統領施州、瞿塘、忠州、長寧、遠安、夷陵、枝江諸衛所。鄖、襄駐劄鄖陽府。帶管襄陽一府鎮筸，巡視洞庭湖。駐劄岳州公館。此上俱舊設三江口。萬曆二年添設，駐劄本處
把總一員。
舊有新店一員，萬曆十年革。大團山，萬曆四年添設，駐劄本處金鋪觀哨守。長沙、岳州二衛，官軍悉聽節制。
廣東鎮守一員。
總兵官舊為征蠻將軍、兩廣總兵官。嘉靖四十五年分設，駐劄潮州府，管轄全省軍務。
「協守」一員。
潮漳副總兵，萬曆三年添設，駐劄南澳。所屬福建南路參將、遊兵把總，廣東柘林守備、潮州參將，及潮、漳二府沿海衛所。
《分守》七員：
潮州參將，舊設，萬曆八年革。十二年復設，駐潮州府，統轄潮海等處。瓊崖參將，嘉靖十九年「添設瓊州參將，兼管雷、廉。隆慶六年改設，駐劄瓊州府。崖陵所屬白沙寨把總，撫黎防寇。」 雷廉參將，隆慶六年添設，駐劄雷州府所屬白鴿寨把總所，統自廣海以西，直抵交南。東山參將，舊為高州參將，又為高、肇、韶廣參將，萬曆四年改設，五年又改駐富霖所領兵三千名，內分一枝，戍守南鄉西山參將，舊肇慶韶廣參將，又為遊擊，萬曆四年改設，五年又改駐函口所領兵三千，內分一枝，戍守封門督理廣州海防參將，舊為廣州惠潮海防，萬曆三年改設，駐劄東莞。南頭所，統廣海以東，直抵福建。惠州參將，隆慶六年添設。駐劄海豐縣。所屬碣石寨把總。萬曆二年、令移駐新田
練兵遊擊將軍一員。
萬曆四年添設，駐劄肇慶地方。專在總督軍門標下。
守備五員。
南韶嘉靖四十二年添設，駐劄英德縣，聽南贛參將節制。羅定舊設，萬曆五年移駐羅定州。恩平隆慶六年添設，駐劄本縣。柘林嘉靖四十五年添設。廣海隆慶六年添設，駐劄本衛。
坐營中軍官二員：
兩廣軍門，隆慶六年、添設總兵標下。隆慶六年設把總。萬曆八年改為坐營。并管領把總所練標兵
把總四員。
瓊州白沙寨，嘉靖四十五年，添設白鴿門水寨，嘉靖四十五年，添設碣石水寨，嘉靖四十五年，添設北津水寨，隆慶六年，設西路巡海參將。萬曆四年，改為「陽電海防。」 八年，改設。
南直隸提督一員。
狼山副總兵嘉靖三十七年添設，駐劄通州。水路自瓜儀周家橋掘港直抵廟溪、雲梯關；陸路自通太、淮、揚、天長直抵鳳、泗。各參將、守備、把總等官悉聽節制。
鎮守一員。
江南副總兵，舊係總兵官，駐劄福山港，復移駐鎮江，後復駐鎮江、儀真兩處。嘉靖八年裁革。十九年仍設。二十九年仍革。三十二年，又設為副總兵官，駐金山衛。四十三年，改駐吳淞，專管江南水陸兵務。
《分守》二員。
徐州參將，隆慶四年，自睢陳參將改所轄徐州、武平、曹、濮、睢、陳等處地方兵，分為二營，徐州一營，宿州一營，歸德一營。《糧運行》駐徐州，以保運道。《冰合》駐宿州，以防陸路。春駐歸德，以防竊發。金山參將，舊以蘇松參將駐金山，防禦沿海柘林、青村、南匯、川沙一帶。後改遊擊。萬曆二年改設，以劉家河參將移駐。
遊擊將軍一員：
劉家河舊係參將，駐金山。萬曆二年改設，以金山遊擊移駐崇明。
守備六員。
儀真，駐劄儀真江口，專管江北備倭捕盜事務。安慶二員俱舊設，駐劄雷港。鹽城，舊係參將，嘉靖四十三年改設，無事駐劄邳州，有事防守。鹽城、泗州，嘉靖三十七年添設，萬曆二年，令專一防護陵寢。掘港，舊係把總，嘉靖三十六年改設。楊舍，舊設革，萬曆十三年復設，哨守海口。
「鳳陽軍門」中軍官一員：
嘉靖四十年添設。駐劄淮安。
把總十三員。
川沙堡，嘉靖三十九年添「設。撥金山衛千戶一員防守柘林堡，嘉靖三十九年添設，撥金山衛千戶一員防守劉家河」 ，嘉靖三十二年添設。吳淞江嘉
