臺灣布政使司，國朝光緒十三年建。領府三：曰臺灣府、曰臺南府、曰臺北府；直隸州一：曰臺東直隸州。
臺灣府，光緒十三年建。領縣四：曰臺灣、曰彰化、曰雲林、曰苗栗；廳一：曰埔裏社通判廳。
臺灣縣〈附郭〉，光緒十三年，分彰化縣置。
彰化縣，雍正元年分諸羅縣置〈謹案：彰化縣，《皇朝通志》、《通典》皆云雍正三年設。今據《皇朝文獻通考》〉。
雲林縣，光緒十三年置。
苗栗縣，光緒十三年置。
埔裏社通判廳，光緒十三年置。
臺南府，舊為臺灣府，康熙二十三年建。光緒十三年，改臺南。領縣四：曰安平、曰鳳山、曰恆春、曰澎湖通判廳。
安平縣〈附郭〉，舊為臺灣縣，康熙二十三年置。光緒十三年，改安平。
鳳山縣，康熙二十三年置。
嘉義縣，舊為諸羅縣，康熙二十三年置。乾隆五十七年，改嘉義〈謹案：臺灣府，臺灣、鳳山、諸羅縣，《皇朝通志》、《通典》皆康熙二十四年設，今據《皇朝文獻通考》、道光《福建通志》〉。
恆春縣，光緒元年置。
澎湖通判廳，雍正五年分臺灣縣置。
臺北府，光緒元年建。領縣三：曰淡水、曰新竹、曰宜蘭；廳一：曰基隆同知廳。
淡水縣附郭，光緒元年置。
新竹縣，舊為淡水同知治。雍正元年，分彰化縣置；光緒元年，改縣。
宜蘭縣，舊為噶瑪蘭通判治，嘉慶十六年置。光緒元年，改宜蘭縣。
基隆同知，舊為通判。光緒元年，移噶瑪蘭通判設；十三年，改同知。
臺東直隸州，光緒十三年置。
《大清一統志》：臺灣縣〈附郭〉，本東番地，鄭氏偽置天興、萬年二州，屬承天府。國朝康熙二十三年，廢二州，改置臺灣縣為府治。鳳山縣，為府治南八十里，本東番地，鄭氏屬萬年州。國朝康熙二十三年，分置鳳山縣。嘉義縣，在府治北一百十七里，本東番地，鄭氏屬天興州。國朝康熙二十三年，分置諸羅縣；乾隆五十二年，改曰嘉義縣。彰化縣，在府治北三百九十七里，本東番地，鄭氏屬天興州。國朝康熙二十三年，屬諸羅縣。雍正元年，分諸羅縣北半線地，置彰化縣。諸羅縣北二百八十里地，名半線。國朝康熙二十二年，始入版圖〈《臺灣輿圖說略》〉。雍正五年，增設通判〈《福建通志》〉。
康熙二十二年，鄭克塽納所闢臺灣地，朝議墟之。琅奏言：『地廣而腴，且關係四省要害，宜留為外蔽，不可棄』。時尚未知山東、天津、遼陽各口，由臺可以逕達，故云四省。二十三年，聖祖斷自宸衷，即成功所置承天府、成功子經改稱東澦者，設臺灣府；隸福建省布政使司。領縣三：附郭曰臺灣，南曰鳳山、北曰諸羅〈《東瀛識略》〉。
雍正元年八月，兵部議覆：「巡視臺灣御史吳達禮奏：『諸羅縣北半線地方，民番雜處，請分設知縣一、典史一。其淡水係海岸要口，形勢遼闊，請增設捕盜同知一』。應如所請」。從之。定諸羅分設縣曰彰化。雍正五年二月、加福建興泉道巡海道銜，移駐廈門，改臺廈道為臺灣道。添設臺灣府通判一，駐澎湖；裁澎湖巡檢〈《九朝東華錄》〉。
乾隆五十二年，逆匪林爽文圍攻諸羅縣城，紳民協力，堅守幾四個月。高宗特改縣名曰嘉義以褒之〈《東瀛識略》〉。
淡水者，臺灣西北隅盡處也。高山嵯峨，俯瞰大海，與福州之閩安鎮東西相望，隔海遙峙。山下臨江埤堄為淡水城，亦前紅毛為守口設者。鄭氏時，以淡水近內地，仍設重兵戍守。國朝雍正元年，既分諸羅縣地，增設彰化縣；並於諸羅極北置淡水廳，駐竹塹〈道光《福建通志》〉。
噶瑪蘭者，舊名蛤仔難。嘉慶十二年十二月，少詹事福州人梁上國上言：「蛤仔難田土平曠豐饒，每為海盜窺伺；若收入狀圖，不特絕窺伺之端，且可獲海疆之利」。上命總督阿林保、巡撫張師誠議之。十五年，總督方維甸巡臺，至艋舺，有蛤仔難番土目及民人潛入墾田者，呈送戶口清冊，請照則陞科設官彈壓。維甸乃覆奏：「淡水玉山之後地名噶瑪蘭，係番語，閩音不正，訛為蛤仔難」。併條奏其地勢情形甚悉。十六年，總督汪志伊、巡撫張師誠酌定條例以聞，置噶瑪蘭廳〈《福建通志》〉。遖遖嶺、泖鼻山，舊屬噶瑪蘭，光緒十四年清賦，劃歸基隆廳管轄〈《采訪冊》〉。
同治十三年，辦理臺灣等處海防沈葆楨奏准在琅驁之車城南猴洞地方，建設縣治，名曰恆春。光緒元年，又奏臺北添設府縣；准部議：以臺北艋舺地方，添設知府一缺，名曰臺北府。自彰化以北直達後山，胥歸控制，仍隸於臺灣兵備道。其附府添設知縣一缺，南劃中壢以上至頭重溪為界，北劃遠望坑為界，為淡水縣。自頭重溪以南至彰化縣界之大甲溪止，其間之竹塹地方，原設淡水同知，應即裁汰；改設新竹縣知縣一缺。自遠望迤北而東，仍噶瑪蘭之舊治疆域添設宜蘭縣知縣；並改噶瑪蘭通判為臺北府分防通判，移駐基隆〈奏見《文徵》〉。
光緒十年，閩浙總督何璟、福建巡撫張朝棟奏准於臺灣埔裏社地方，添設撫民通判一缺，歸臺灣府管轄。臺灣縣羅漢門巡檢改為澎湖巡檢，移紮八罩地方，歸澎湖通判管轄〈奏見《文徵》〉。
光緒十三年，閩浙總督楊昌濬、臺灣巡撫劉銘傳奏准於彰化橋孜圖地方建立臺灣省城。移臺灣府為省會首府，設知府一員。附郭首縣為臺灣縣，設知縣一員。原設臺灣府改為臺南府，仍設知府一員。附府首縣，改為安平縣，仍設知縣一員。另於嘉義之東、彰化之西，增設雲林縣；分新竹西南之地增設苗栗縣，各設知縣一員。所設之雲林、苗栗二縣，合原有之彰化縣及埔裏社通判，均隸於臺灣府。其鹿港同知一缺，即照該督撫所議，准其裁撤。原設基隆廳通判，並准其改為撫民理番同知；所有淡水東北四堡之地歸其管理。其後山以埤南、水尾為要區，增設臺東直隸州，設知州一員。原設埤南廳同知一缺，即行裁汰；改設直隸州州同一員、直隸州州判一員，均隸於臺東直隸州，統屬於臺灣兵備道管轄〈奏見《文徵》〉。
雲林縣治在沙蓮堡之林圯埔。光緒十九年，巡撫邵友濂題請移治斗六門。