春正月
编辑1月1日
编辑○朔庚子，始颁百官禄。乱后国用罄竭，不得颁禄，只给月料，至是有是命。户曹启曰：“全给小米，〈天朝运饷米也。〉则非久先乏，请以京仓所储大米，从略参给。”从之。
○以金尚宪为吏曹佐郞。尚宪刚方寡合，为汝谆辈所挤，久滞常调，至是拜是职。
○以具思孟为吏曹判书。
○四道都体察使李元翼以病递，以李德馨代之。
二月
编辑2月1日
编辑○朔庚午，上，下教于备边司曰：“前日予过虑国势危急，恐有风尘之警作于意外；土崩之患出于朝夕，再烦卿等，妄有所问，而终不陈备御之策。若贼变猝起，则其可拱手坐待乎？昔在壬辰，金诚一等倡为邪说，谓倭不足虞，讥予过虑，相与排斥其以边备为意者，至罢遣巡边使李镒。及其寇深，柳成龙、金应南受命为体察使不往，申砬以市井白徒数百，御行长十万军，一败涂地，国随而覆，今勿如是幸甚。”
三月
编辑3月1日
编辑○朔己亥，上，下教于政院曰：“乱前欲以《春秋》依《纲目》之制，以《左传》为目以《胡传》为发明，方缮写一二卷，而遭乱中辍，予每恨之。今可依前式写出，以就予志。但其卷帙颇多，必多书写人，然后可以速完。又必使邃于《春秋》者，汇分类聚，详加证正，俾无差谬。”
夏四月
编辑4月1日
编辑○朔戊辰，上，下教于吏曹曰：“书状官乃朝天一行御史也。今以朴鼎贤首拟于冬至使书状官，鼎贤昔在壬辰，弃君焚史而逃亡者。又欲使奉命，而逃亡于中路耶？是将污辱中土乎？夫临乱而背君，乱定而做官，其为搢绅之羞极矣。顷年金善馀累拟清显，至于被选玉堂，是率一国朝臣，而效善馀之所为也，人纪灭矣。岂非朝廷之一变，用人颠倒，劝惩无章？不容不言。虽非一鼎贤，似不至于无人，更为择差。”
○海原府院君尹斗寿卒。斗寿少负公辅之望，及为铨郞，不许李梁子郞荐。时，梁张甚，斗寿遂以此得罪，士论多之。录光国勋，升正卿。辛卯年，倭酋有嫚辞，斗寿首请奏文天朝。及壬辰乱作，使中朝，终不疑我。上由是器之，遂至相位。为时所忌，谢事闲居，至是卒。
○上，下教于礼曹曰：“恭怀嫔事，予不忍言之。因事变，国家遑遑，尚未立神主。顺怀世子亦无神主，予偶思之，泪随言零。其令有司，立主致祭。”
五月
编辑5月1日
编辑○朔戊戌，录扈从勋。定以李恒福、郑崐寿为元勋。恒福启曰：“大驾驻宁边之日，沈忠谦与臣请对，自上张烛而见臣等。忠谦曰：‘臣初劝上北幸，今闻恒福之言，亦有理，故请对耳。’当时登对之言，自上必当省记。若非忠谦决策请对，则大驾几不能向义州矣。是夜自上命臣，出募诸臣之愿从者，臣遇洪进于门，问所向，进曰：‘当随驾。’臣故试其意，设数条以难之，进泣曰：‘迂拙儒生，纵使东还，有何所为？不如得死于君父之侧。’又见李𥕏问之，𥕏曰：‘何问为？’臣曰：‘今日两宫始分，我欲知公去就。’𥕏张目曰：‘君父所往，安问去就？’又有人来传：‘武人韩渊者，慷慨言：“家世以忠义相传，遭乱不得随君父，何面目归见妻孥？宁赴战而死。”’臣闻而招问之果然，乃与三臣为约，此事只臣知之，无人可证。及至今日，半登鬼簿，幽明虽隔，旧义难忘。独臣过蒙奖赏，实不能自安于心，而有愧于三臣。况李德馨之功，实关机宜，只以当初因公干南下，追及平壤，非自京扈从之类，无人举其名，臣实惜之。”上答曰：“德馨之功予所知之。只缘非初从之人，不录于有司书启中，姑待定功，妄欲议之，今此启辞，实获我心。方贼锋长驱而至也，自请往诱，以缓其势，至平壤，单舸见虏，诱以利害，此岂人人之所能为乎？非忘身徇国者，不能也。且忠谦请对之说，曾所亲知，而如进等愿从之言，今始得闻，令人泪落。既以卿为元功，此在卿酌处耳。”
