口， 大破之。元復逼帝東下。五月癸酉，冠軍將軍劉毅及 桓元戰於崢嶸洲，又破之。己卯，帝復幸江陵。辛巳，荊 州別駕王康產、南郡太守王騰之奉帝居於南郡。壬 午，督護馮遷斬桓元於貊盤洲，乘輿反正於江陵。甲 申，詔曰：「姦兇篡逆，自古有之。朕不能式遏杜漸，以致 播越。賴鎮軍將軍裕英略奮發，忠勇絕世。冠軍將軍 毅等誠心宿著，協同嘉謀，義聲既振，士庶效節，社稷 載安，四海齊慶。其大赦，凡諸畏逼事屈逆命者，一無 所問。」戊寅，奉神主入於太廟。閏月己丑，桓元故將揚 武將軍桓振陷江陵，劉毅、何無忌退守尋陽，帝復蒙 塵於賊營。六月，益州刺史毛璩討偽梁州刺史桓希， 斬之。秋七月戊申，永安皇后何氏崩。八月癸酉，祔葬 穆帝、章皇后於永平陵。九月，前給事中刁騁、祕書丞 王邁之謀反，伏誅。冬十月，盧循寇廣州，刺史吳隱之 為循所敗，執始興相《阮腆》之而還。慕容德死，兄子超 嗣偽位。
義熙元年春正月，帝在江陵，南陽太守魯宗之起義 兵，襲破襄陽。己丑，劉毅次於馬頭，桓振以帝屯於江 津。辛卯，宗之破振將溫楷於柞溪，進次紀南，為振所 敗。振武將軍劉道規擊桓謙，走之。乘輿反正，帝與琅 邪王幸道規舟。戊戌，詔曰：「朕以寡德，夙纂洪緒，不能 緝熙遐邇，式遏姦宄。逆臣桓元，乘釁肆亂，乃誣罔天 人，篡據極位。朕躬播越，淪胥荒裔，宣皇之基，眇焉以 墜。賴鎮軍將軍裕，忠武英斷，誠冠終古，運謀機始，貞 賢協其契；抆淚誓眾，義士感其心。」故霜戈一揮，巨猾 奔迸，三率稜威，大憝授首。而孽振猖狂，嗣凶荊郢。幸 天祚社稷，義旗載捷，狡徒沮潰，朕獲反正。「斯實宗廟 之靈，勤王之勳，豈朕一人，獨享伊祜。思與億兆，幸茲 更始。其大赦改元，唯元振一祖及同黨不在原例。」賜 百官爵二級，鰥寡孤獨穀人五斛，大酺五日。二月丁 巳，留臺備乘輿法駕，迎帝於江陵。弘農太守戴寧之、 建威主簿徐惠子等謀反，伏誅。平西參軍譙縱害平 西將軍、益州刺史毛璩，以蜀叛。三月，桓振復襲江陵， 荊州刺史司馬休之奔於襄陽。建威將軍劉懷肅討 振，斬之。帝至自江陵。乙未，百官詣闕請罪。詔曰：「此非 諸卿之過，其還率職。」戊戌，舉章皇后哀三日，臨於西 堂。劉裕及何無忌等抗表遜位，不許。庚子，以琅邪王 德文為大司馬，武陵王遵為太保，加鎮軍將軍劉裕 為侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事。甲辰，詔曰：「自頃 國難之後，人物彫殘，常所供奉，猶不改舊，豈所以視 人如傷，禹、湯歸過之誠哉？可籌量減省。」夏四月，劉裕 旋鎮京口。戊辰，餞於東堂。五月癸未，禁絹扇及樗蒲。 游擊將軍、章武王秀、益州刺史司馬軌之謀反，伏誅。 桓元故將桓亮、苻宏、刁預寇湘州，守將擊走之。秋八 月甲子，封臨川王子脩之為會稽王。冬十一月，乞伏 乾歸伐仇池，仇池公楊盛大破之。是歲，涼武昭王元 盛遣使奉表稱藩