○以尹承勋为右议政。
○命选清白吏，吏曹启请广收庭议。于是，召诸宰臣会议。李恒福等以为：“清白，世之重名，令世之士，堪拟于此名者甚少，荐者迟疑不敢，而被荐者亦不敢承当。先朝有以廉谨被荐者，今亦名之以廉谨为当。”从之。乃抄选柳成龙、李元翼、金晬、李光庭、成泳、崔汝霖、许顼、吴亿龄、许潜、李有中、李时彦、金长生、李基卨等十三人。台谏论启以为：“廉谨人抄择之际，或有不满于人心者；或有人望所属而不预于选中者，请改选。”上答曰：“末世之事，类多如此，可置之，不须改选。未满人心者谁耶，人望所属而不预者谁耶？”回启曰：“未满人心者，李有中也；人望所属者，李恒福也。”其后，左议政金命元又请改选，上从之。遂改选李元翼、柳成龙、许潜、李时彦等四人，上命大臣则官其子，潜等并加资。上引见大臣于别殿问曰：“予因病久不见卿等，如有所怀，宜各言之。”领议政李恒福进曰：“臣果有所怀，欲一陈达久矣。往在己丑，臣以问事郞，参鞫汝立之狱，粗有记忆之事矣。自古叛将、强臣，方拥兵权，则宜有同谋之人。此贼在其家，而阴结无赖之辈，谋未及发，而事已先觉，士大夫岂有知其谋者哉？李泼兄弟及白惟让，与贼素相亲密，有若同谋者。然至于郑彦信再被逆党所引，而只以误荐为辞，不言通书之事，圣心之致疑，固其宜矣。若以此，谓之通知逆谋，则事涉暧昧。且海西无识之人及山僧辈，交结往来云。臣意以为，无识之人宜有参知者，至于士大夫，则恐知之者少矣。”上曰：“《春秋》之法，尤严于乱贼之党。汝立出于何地乎？”按《实录》，每以己丑之狱，归罪于郑澈，波及于恒福，而今以进启之意观之，则其诬诋之说，不攻自破矣。
六月
编辑6月1日
编辑○朔丁卯，叙复李山海为鹅城府院君。两司以为：“山海本以阴慝之人，连朋结类，随势炎凉，罔念公议，究厥所为，无所不至。士类之携贰，朝著之不靖，无非此人之所酿成也。止于罢职，已为末减，不宜复叙。”论之累日，而竟不从。
○以宋英耉为清风郡守。先是，英耉以司谏，入参朝讲时，领议政李恒福在席。英耉盛称恒福之贤，本非凡骨，宜专任责成，上不答。既罢，上，下教于政院曰：“《大明律》，称誉大臣，谓之奸臣，处以重律，高皇帝之法，可谓严矣。今英耉敢于君前，面誉大臣，指挥君上，欲使大臣专权。予虽不淑，宁能受教于英耉乎？”政院以为：“英耉所言，出于一时无情，专权二字，恐非所以安大臣也。”上答曰：“夫台谏者，虽贤大臣，亦随事纠劾，袖里弹章，澟如霜雪者有之矣，未闻身为诤臣，伏于君前，与大臣连衽对面，恣为称誉，欲使一国权柄，皆出于其手者也。其所谓非凡骨云者，予尤未之解，其侧媚亵佞之态，诚不忍正视矣。”恒福亦不自安，遂上箚辞职。未几，英耉出为清风郡守。
秋七月
编辑7月1日
编辑○朔丙申，逆贼吉云节伏诛。云节，善山人也。少以智略自负，阴怀异志。其父诲游宦，死于京而不归葬，丁酉之乱，托以勤王，弃母不顾，竟死于贼。以此，一乡共黜之。云节益生凶计，与益山人苏德裕共谋为逆。德裕者，乃逆贼郑汝立之妾从兄弟也。己丑之变，惧祸及己，削发为僧，乱后，以僧将，筑山城于善山地，仍与云节善。云节馆之家，而同衣食，德裕说之曰：“以君之才，遭世危乱，不得大施，是可恨也。”云节曰：“我固有此志矣，将奈何？”德裕曰：“君若有意于大事，我有一策，当为君言之。”云节问其计，德裕曰：“郑汝立事，所以不成者，以其所处，在四通五达之地，易以发觉故也。若图之于僻地绝域，则何患不成？吾当先往济州，潜图此事，而使人召君。海外人心顽悖，可诱以利也。”云节深然之，遂使德裕，托以买马，持青布，入往济州。德裕以风水图画之技，眩惑三邑土豪，仍为不轨之谋。时，牧使成允文方以暴酷，大失人心，德裕遂乘时煽动，诱引本州大姓文忠基、洪敬源、金挺杰、金大鼎、金锺、李智等皆许之。德裕遣僧惠修及海南人权龙，往召云节，云节率其侄崔九翼，同入济州，与德裕共约。忠基等期以六月初六日起兵，尽杀牧使、判官及两邑官吏，而据有军资，多发战马，将渡海直犯京城。初四日聚其党，与谋于城中，云节所通州妓，窃听其潜语，问将何为，云节讳之。妓曰：“我虽不得细闻，至于杀牧使之说，是何事耶？若不直言，我将倡说于众中矣。”云节知不可终讳，且念事成之后，则本道兵权当尽归于忠基等，己以孤踪，居其上，恐不得保，遂决意告变。盖云节首为逆谋，而实持两端，故来时预构告变文书，至是呈之。允文与判官安克孝、点马别监郑德珪及㫌义县监李延庆等，闭城门搜捕十八人。允文又闻其党多在海边郡邑，密通于兵使安卫，捕得海南人姜惟正、灵岩人韩希寿等，俱系械以送。权龙闻事觉而逃，捕之不获。上命设推鞫厅以讯之，德裕、忠基等皆就服，称以云节实为谋主。上命先诛德裕等十人，以云节有告变之功，欲贷其死，大臣皆以为不可，遂并诛之。
八月
编辑8月1日
编辑○朔丙寅，以领敦宁府事李元翼为平安、咸镜、黄海三道都体察使。元翼受命即行，自咸镜道转向平安道，开府于成川。
○上开筵，讲《周易》讫，大司宪成泳进曰：“什一而税，三代之遗制也。我国家自祖宗朝，有逐年检察，灾伤蠲免租赋之规，实是良法，而法久弊生，小民偏苦。乱后，随垦随税之规，盖出于不得已，而奸猾隐漏其结卜，贫户独困于徭役，故田虽少，而出米甚多，将不能支堪矣。本府请择今年敬差之任，为此故也。户曹循例分付，只谓隐漏田结者，全家徙边。臣意以为，别作事目，守令堂下官，犯此律者，或施笞罚可也。若只罢其职，则虽至准期，不足惩矣。且壬辰以后，兵不可不养，虽什一而税，若无失漏，则军饷亦自有裕矣。壬辰以前，全罗道田结，乃四十四万也。乱后耕垦者，几半之云，而今之报闻者，只六万结，国家所失者，几何哉？他道称是，则国用安得以裕哉？”同知事李廷龟曰：“乱后，田制荡然无形。量田虽曰骚扰，而臣意以为不然。京官下去，则虽刚明之人，必不能详察。自今年收获之后，令其邑宰，巡审境内，从实报闻然后，发遣御史，考核虚实，如有隐漏者，重治其守令，则必不至骚扰矣。但此不可施之于一郡一县，必使八路并行然后，民役无轻重之偏矣。当今最急者，无过于此。”泳又曰：“必须先正田案然后，量入为出。虽事大、供上之事，不可一从平时规模，繁文末节，尽皆除去然后，方可取民有制矣。前日，谏院请罢尚方贸易，自上快从之。若因此扩以充之，则何事不可为也？躬行节俭，爱养民力，则恢复之道，必由此出。今年国家若不失田结，则税入不下十五万石，虽以四万石，颁百官之禄，馀数尚多。此外贡物，并皆酌定，专致力于养兵，则亦可优为矣。”领议政李恒福曰：“今日田制，所当汲汲检核。国无一年之资，而岂有苏复之理乎？臣于平时，为户曹参议，阅观古制，国初税入，四十馀万石，而军士所给廪料四万馀石，祭享所用四万馀石，贡物亦不过此。其时颁禄之制，刑曹都官正郞之禄，四十五石云，虽似过多，而储蓄素富，亦能节用，故逮至中庙朝，三仓所储，至于二百三万石之多。其后，祭享之用渐广，浮费之路亦多，故壬辰之初，所储仅五十馀万石，则已缩三分之二矣。人口则比平时，仅十分之一，而平时则士族有田土，小民则无有，故皆并耕而食。乱后则人皆自耕，故所垦者不至大减，而田制如此，残民独受其苦矣。田结之数，全罗道四十馀万结，庆尚道三十馀万结，忠清道二十七万馀结，近世以来，连以下下收税，故虽在平时，而税入仅二十馀万石，比于国初则减半，而乱后八道田结，仅三十馀万结，则不及平时全罗一道矣，其何以为国乎？量田虽有弊端，不可不为也。”
九月
编辑9月1日
编辑○朔乙未，以郑逑为宁越郡守。按《实录》云：“逑曾为成川府使，西幸时，宫人有留在府中者，逑厚敛于民，善事宫人。”噫！逑乃草野藏修之士也。善事宫人，虽以世之庸鄙者，犹且知耻，曾谓逑之贤，而有是乎？逑恶郑仁弘之为人，居在邻邑，不相通问，仁弘之党肆加诬诋，无足怪也。
冬十月
编辑10月1日
编辑○朔乙丑，以李廷龟为大提学，沈喜寿为吏曹判书。
○帝遣翰林院侍讲顾天峻、行人司行人崔廷健，赍册封皇太子诏来，朝廷闻之，以大提学李廷龟为远接使，李好闵为义州迎慰使，往候于龙湾。廷龟以吏曹正郞朴东说、礼曹正郞李安讷、吏曹佐郞洪瑞凤为从事官，辟士人权韠为制述官，人称为白衣从事。
十二月
编辑12月1日
编辑○朔甲子，吏曹以郑宗溟拟望于安城郡守，上，下教曰：“郑宗溟是奸臣之子，累年废弃，其意有在。前者累拟于守令，且骇且怪，每欲究诘，忍而止者屡矣。今之拟望，是郞厅之手段耶？判书之主意耶？谁之所为，可直言之。”判书沈喜寿、参判郑赐湖、参议辛庆晋等，以未能详察待罪，上答曰：“东国虽乏人，何必待此辈？铨曹用舍，不当如是也。”未几，岭南人文景虎等遂上疏曰：
伏见，处士崔永庆，为权奸郑澈所陷，拿鞫王狱，以致瘦死，臣等痛心切骨，冀伸其冤。何幸诤臣论列，圣鉴洞烛，永庆之冤枉，既已伸雪；奸臣之情状，亦颇暴露，而臣等亦不能无憾于天地之大者，请举其不容已者陈之。国家之失，莫大于杀不辜，杀凡民不辜犹不可，况杀贤士不辜乎？古今天下，虽甚无道，安有杀处士之时乎？必欲杀之而无辞，则亦知殿下之不听也，枉加以吉三峰之名，拘系而困毒之，必至于死而后已，惨矣奸人之祸欤！虽然，澈特酒色之徒，轻佻之人，其党之推重，不及于成浑，而澈亦依浑为重，澈不足论，而浑之罪重矣。浑与永庆构嫌，磨牙鼓吻，欲一肆毒于永庆者久矣，特未得其机耳。及己丑逆贼之变，出于缙绅，则浑与澈幸国家之祸，为一身释憾之地，遂攘臂入城，指挥其党，卒成构陷之计，思之惨矣。至于金宗儒，浑之门客，其时自岭南来见浑，浑密问曰：“汝知崔永庆之为吉三峯乎？”宗儒愕然曰：“何为出此言耶？”浑默然不悦，因谢宗儒，则澈之指永庆为吉三峯，果不出于浑乎？论其迹则浑罪轻而澈罪重；原其情则澈罪小而浑罪大。第以毒澈之罪，薄施贬削，而凶浑之死，尚保名位，至于门生、徒党，忝据要津，羞辱清朝，其何以慰既骨之冤魂，而伸久屈之士气乎？公议有待而定，清论愈久而激，安有人臣欺罔君父，诬杀贤士，生免窜黜之诛，死享崇班之荣乎？伏愿殿下，察小人之情状，怜良善之无辜，如大明宣皇帝之加罪臧清，我朝恭靖大王之赐祭原𫖯，则永庆之本心，亦得以暴白于天日之下矣。
大司宪黄慎启曰：“臣伏见，文景虎疏中，盛言成浑构杀崔永庆，辞意诪张，极其诋斥，臣窃痛之。臣自弱冠以来，受学于成浑之门，每闻浑称永庆家行节槪，唯以不读书，少见识，不能善居乡，为短处耳。及己丑逆狱之起也，贼党招辞，称吉三峯为贼魁，而继有贼招，以吉三峯为崔三峯者，又有智异山下居生之说。于时，飞语遂指永庆为三峯，中外喧传，殆不胜其哓哓。臣于庚寅春，适忝正言，访浑于其第，浑谓臣曰：‘尔知崔永庆之为人乎？’臣答以未能详知，则浑又曰：‘永庆居家孝友，且有气节，虽多有病痛，而其长处则可尚，尔须知之。近有飞语无根之说，极为无理。’其后，谏院或有发言于完席者，臣以为：‘圣明之世，不可以飞语罪人。况永庆负重名于一道，今以暗昧之言罪之，则必失一道人心，此不可不虑也。’其时柳根为司谏亦曰：‘正言之言是也。昔诸葛亮云：“无其实而有其名者，许靖是也。”及亮为政，犹首用靖，以收蜀中人心。以此观之，虚名亦不可不顾也。’云云，此论遂止。当此之时，臣实未知永庆为人之如何，而只因尊信师友之论，力辨至此，此则柳根尚在，今可验问。浑果有意于害永庆，则其时台谏中，与浑相切者，宜莫如臣，必须先以语臣，而浑之所言于臣者既如此，则浑之心事，以此可想。厥后，臣则旋补外任，浑亦退归乡家。经月之后，狱事始发，至于再鞫之启，则在于永庆蒙放之即日，浑在百里之外，何从及知而与闻乎？然则浑之终始无一毫干预于此狱也，不待辨说而明矣。景虎辈何人，敢肆诬罔于天日之下乎？此不过为人指嗾，欲试倾轧朝廷之计耳。其言不足与之相较，而景虎等疏中有曰：‘门生、徒党忝据要津。’臣是浑之门生，既被显斥，不可仍冒。请罢臣职。”答曰：“勿辞。”宪府以为：“成浑之于永庆狱事，初不相干，终始救解，人所共知。黄慎虽曰：‘浑之门生。’元无所避之嫌，何可因其诬罔之说，而轻递言官？请命出仕。”上从之，因下严旨以责之。于是，执义李成禄、掌令赵翊、持平闵有庆等，以处置乖当，致勤严教引避。谏院请成禄等出仕，上从之。慎遂辞递，奇自献代为大司宪，力主景虎之说，以为不可与成禄等并容，引避。献纳金光烨启请出仕，上从之。未几，自献又辞递。